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7lip

X-ray structure of SPOP MATH domain (D140G)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Speckle-type POZ protein

Homo sapiens

UniProt O43791

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 29–166 片段：MATH domain 突变：D140G SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4. Two ul of the protein at 24 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT was mixed with 2 ul of the reservoir solution. The reservoir solution was 0.5 ml. 分辨率 1.48 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7LIP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2CR2 Solution structure of N-terminal domain of speckle-type POZ protein 提交 2005-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–173（146 aa） 片段：math domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.25mM math domain U-13C,15N; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3HQI Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx/BTB/3-box-PucSBC1 提交 2009-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 28–329（302 aa） 片段：UNP residues 28-329
链 B 28–329（302 aa） 片段：UNP residues 28-329
突变：D140G 突变：D140G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.62 Å R-free 0.275
3HQL Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases:SPOPMATHx-PucSBC1_pep2 提交 2009-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
突变：D140G SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.66 Å R-free 0.258
3HQL Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases:SPOPMATHx-PucSBC1_pep2 提交 2009-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
突变：D140G SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.66 Å R-free 0.258
3HQM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-CiSBC2 提交 2009-06-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
突变：D140G SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.74 Å R-free 0.218
3HQM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-CiSBC2 提交 2009-06-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
突变：D140G SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.74 Å R-free 0.218
3HSV Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-MacroH2ASBCpep2 提交 2009-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 28–166（139 aa）
链 B 28–166（139 aa）
突变：D140G 突变：D140G ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.43 Å R-free 0.206
3HTM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPBTB/3-box 提交 2009-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 172–329（158 aa） 片段：UNP residues 172-329
链 B 172–329（158 aa） 片段：UNP residues 172-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3HTM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPBTB/3-box 提交 2009-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 172–329（158 aa） 片段：UNP residues 172-329
链 D 172–329（158 aa） 片段：UNP residues 172-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3HU6 Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx/BTB/3-box-PucSBC1 提交 2009-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 28–329（302 aa） 片段：UNP residues 28-329
链 B 28–329（302 aa） 片段：UNP residues 28-329
突变：D140G 突变：D140G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å R-free 0.296
3IVB Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-MacroH2ASBCpep1 提交 2009-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
未记录 ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；10-20% PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.6, 50 mM zinc acetate. Cryoprotection 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.247
3IVQ Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-CiSBC2 提交 2009-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；28% PME 550, 0.1 M BTP, Cryoprotection: 35% PME 550, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3IVQ Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-CiSBC2 提交 2009-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；28% PME 550, 0.1 M BTP, Cryoprotection: 35% PME 550, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3IVV Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-PucSBC1_pep1 提交 2009-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；22% PME 550, 0.1 M HEPES, Cryoprotection: 30% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.25 Å R-free 0.199
4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 177–319（143 aa） 片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319
链 C 177–319（143 aa） 片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 177–319（143 aa） 片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 177–319（143 aa） 片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4HS2 Crystal Structure of the Human SPOP C-terminal Domain 提交 2012-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 270–374（105 aa） 片段：C-terminal domain (UNP residues 270-374)
突变：L273D, L282D, L285K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；26% PEG 1500, 7% isopropanol, 0.1M CaCl2, 0.1M imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.53 Å R-free 0.151
4J8Z Crystal Structure of the Human SPOP BTB Domain 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 169–374（206 aa） 片段：SPOP BTB domain, UNP residues 178-374
突变：Y353E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；32% PEG3350, 17% isopropanol, 0.1M tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.42 Å R-free 0.255
4J8Z Crystal Structure of the Human SPOP BTB Domain 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 169–374（206 aa） 片段：SPOP BTB domain, UNP residues 178-374
突变：Y353E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；32% PEG3350, 17% isopropanol, 0.1M tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.42 Å R-free 0.255
4O1V SPOP Promotes Tumorigenesis by Acting as a Key Regulatory Hub in Kidney Cancer 提交 2013-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa） 片段：MATH domain (UNP residues 28-166)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 100 mM sodium malonate, 36% PEG400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.221
6F8F Co-crystal structure of SPOP MATH domain and human Pdx1 fragment 提交 2017-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES pH 6.5, 10% (w/v) PEG6000 (final pH 7.0)
分辨率 2.00 Å R-free 0.274
6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 28–166（139 aa）
链 B 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000
分辨率 2.03 Å R-free 0.262
6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 28–166（139 aa）
链 D 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000
分辨率 2.03 Å R-free 0.262
6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 28–166（139 aa）
链 D 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000
分辨率 2.03 Å R-free 0.262
6I41 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (wild-type) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM NaCl, 25% (w/v) PEG3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.238
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
突变：E47K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 28–166（139 aa）
突变：E47K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 28–166（139 aa）
突变：E47K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 28–166（139 aa）
突变：E47K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
突变：M117V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 28–166（139 aa）
突变：M117V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 28–166（139 aa）
突变：M117V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 28–166（139 aa）
突变：M117V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 28–166（139 aa）
链 E 28–166（139 aa）
突变：D140N 突变：D140N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 28–166（139 aa）
链 G 28–166（139 aa）
突变：D140N 突变：D140N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
7D3D Crystal structure of SPOP bound with a peptide 提交 2020-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；200 mM sodium acetate trihydrate, pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7D3D Crystal structure of SPOP bound with a peptide 提交 2020-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；200 mM sodium acetate trihydrate, pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7KLZ Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide 提交 2020-11-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：D140G PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350
分辨率 3.40 Å R-free 0.241
7KLZ Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide 提交 2020-11-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：D140G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350
分辨率 3.40 Å R-free 0.241
7LIN X-ray structure of SPOP MATH domain (D140G) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：D140G SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH was at 24 mg/ml and 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml. Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4
分辨率 1.44 Å R-free 0.186
7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：S119D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.
分辨率 3.01 Å R-free 0.277
7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：S119D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.
分辨率 3.01 Å R-free 0.277
7LIQ X-ray structure of SPOP MATH domain (S119A) 提交 2021-01-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：S119A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the SPOP MATH S119A at 20 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-Tris, pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3,350).
分辨率 1.98 Å R-free 0.225
8DWS Full-length E47K SPOP 提交 2022-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
链 D 1–374（374 aa）
链 E 1–374（374 aa）
链 F 1–374（374 aa）
链 G 1–374（374 aa）
链 H 1–374（374 aa）
突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.73 Å
8DWT SPOP W22R Form 2 提交 2022-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–374（373 aa）
链 B 2–374（373 aa）
链 C 2–374（373 aa）
链 D 2–374（373 aa）
链 E 2–374（373 aa）
链 F 2–374（373 aa）
链 G 2–374（373 aa）
链 H 2–374（373 aa）
链 I 2–374（373 aa）
链 J 2–374（373 aa）
链 K 2–374（373 aa）
链 L 2–374（373 aa）
突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.20 Å
8DWU SPOP W22R Form 1 提交 2022-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
链 C 1–374（374 aa）
链 D 1–374（374 aa）
链 E 1–374（374 aa）
链 F 1–374（374 aa）
链 H 1–374（374 aa）
链 I 1–374（374 aa）
链 J 1–374（374 aa）
突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8DWV Full-length wild type SPOP 提交 2022-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–373（373 aa）
链 B 1–373（373 aa）
链 E 1–373（373 aa）
链 F 1–373（373 aa）
链 G 1–373（373 aa）
链 H 1–373（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9HFV MyD88 peptide_2 bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20,000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5
分辨率 1.45 Å R-free 0.214
9HGG SETD2 peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
9OUT SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
链 C 1–374（374 aa）
链 D 1–374（374 aa）
链 E 1–374（374 aa）
链 F 1–374（374 aa）
链 G 1–374（374 aa）
链 H 1–374（374 aa）
链 I 1–374（374 aa）
链 J 1–374（374 aa）
链 K 1–374（374 aa）
链 L 1–374（374 aa）
链 M 1–374（374 aa）
链 N 1–374（374 aa）
链 P 1–374（374 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9OUU SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–373（373 aa）
链 B 1–373（373 aa）
链 C 1–373（373 aa）
链 D 1–373（373 aa）
链 E 1–373（373 aa）
链 F 1–373（373 aa）
链 G 1–373（373 aa）
链 H 1–373（373 aa）
链 I 1–373（373 aa）
链 J 1–373（373 aa）
链 K 1–373（373 aa）
链 L 1–373（373 aa）
链 M 1–373（373 aa）
链 N 1–373（373 aa）
链 P 1–373（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9OUW SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–373（373 aa）
链 B 1–373（373 aa）
链 D 1–373（373 aa）
链 F 1–373（373 aa）
链 H 1–373（373 aa）
链 I 1–373（373 aa）
链 J 1–373（373 aa）
链 L 1–373（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 34 个其他 PDB 条目、53 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPOP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–143； UniProt 29–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7lip

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7lip
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7lip
沉积日期 deposition_date2021-01-27
结构标题 titleX-ray structure of SPOP MATH domain (D140G)
关键词 keywordsSPOP, 53BP1, DNA damage response, Homologous recombination, Ubiquitin ligase, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.59 Å
零角强度 I(0) i04260820.00
分子量 molecular_weight15013.0 kDa
排除体积 excluded_volume18922 ų
包络体积 envelope_volume21327 ų
水化壳体积 shell_volume12532 ų
包络直径 envelope_diameter49.8 Å
壳层 Rg shell_rg20.31 Å
包络 Rg envelope_rg14.95 Å
形状 Rg shape_rg14.54 Å
总 Rg total_rg15.88 Å
总原子数 total_atoms1054
残基数 n_residues131
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.9 Å
Rg (实空间) rg_real16.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2610e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5680e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4261000.0000
解质量估计 total_estimate0.8928
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.7 Å
偏度 Skewness skewness0.193
峰度 Kurtosis kurtosis-0.372
角度范围 angular_range— – 0.4950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha683100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.987
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd7lipa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.8 — TRAF domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.8.1 — TRAF domain-like
家族 Family familyb.8.1.1 — MATH domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)