7ljc

Allosteric modulator LY3154207 binding to SKF-81297-bound dopamine receptor 1 in complex with miniGs protein

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 113.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D(1A) dopamine receptor

Homo sapiens

UniProt P21728

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–446 未记录 Engineered human Gs alpha subunit × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanoboy 35 × 1 SK0 (1R)-6-chloro-1-phenyl-2,3,4,5-tetrahydro-1H-3-benzazepine-7,8-diol × 1 G4C 2-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-1-[(1S,3R)-3-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-(3-methyl-3-oxidanyl-butyl)-3,4-dihydro-1H-isoquinolin-2-yl]ethanone × 1 CLR CHOLESTEROL × 6 PLM PALMITIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DRD1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 49–494; UniProt 1–446

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Rattus norvegicus

UniProt P54311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 D(1A) dopamine receptor × 1 (P21728) Engineered human Gs alpha subunit × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanoboy 35 × 1 SK0 (1R)-6-chloro-1-phenyl-2,3,4,5-tetrahydro-1H-3-benzazepine-7,8-diol × 1 G4C 2-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-1-[(1S,3R)-3-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-(3-methyl-3-oxidanyl-butyl)-3,4-dihydro-1H-isoquinolin-2-yl]ethanone × 1 CLR CHOLESTEROL × 6 PLM PALMITIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、162 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 15–353; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 2–68 未记录 D(1A) dopamine receptor × 1 (P21728) Engineered human Gs alpha subunit × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Nanoboy 35 × 1 SK0 (1R)-6-chloro-1-phenyl-2,3,4,5-tetrahydro-1H-3-benzazepine-7,8-diol × 1 G4C 2-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-1-[(1S,3R)-3-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-(3-methyl-3-oxidanyl-butyl)-3,4-dihydro-1H-isoquinolin-2-yl]ethanone × 1 CLR CHOLESTEROL × 6 PLM PALMITIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–67; UniProt 2–68

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ljc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ljc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ljc
沉积日期 deposition_date2021-01-28
结构标题 titleAllosteric modulator LY3154207 binding to SKF-81297-bound dopamine receptor 1 in complex with miniGs protein
关键词 keywordsDopamine receptor 2, Gs protein, SKF-81297, PAM, LY3154207, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.93
零角强度 I(0) i0212251000.00
分子量 molecular_weight121550.0 kDa
排除体积 excluded_volume154070 ų
包络体积 envelope_volume194810 ų
水化壳体积 shell_volume47630 ų
包络直径 envelope_diameter122.0
壳层 Rg shell_rg40.52
包络 Rg envelope_rg34.27
形状 Rg shape_rg33.90
总 Rg total_rg34.54
总原子数 total_atoms8544
残基数 n_residues1040
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.8
Rg (实空间) rg_real33.38
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.87
I(0) (实空间) i0_real2.1230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal212200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8716
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.7
偏度 Skewness skewness0.414
峰度 Kurtosis kurtosis-0.199
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha59570000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.818; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.912

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd7ljcb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd7ljcg_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilya.137.3 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain
家族 Family familya.137.3.1 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain
结构域编号 domain_idd7ljcn1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7ljcn2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id7ljcA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id7ljcB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id7ljcN01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)