SAXSdb — 7kh0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vasopressin V2 receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） ;Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3, Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short fusion ; × 1 （P08754,P63092-2） Arg-vasopressin × 1 （P01185） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 （P59768） Single Fab chain (scFv16) × 1 Nanobody 35 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	V2R_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 10–380； UniProt 1–371

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Vasopressin V2 receptor × 1 （P30518） ;Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3, Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short fusion ; × 1 （P08754,P63092-2） Arg-vasopressin × 1 （P01185） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 （P59768） Single Fab chain (scFv16) × 1 Nanobody 35 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 12–350； UniProt 2–340

;Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3, Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short fusion ;

Homo sapiens

UniProt P08754

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Vasopressin V2 receptor × 1 （P30518） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） Arg-vasopressin × 1 （P01185） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 （P59768） Single Fab chain (scFv16) × 1 Nanobody 35 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GNAI3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–17； UniProt 2–18

;Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3, Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short fusion ;

Homo sapiens

UniProt P63092-2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Vasopressin V2 receptor × 1 （P30518） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） Arg-vasopressin × 1 （P01185） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 （P59768） Single Fab chain (scFv16) × 1 Nanobody 35 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GNAS2-2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–372； UniProt 26–380

Arg-vasopressin

Homo sapiens

UniProt P01185

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Vasopressin V2 receptor × 1 （P30518） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） ;Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3, Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short fusion ; × 1 （P08754,P63092-2） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 （P59768） Single Fab chain (scFv16) × 1 Nanobody 35 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NEU2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–9； UniProt 20–28

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Vasopressin V2 receptor × 1 （P30518） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） ;Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3, Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short fusion ; × 1 （P08754,P63092-2） Arg-vasopressin × 1 （P01185） Single Fab chain (scFv16) × 1 Nanobody 35 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBG2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–67； UniProt 2–68

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7kh0
沉积日期 deposition_date	2020-10-19
结构标题 title	Cryo-EM structure of the human arginine vasopressin AVP-vasopressin receptor V2R-Gs signaling complex
关键词 keywords	arginine vasopressin AVP, Gs, signaling complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7kh0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7kh0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7kh0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.60 Å
Rg（电子密度）	38.58 Å
总 Rg	38.86 Å
原子数	9898
残基数	1273
排除体积	176060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7kh0__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vasopressin V2 receptor
分子量 formula_weight	42346.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	9898

DYKDDDDVDMLMASTTSAVPGHPSLPSLPSNSSQERPLDTRDPLLARAELALLSIVFVAVALSNGLVLAALARRGRRGHWAPIHVFIGHLCLADLAVALFQVLPQLAWKATDRFRGPDALCRAVKYLQMVGMYASSYMILAMTLDRHRAICRPMLAYRHGSGAHWNRPVLVAWAFSLLLSLPQLFIFAQRNVEGGSGVTDCWACFAEPWGRRTYVTWIALMVFVAPTLGIAACQVLIFREIHASLVPGPSERPGGRRRGRRTGSPGEGAHVSAAVAKTVRMTLVIVVVYVLCWAPFFLVQLWAAWDPEAPLEGAPFVLLMLLASLNSCTNPWIYASFSSSVSSELRSLLCCARGRTPPSLGPQDESCTTASSSLAKDTSSAAALEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	38613.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

HHHHHHGSLLQSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3, Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short fusion ;
分子量 formula_weight	43298.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GCTLSAEDKAAVERSKMIEKQLQKDKQVYRATHRLLLLGAGESGKSTIVKQMRILHVNGFNGDSEKATKVQDIKNNLKEAIETIVAAMSNLVPPVELANPENQFRVDYILSVMNVPDFDFPPEFYEHAKALWEDEGVRACYERSNEYQLIDCAQYFLDKIDVIKQDDYVPSDQDLLRCRVLTSGIFETKFQVDKVNFHMFDVGGQRDERRKWIQCFNDVTAIIFVVASSSYNMVIREDNQTNRLQEALNLFKSIWNNRWLRTISVILFLNKQDLLAEKVLAGKSKIEDYFPEFARYTTPEDATPEPGEDPRVTRAKYFIRDEFLRISTASGDGRHYCYPHFTCAVDTENIRRVFNDCRDIIQRMHLRQYELL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Arg-vasopressin
分子量 formula_weight	1086.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

CYFQNCPRGX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	7432.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Single Fab chain (scFv16)
分子量 formula_weight	26450.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

DVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQATSSVPVTPGLSVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLELK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Nanobody 35
分子量 formula_weight	14714.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYKMNWVRQAPGKGLEWVSDISQSGASISYTGSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCARCPAPFTRDCFDVTSTTYAYRGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d7kh0b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family family	b.69.4.1 — WD40-repeat

结构域编号 domain_id	d7kh0g_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.3 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain
家族 Family family	a.137.3.1 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain

结构域编号 domain_id	d7kh0n1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d7kh0n2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d7kh0s1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7kh0s2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7kh0B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	7kh0N01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	398038

Cryo-EM structure of the human arginine vasopressin AVP-vasopressin receptor V2R-Gs signaling complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vasopressin V2 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3, Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short fusion ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3, Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short fusion ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Arg-vasopressin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7kh0__assembly_1__model_1

7kh0__assembly_1__model_1 | I(q)

7kh0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer