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7ler

Netrin-1 filament assembly

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 210.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Netrin-1

Gallus gallus

UniProt Q90922

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 48 其他聚合物 96 PDB 声明：48-meric（48） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 26–458 链 B； UniProt 26–458 链 C； UniProt 26–458 链 D； UniProt 26–458 链 E； UniProt 26–458 链 F； UniProt 26–458 链 G； UniProt 26–458 链 H； UniProt 26–458 未记录 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 48 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 96 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；40% MPD, 100 mM Tris 分辨率 5.99 Å R-free 0.368

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7LER Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4PLM Crystal Structure of Chicken Netrin-1 (LN-LE3) 提交 2014-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–457（432 aa） 片段：LN-LE3 (UNP residues 26-457)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；NaoAc, NaCacodylate
分辨率 2.80 Å R-free 0.257
4PLM Crystal Structure of Chicken Netrin-1 (LN-LE3) 提交 2014-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–457（432 aa） 片段：LN-LE3 (UNP residues 26-457)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；NaoAc, NaCacodylate
分辨率 2.80 Å R-free 0.257
4PLN Crystal Structure of Chicken Netrin-1 (LN-LE3) complexed with mouse Neogenin (FN4-5) 提交 2014-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 26–457（432 aa） 片段：LN-LE3 (UNP residues 26-457)
链 B 26–457（432 aa） 片段：LN-LE3 (UNP residues 26-457)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Hepes pH 7.0, 12% PEG3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.239
4PLO Crystal Structure of chicken Netrin-1 (LN-LE3) in complex with mouse DCC (FN4-5) 提交 2014-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 26–457（432 aa） 片段：LN-LE3 (UNP residues 26-457)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 SO4 SULFATE ION × 10 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.05 M Ammonium sulfate, 0.05 M BIS-TRIS pH 6.5, 30% v/v Pentaerythritol ethoxylate
分辨率 2.90 Å R-free 0.288
7LRF Netrin-1 in complex with SOS 提交 2021-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–458（433 aa）
链 B 26–458（433 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293.15 K；20% PEG 8000, 100 mM CHES
分辨率 3.21 Å R-free 0.281
8TSM Crystal structure of chicken Netrin-1 LN LE1-2 提交 2023-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–405（380 aa） 片段：residues 26-405
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium phosphate dibasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 3.90 Å R-free 0.319
9D77 Crystal form of Netrin-1 mimics nanotubes 提交 2024-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–458（433 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；40% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol; 5% w/v polyethylene glycol 8000; 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid; pH 6.5
分辨率 3.40 Å R-free 0.335

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NET1_CHICK
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–437； UniProt 26–458 作者链 B； PDB构建体 5–437； UniProt 26–458 作者链 C； PDB构建体 5–437； UniProt 26–458 作者链 D； PDB构建体 5–437； UniProt 26–458 作者链 E； PDB构建体 5–437； UniProt 26–458 作者链 F； PDB构建体 5–437； UniProt 26–458 作者链 G； PDB构建体 5–437； UniProt 26–458 作者链 H； PDB构建体 5–437； UniProt 26–458

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ler

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ler
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ler
沉积日期 deposition_date2021-01-14
结构标题 titleNetrin-1 filament assembly
关键词 keywordsheparin binding protein, filament, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier82.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron82.13 Å
零角强度 I(0) i02328340000.00
分子量 molecular_weight378800.0 kDa
排除体积 excluded_volume461660 ų
包络体积 envelope_volume1169600 ų
水化壳体积 shell_volume120850 ų
包络直径 envelope_diameter244.9 Å
壳层 Rg shell_rg88.74 Å
包络 Rg envelope_rg72.69 Å
形状 Rg shape_rg82.09 Å
总 Rg total_rg82.35 Å
总原子数 total_atoms26405
残基数 n_residues3249
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax210.9 Å
Rg (实空间) rg_real82.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3270e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8130e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal83.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2337000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6142
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary133.2 Å
偏度 Skewness skewness-0.209
峰度 Kurtosis kurtosis-0.791
角度范围 angular_range— – 0.0950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0033
最高正则化参数 α highest_alpha81730000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.986; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.008; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)