9d77

Crystal form of Netrin-1 mimics nanotubes

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d77
沉积日期 deposition_date	2024-08-16
最后修订 last_revision	2024-10-09
结构标题 title	Crystal form of Netrin-1 mimics nanotubes
关键词 keywords	Axon guidance cue, apoptosis, nanotubes, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN,APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.38 Å
零角强度 I(0) i0	47375700.00
分子量 molecular_weight	50235.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61203 Å³
包络体积 envelope_volume	90033 Å³
水化壳体积 shell_volume	24323 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.3 Å
壳层 Rg shell_rg	35.07 Å
包络 Rg envelope_rg	37.78 Å
形状 Rg shape_rg	36.29 Å
总 Rg total_rg	36.53 Å
总原子数 total_atoms	3496
残基数 n_residues	417
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.3 Å
Rg (实空间) rg_real	36.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47350000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5033
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.785
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.002
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2807000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.364; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.186; Positv: 1.000; Valcen: 0.143; Smooth: 0.745

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Netrin-1
分子量 formula_weight	49579.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3578

APLAGYPGLNMFAVQTAQPDPCYDEHGLPRRCIPDFVNSAFGKEVKVSSTCGKPPSRYCVVTEKGEEQVRSCHLCNASDPKRAHPPSFLTDLNNPHNLTCWQSDSYVQYPHNVTLTLSLGKKFEVTYVSLQFCSPRPESMAIYKSMDYGKTWVPFQFYSTQCRKMYNKPSRAAITKQNEQEAICTDSHTDVRPLSGGLIAFSTLDGRPTAHDFDNSPVLQDWVTATDIKVTFSRLHTFGDENEDDSELARDSYFYAVSDLQVGGRCKCNGHASRCVRDRDDNLVCDCKHNTAGPECDRCKPFHYDRPWQRATAREANECVACNCNLHARRCRFNMELYKLSGRKSGGVCLNCRHNTAGRHCHYCKEGFYRDLSKPISHRKACKECDCHPVGAAGQTCNQTTGQCPCKDGVTGITCNRCAKGYQQSRSPIAPCIKIPAGSLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1057.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	189.260 Å
晶胞边长 b length_b	189.260 Å
晶胞边长 c length_c	45.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 6
空间群编号 int_tables_number	168
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	35.770 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2967
R_free r_free	0.3348

fit	/app/data/saxs_computation/d7/9d77/9d77.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d7/9d77/9d77.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d7/9d77/9d77.dat