7k5j

Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

Triticum aestivum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682）	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBIQ_WHEAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76 作者链 N； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76 作者链 O； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76 作者链 P； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76 作者链 Q； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76 作者链 R； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76 作者链 W； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76 作者链 X； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76

Ubiquitin-activating enzyme E1 1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P22515

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682）	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa × 1 （P14682） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–1017； UniProt 11–1024 作者链 C； PDB构建体 4–1017； UniProt 11–1024 作者链 D； PDB构建体 4–1017； UniProt 11–1024 作者链 G； PDB构建体 4–1017； UniProt 11–1024 作者链 I； PDB构建体 4–1017； UniProt 11–1024 作者链 K； PDB构建体 4–1017； UniProt 11–1024 作者链 S； PDB构建体 4–1017； UniProt 11–1024 作者链 U； PDB构建体 4–1017； UniProt 11–1024

Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P14682

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515）	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P69326） Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–197； UniProt 3–195 作者链 E； PDB构建体 5–197； UniProt 3–195 作者链 F； PDB构建体 5–197； UniProt 3–195 作者链 H； PDB构建体 5–197； UniProt 3–195 作者链 J； PDB构建体 5–197； UniProt 3–195 作者链 L； PDB构建体 5–197； UniProt 3–195 作者链 T； PDB构建体 5–197； UniProt 3–195 作者链 V； PDB构建体 5–197； UniProt 3–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7k5j
沉积日期 deposition_date	2020-09-16
结构标题 title	Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic
关键词 keywords	;CONFORMATIONAL CHANGE, ADENYLATION, THIOESTER TRANSFER, TRANSTHIOESTERIFICATION, ATP-BINDING, UBIQUITIN E2-BINDING, UBIQUITINATION, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7k5j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7k5j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7k5j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.49 Å
Rg（电子密度）	34.50 Å
总 Rg	35.10 Å
原子数	9687
残基数	1215
排除体积	172480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7k5j__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7k5j__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7k5j__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7k5j__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`7k5j__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`7k5j__assembly_6__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`7k5j__assembly_7__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`7k5j__assembly_8__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	9692.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,M,O,P,Q,R,W,X
原子数 atom_count	76643

MHHHHHHMQIFVRTLTGRTITLEVESSDTIDNVRARIQDREGIPPDQQRLIFAGRQLEDGRTLADYNIQRESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Triticum aestivum
通用名 common_name	Wheat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4565
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-activating enzyme E1 1
分子量 formula_weight	113704.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A,C,G,I,K,S,U

GAMAGEIDESLYSRQLYVLGKEAMLKMQTSNVLILGLKGLGVEIAKNVVLAGVKSMTVFDPEPVQLADLSTQFFLTEKDIGQKRGDVTRAKLAELNAYVPVNVLDSLDDVTQLSQFQVVVATDTVSLEDKVKINEFCHSSGIRFISSETRGLFGNTFVDLGDEFTVLDPTGEEPRTGMVSDIEPDGTVTMLDDNRHGLEDGNFVRFSEVEGLDKLNDGTLFKVEVLGPFAFRIGSVKEYGEYKKGGIFTEVKVPRKISFKSLKQQLSNPEFVFSDFAKFDRAAQLHLGFQALHQFAVRHNGELPRTMNDEDANELIKLVTDLSVQQPEVLGEGVDVNEDLIKELSYQARGDIPGVVAFFGGLVAQEVLKACSGKFTPLKQFMYFDSLESLPDPKNFPRNEKTTQPVNSRYDNQIAVFGLDFQKKIANSKVFLVGSGAIGCEMLKNWALLGLGSGSDGYIVVTDNDSIEKSNLNRQFLFRPKDVGKNKSEVAAEAVCAMNPDLKGKINAKIDKVGPETEEIFNDSFWESLDFVTNALDNVDARTYVDRRCVFYRKPLLESGTLGTKGNTQVIIPRLTESYSSSRDPPEKSIPLCTLRSFPNKIDHTIAWAKSLFQGYFTDSAENVNMYLTQPNFVEQTLKQSGDVKGVLESISDSLSSKPHNFEDCIKWARLEFEKKFNHDIKQLLFNFPKDAKTSNGEPFWSGAKRAPTPLEFDIYNNDHFHFVVAGASLRAYNYGIKSDDSNSKPNVDEYKSVIDHMIIPEFTPNANLKIQVNDDDPDPNANAANGSDEIDQLVSSLPDPSTLAGFKLEPVDFEKDDDTNHHIEFITACSNCRAQNYFIETADRQKTKFIAGRIIPAIATTTSLVTGLVNLELYKLIDNKTDIEQYKNGFVNLALPFFGFSEPIASPKGEYNNKKYDKIWDRFDIKGDIKLSDLIEHFEKDEGLEITMLSYGVSLLYASFFPPKKLKERLNLPITQLVKLVTKKDIPAHVSTMILEICADDKEGEDVEVPFITIHL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa
分子量 formula_weight	22485.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
突变 mutation	A141K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,B,E,H,J,L,T,V

GAMASRKSTASSLLLRQYRELTDPKKAIPSFHIELEDDSNIFTWNIGVMVLNEDSIYHGGFFKAQMRFPEDFPFSPPQFRFTPAIYHPNVYRDGRLCISILHQSGDPMTDEPDAETWSPVQTVESVLISIVSLLEDPNINSPKNVDAAVDYRKNPEQYKQRVKMEVERSKQDIPKGFIMPTSESAYISQSKLDEPES

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	7k5jA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain

结构域编号 domain_id	7k5jA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain

结构域编号 domain_id	7k5jC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain

结构域编号 domain_id	7k5jC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain

结构域编号 domain_id	7k5jD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain

结构域编号 domain_id	7k5jD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain

结构域编号 domain_id	7k5jG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain

结构域编号 domain_id	7k5jG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain

结构域编号 domain_id	7k5jI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain

结构域编号 domain_id	7k5jI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain

结构域编号 domain_id	7k5jK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain

结构域编号 domain_id	7k5jK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain

结构域编号 domain_id	7k5jM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7k5jN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7k5jO01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7k5jP01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7k5jQ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7k5jR01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7k5jS01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain

结构域编号 domain_id	7k5jS02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain

结构域编号 domain_id	7k5jU01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain

结构域编号 domain_id	7k5jU02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain

结构域编号 domain_id	7k5jW01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7k5jX01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

▶

晶胞边长 a length_a	95.181 Å
晶胞边长 b length_b	272.917 Å
晶胞边长 c length_c	258.342 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.420 Å
最低分辨率 resolution_low	136.460 Å
R 因子 r_factor	0.2032
R_work r_work	0.2027
R_free r_free	0.2463

Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-activating enzyme E1 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7k5j__assembly_1__model_1

7k5j__assembly_1__model_1 | I(q)

7k5j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-activating enzyme E1 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7k5j__assembly_1__model_1

7k5j__assembly_1__model_1 | I(q)

7k5j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)