7lbf

CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with human Platelet-derived growth factor receptor alpha and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 174.6 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

Human cytomegalovirus (strain Merlin)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 8 其他聚合物 3 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–715	未记录	Envelope glycoprotein L × 1 （F5HCH8） Envelope glycoprotein O × 1 （Q8BCU3） Isoform 3 of Platelet-derived growth factor receptor alpha × 1 （P16234） Fab 13H11 light chain × 1 Fab 13H11 heavy chain × 1 Fab MSL-109 light chain × 1 Fab MSL-109 heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；The sample was gently cross-linked with 0.025% (v/v) EM-grade glutaraldehyde for 10 min at RT and quenched with 9 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7LBF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5VOB Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 8I21 提交 2017-05-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–715（715 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；10% (wt/vol) PEG400 10% isopropanol 2% (wt/vol) benzamidine 0.1M Tris pH 8.2	分辨率 3.02 Å R-free 0.237
5VOC Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 8I21 - Low resolution dataset for initial phasing by SAD 提交 2017-05-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–715（715 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；10% (wt/vol) PEG400 10% isopropanol 2% (wt/vol) benzamidine 0.1M Tris pH 8.2	分辨率 3.99 Å R-free 0.276
5VOD Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 提交 2017-05-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–715（715 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% (wt/vol) PEG methyl ether 500 0.1 M MES pH 6.2 0.00001 M phenol	分辨率 5.90 Å R-free 0.299
5VOD Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 提交 2017-05-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–715（715 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% (wt/vol) PEG methyl ether 500 0.1 M MES pH 6.2 0.00001 M phenol	分辨率 5.90 Å R-free 0.299
7LBE CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with neutralizing fabs 13H11 and MSL-109 提交 2021-01-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–715（715 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；The sample was gently cross-linked with 0.025% (v/v) EM-grade glutaraldehyde for 10 min at RT and quenched with 9 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging	分辨率 2.90 Å
7LBG CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with human Transforming growth factor beta receptor type 3 and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109 提交 2021-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–715（715 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging	分辨率 2.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GH_HCMVM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–715； UniProt 1–715

Envelope glycoprotein L

Human cytomegalovirus (strain Merlin)

UniProt F5HCH8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 8 其他聚合物 3 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–278	未记录	Envelope glycoprotein H × 1 （Q6SW67） Envelope glycoprotein O × 1 （Q8BCU3） Isoform 3 of Platelet-derived growth factor receptor alpha × 1 （P16234） Fab 13H11 light chain × 1 Fab 13H11 heavy chain × 1 Fab MSL-109 light chain × 1 Fab MSL-109 heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；The sample was gently cross-linked with 0.025% (v/v) EM-grade glutaraldehyde for 10 min at RT and quenched with 9 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7LBF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7LBE CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with neutralizing fabs 13H11 and MSL-109 提交 2021-01-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 1–278（278 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；The sample was gently cross-linked with 0.025% (v/v) EM-grade glutaraldehyde for 10 min at RT and quenched with 9 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging	分辨率 2.90 Å
7LBG CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with human Transforming growth factor beta receptor type 3 and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109 提交 2021-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–278（278 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging	分辨率 2.60 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GL_HCMVM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278

Envelope glycoprotein O

Human cytomegalovirus

UniProt Q8BCU3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 8 其他聚合物 3 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–464	未记录	Envelope glycoprotein H × 1 （Q6SW67） Envelope glycoprotein L × 1 （F5HCH8） Isoform 3 of Platelet-derived growth factor receptor alpha × 1 （P16234） Fab 13H11 light chain × 1 Fab 13H11 heavy chain × 1 Fab MSL-109 light chain × 1 Fab MSL-109 heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；The sample was gently cross-linked with 0.025% (v/v) EM-grade glutaraldehyde for 10 min at RT and quenched with 9 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7LBF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7LBE CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with neutralizing fabs 13H11 and MSL-109 提交 2021-01-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 1–464（464 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；The sample was gently cross-linked with 0.025% (v/v) EM-grade glutaraldehyde for 10 min at RT and quenched with 9 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging	分辨率 2.90 Å
7LBG CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with human Transforming growth factor beta receptor type 3 and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109 提交 2021-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–464（464 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging	分辨率 2.60 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8BCU3_HCMV
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–464； UniProt 1–464

Isoform 3 of Platelet-derived growth factor receptor alpha

Homo sapiens

UniProt P16234

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 8 其他聚合物 3 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–524	未记录	Envelope glycoprotein H × 1 （Q6SW67） Envelope glycoprotein L × 1 （F5HCH8） Envelope glycoprotein O × 1 （Q8BCU3） Fab 13H11 light chain × 1 Fab 13H11 heavy chain × 1 Fab MSL-109 light chain × 1 Fab MSL-109 heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；The sample was gently cross-linked with 0.025% (v/v) EM-grade glutaraldehyde for 10 min at RT and quenched with 9 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7LBF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5GRN Crystal structure of PDGFRA in Complex with WQ-C-159 提交 2016-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 550–696（147 aa）片段：UNP residues 550-696 and 769-973 链 A 769–973（205 aa）片段：UNP residues 550-696 and 769-973	未记录	748 N-[2-(dimethylamino)ethyl]-N-[[4-[[4-methyl-3-[(4-pyridin-3-ylpyrimidin-2-yl)amino]phenyl]carbamoyl]phenyl]methyl]pyridine-3-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M KCl, 20% PEG 3350, pH 7.0	分辨率 1.77 Å R-free 0.179
5K5X Crystal structure of human PDGFRA 提交 2016-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 550–696（147 aa）片段：UNP residues 550-696,769-973 链 A 769–973（205 aa）片段：UNP residues 550-696,769-973	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.5, 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M NaCl	分辨率 2.17 Å R-free 0.224
6A32 Crystal structure of PDGFRA kinase domain mutant T674I 提交 2018-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 550–696（147 aa）链 A 769–973（205 aa）	突变：T674I 突变：T674I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 27% PEG 3350	分辨率 1.87 Å R-free 0.240
6JOI Crystal structure of PDGFRA T674I in complex with crenolanib by co-crystallization 提交 2019-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 550–696（147 aa）链 A 769–973（205 aa）	突变：T674I 突变：T674I	6T2 1-(2-{5-[(3-Methyloxetan-3-yl)methoxy]-1H-benzimidazol-1-yl}quinolin-8-yl)piperidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M NaCl, 0.1M Tris pH 8.0, 15% PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.244
6JOJ Crystal structure of PDGFRA T674I in complex with crenolanib by soaking 提交 2019-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 550–696（147 aa）链 A 769–973（205 aa）	未记录	6T2 1-(2-{5-[(3-Methyloxetan-3-yl)methoxy]-1H-benzimidazol-1-yl}quinolin-8-yl)piperidin-4-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH6.9, 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M NaCl	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
6JOK Crystal structure of PDGFRA in complex with sunitinib by soaking 提交 2019-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 550–696（147 aa）链 A 769–973（205 aa）	未记录	B49 N-[2-(diethylamino)ethyl]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene)methyl]-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3-carbo xamide × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH6.9, 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M NaCl	分辨率 3.80 Å R-free 0.282
6JOL Crystal structure of PDGFRA in complex with imatinib by co-crystallization 提交 2019-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 550–696（147 aa）链 A 769–973（205 aa）	未记录	STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate pH4.5, 20% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
7RAM Cryo-EM Structure of the HCMV gHgLgO Trimer Derived from AD169 and TR strains in complex with PDGFRalpha 提交 2021-07-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–524（524 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；300mM NaCl and 20mM HEPES7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
8PQH PDGFRA T674I mutant kinase domain in complex with avapritinib 提交 2023-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 550–696（147 aa）链 A 769–973（205 aa）	突变：T674I 突变：T674I	9JI Avapritinib × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；10 mg/mL, 13% PEG3350, 200 mM KCl	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
8PQI PDGFRA T674I mutant kinase domain in complex with avapritinib derivative 9 提交 2023-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 550–696（147 aa）链 A 769–973（205 aa）	突变：T674I 突变：T674I	9OO (1~{S})-~{N}-ethyl-1-(4-fluorophenyl)-1-[2-[4-[6-(1-methylpyrazol-4-yl)pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-4-yl]piperazin-1-yl]pyrimidin-5-yl]ethanamine × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；5 mg/mL, 5% PEG3350, 200 mM KCl	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
8PQJ PDGFRA wild-type kinase domain 提交 2023-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 550–696（147 aa）链 A 769–973（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；285.15 K；10 mg/mL, 15% PEG3350, 100 mM Bis-Tris-Propane, pH 7.5	分辨率 1.82 Å R-free 0.215
8PQK APO crystal structure of PDGFRA-T674I kinase domain 提交 2023-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 550–696（147 aa）链 A 769–973（205 aa）	突变：T674I 突变：T674I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；10 mg/mL, 22% PEG3350, 100 mM Bis-Tris-Propane, pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
9GZH PDGFRA-T674I in complex with covalent ponatinib derivative 19 提交 2024-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 550–973（424 aa）	突变：T674I	A1IRC 3-(2-imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-~{N}-[4-(propanoylamino)-3-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；5 mg/mL, 18% PEG3350, 100 mM KCl	分辨率 2.20 Å R-free 0.215

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PGFRA_HUMAN
Isoform	P16234-3
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–524； UniProt 1–524

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7lbf
沉积日期 deposition_date	2021-01-07
结构标题 title	CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with human Platelet-derived growth factor receptor alpha and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109
关键词 keywords	virus, receptor, complex, neutralizing antibody, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-Immune System complex; VIRAL PROTEIN/Immune System
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.97 Å
零角强度 I(0) i0	694820000.00
分子量 molecular_weight	222390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	279180 Å³
包络体积 envelope_volume	398540 Å³
水化壳体积 shell_volume	62569 Å³
包络直径 envelope_diameter	186.5 Å
壳层 Rg shell_rg	52.20 Å
包络 Rg envelope_rg	56.30 Å
形状 Rg shape_rg	56.93 Å
总 Rg total_rg	56.96 Å
总原子数 total_atoms	15656
残基数 n_residues	1923
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	174.6 Å
Rg (实空间) rg_real	56.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4760e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	693700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5721
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.456
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.686
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 0.997; Sysdev: 0.041; Positv: 1.000; Valcen: 0.768; Smooth: 0.001

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein H
分子量 formula_weight	87311.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15656

MRPGLPSYLIILAVCLFSHLLSSRYGAEAVSEPLDKAFHLLLNTYGRPIRFLRENTTQCTYNSSLRNSTVVRENAISFNFFQSYNQYYVFHMPRCLFAGPLAEQFLNQVDLTETLERYQQRLNTYALVSKDLASYRSFSQQLKAQDSLGEQPTTVPPPIDLSIPHVWMPPQTTPHGWTESHTTSGLHRPHFNQTCILFDGHDLLFSTVTPCLHQGFYLIDELRYVKITLTEDFFVVTVSIDDDTPMLLIFGHLPRVLFKAPYQRDNFILRQTEKHELLVLVKKDQLNRHSYLKDPDFLDAALDFNYLDLSALLRNSFHRYAVDVLKSGRCQMLDRRTVEMAFAYALALFAAARQEEAGAQVSVPRALDRQAALLQIQEFMITCLSQTPPRTTLLLYPTAVDLAKRALWTPNQITDITSLVRLVYILSKQNQQHLIPQWALRQIADFALKLHKTHLASFLSAFARQELYLMGSLVHSMLVHTTERREIFIVETGLCSLAELSHFTQLLAHPHHEYLSDLYTPCSSSGRRDHSLERLTRLFPDATVPATVPAALSILSTMQPSTLETFPDLFCLPLGESFSALTVSEHVSYIVTNQYLIKGISYPVSTTVVGQSLIITQTDSQTKCELTRNMHTTHSITVALNISLENCAFCQSALLEYDDTQGVINIMYMHDSDDVLFALDPYNEVVVSSPRTHYLMLLKNGTVLEVTDVVVDATDGTKLGPEQKLISEEDLNSAVDGSGLNDIFEAQKIEWHENLYFQGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human cytomegalovirus (strain Merlin)
通用名 common_name	HHV-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	295027
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein L
分子量 formula_weight	30846.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MCRRPDCGFSFSPGPVILLWCCLLLPIVSSAAVSVAPTAAEKVPAECPELTRRCLLGEVFEGDKYESWLRPLVNVTGRDGPLSQLIRYRPVTPEAANSVLLDEAFLDTLALLYNNPDQLRALLTLLSSDTAPRWMTVMRGYSECGDGSPAVYTCVDDLCRGYDLTRLSYGRSIFTEHVLGFELVPPSLFNVVVAIRNEATRTNRAVRLPVSTAAAPEGITLFYGLYNAVKEFCLRHQLDPPLLRHLDKYYAGLPPELKQTRVNLPAHSRYGPQAVDAR

来源 Source

来源生物 organism	Human cytomegalovirus (strain Merlin)
通用名 common_name	HHV-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	295027
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein O
分子量 formula_weight	58298.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGRKEDMRSISKLFFIISLTVLLFSIINCKVVRPPGRYWLGTVLSTIGKQKLDKFKLEILKQLEREPYTKYFNMTRQHVKNLTMNMTQFPQYYILAGPIRNDSITYLWFDFYSTQLRKPAKYVYSQYNHTAKTITFRPPSCGTVPSMTCLSEMLNVSKRNDTGEQGCGNFTTFNPMFFNVPRWNTKLYVGPTKVNVDSQTIYFLGLTALLLRYAQRNCTHSFYLVNAMSRNLFRVPKYINGTKLKNTMRKLKRKQAPVKEQLEKKTKKSQSTTTPYFSYTTSTALNVTTNATYRVTTSAKRIPTSTIAYRPDSSFMKSIMATQLRDLATWVYTTLRYRNEPFCKPDRNRTAVSEFMKNTHVLIRNETPYTIYGTLDMSSLYYNETMSVENETASDNNETTPTSPSTRFQKTFIDPLWDYLDSLLFLDKIRNFSLQLPAYGNLTPPEHRRAVNLSTLNSLWWWLQGSENLYFQGSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Human cytomegalovirus
通用名 common_name	HHV-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Isoform 3 of Platelet-derived growth factor receptor alpha
分子量 formula_weight	59154.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGTSHPAFLVLGCLLTGLSLILCQLSLPSILPNENEKVVQLNSSFSLRCFGESEVSWQYPMSEEESSDVEIRNEENNSGLFVTVLEVSSASAAHTGLYTCYYNHTQTEENELEGRHIYIYVPDPDVAFVPLGMTDYLVIVEDDDSAIIPCRTTDPETPVTLHNSEGVVPASYDSRQGFNGTFTVGPYICEATVKGKKFQTIPFNVYALKATSELDLEMEALKTVYKSGETIVVTCAVFNNEVVDLQWTYPGEVKGKGITMLEEIKVPSIKLVYTLTVPEATVKDSGDYECAARQATREVKEMKKVTISVHEKGFIEIKPTFSQLEAVNLHEVKHFVVEVRAYPPPRISWLKNNLTLIENLTEITTDVEKIQEIRYRSKLKLIRAKEEDSGHYTIVAQNEDAVKSYTFELLTQVPSSILDLVDDHHGSTGGQTVRCTAEGTPLPDIEWMICKDIKKCNNETSWTILANNVSNIITEIHSRDRSTVEGRVTFAKVEETIAVRCLAKNLLGAENRELKLVAPTLRSEDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Fab 13H11 light chain
分子量 formula_weight	25780.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYADIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGINNYLAWYQQKPGKVPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTAFTLTILSLQPEDVATYYCQKYNSAPFTFGPGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Fab 13H11 heavy chain
分子量 formula_weight	26600.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYAQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYYIHWVRQAPGQGLEWMGIIHPSSGGTSYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVSMDLSSLRSEDTAVYYCGRAFRILGLSDVFVNDWGQGTVVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Fab MSL-109 light chain
分子量 formula_weight	28355.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYADIVMTQSPLSLSVTPGEPASISCRSSQSLLHTNGYNYLDWYVQKPGQSPQLLIYLASNRASGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVETEDVGVYYCMQALQIPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Fab MSL-109 heavy chain
分子量 formula_weight	27547.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYAEEQVLESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSPYSVFWVRQAPGKGLEWVSSINSDSTYKYYADSVKGRFTISRDNAENSIFLQMNSLRAEDTAVYYCARDRSYYAFSSGSLSDYYYGLDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1235.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d7lbfe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7lbfg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	3560620

fit	/app/data/saxs_computation/lb/7lbf/7lbf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lb/7lbf/7lbf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lb/7lbf/7lbf.dat

CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with human Platelet-derived growth factor receptor alpha and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Envelope glycoprotein L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Envelope glycoprotein O

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Isoform 3 of Platelet-derived growth factor receptor alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 branched

实体 10 Entity 10 branched

实体 11 Entity 11 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)