7mlb

Crystal structure of Thermus thermophilus transcription initiation complex with 5nt RNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q8RQE8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q8RQE7） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q5SKW1） ;DNA (5'-D(PCPTPGPCPAPTPCPCPCPTPGPAPGPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPTPAPAPTPGPGPAPGPGPGPAPTPGPCPAPG)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PAPCPUPCPA)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 5 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315 作者链 B； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt Q8RQE9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q5SHR6） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q8RQE8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q8RQE7） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q5SKW1） ;DNA (5'-D(PCPTPGPCPAPTPCPCPCPTPGPAPGPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPTPAPAPTPGPGPAPGPGPGPAPTPGPCPAPG)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PAPCPUPCPA)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 5 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_THET8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1119； UniProt 1–1119

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt Q8RQE8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q5SHR6） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q8RQE7） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q5SKW1） ;DNA (5'-D(PCPTPGPCPAPTPCPCPCPTPGPAPGPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPTPAPAPTPGPGPAPGPGPGPAPTPGPCPAPG)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PAPCPUPCPA)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 5 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOC_THET8
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1524； UniProt 1–1524

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

物种未注明

UniProt Q8RQE7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q5SHR6） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q8RQE8） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q5SKW1） ;DNA (5'-D(PCPTPGPCPAPTPCPCPCPTPGPAPGPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPTPAPAPTPGPGPAPGPGPGPAPTPGPCPAPG)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PAPCPUPCPA)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 5 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOZ_THET8
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

RNA polymerase sigma factor SigA

Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)

UniProt Q5SKW1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q5SHR6） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q8RQE8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q8RQE7） ;DNA (5'-D(PCPTPGPCPAPTPCPCPCPTPGPAPGPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPTPAPAPTPGPGPAPGPGPGPAPTPGPCPAPG)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PAPCPUPCPA)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 5 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5SKW1_THET8
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 21–443； UniProt 1–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7mlb
沉积日期 deposition_date	2021-04-28
结构标题 title	Crystal structure of Thermus thermophilus transcription initiation complex with 5nt RNA
关键词 keywords	Thermus thermophilus, transcription initiation, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7mlb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7mlb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7mlb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.07 Å
Rg（电子密度）	52.91 Å
总 Rg	52.88 Å
原子数	28400
残基数	3523
排除体积	505160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7mlb__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	35056.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	28400

MLDSKLKAPVFTVRTQGREYGEFVLEPLERGFGVTLGNPLRRILLSSIPGTAVTSVYIEDVLHEFSTIPGVKEDVVEIILNLKELVVRFLNPSLQTVTLLLKAEGPKEVKARDFLPVADVEIMNPDLHIATLEEGGRLNMEVRVDRGVGYVPAEKHGIKDRINAIPVDAVFSPVRRVAFQVEDTRLGQRTDLDKLTLRIWTDGSVTPLEALNQAVEILREHLTYFSNPQAAAVAAPEEAKEPEAPPEQEEELDLPLEELGLSTRVLHSLKEEGIESVRALLALNLKDLKNIPGIGERSLEEIKEALEKKGFTLKE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	125436.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MEIKRFGRIREVIPLPPLTEIQVESYRRALQADVPPEKRENVGIQAAFRETFPIEEEDKGKGGLVLDFLEYRLGEPPFPQDECREKDLTYQAPLYARLQLIHKDTGLIKEDEVFLGHIPLMTEDGSFIINGADRVIVSQIHRSPGVYFTPDPARPGRYIASIIPLPKRGPWIDLEVEPNGVVSMKVNKRKFPLVLLLRVLGYDQETLARELGAYGELVQGLMDESVFAMRPEEALIRLFTLLRPGDPPKRDKAVAYVYGLIADPRRYDLGEAGRYKAEEKLGIRLSGRTLARFEDGEFKDEVFLPTLRYLFALTAGVPGHEVDDIDHLGNRRIRTVGELMTDQFRVGLARLARGVRERMLMGSEDSLTPAKLVNSRPLEAAIREFFSRSQLSQFKDETNPLSSLRHKRRISALGPGGLTRERAGFDVRDVHRTHYGRICPVETPEGANIGLITSLAAYARVDELGFIRTPYRRVVGGVVTDEVVYMTATEEDRYTIAQANTPLEGNRIAAERVVARRKGEPVIVSPEEVEFMDVSPKQVFSVNTNLIPFLEHDDANRALMGSNMQTQAVPLIRAQAPVVMTGLEERVVRDSLAALYAEEDGEVAKVDGNRIVVRYEDGRLVEYPLRRFYRSNQGTALDQRPRVVVGQRVRKGDLLADGPASENGFLALGQNVLVAIMPFDGYNFEDAIVISEELLKRDFYTSIHIERYEIEARDTKLGPERITRDIPHLSEAALRDLDEEGVVRIGAEVKPGDILVGRTSFKGESEPTPEERLLRSIFGEKARDVKDTSLRVPPGEGGIVVRTVRLRRGDPGVELKPGVREVVRVYVAQKRKLQVGDKLANRHGNKGVVAKILPVEDMPHLPDGTPVDVILNPLGVPSRMNLGQILETHLGLAGYFLGQRYISPIFDGAKEPEIKELLAQAFEVYFGKRKGEGFGVDKREVEVLRRAEKLGLVTPGKTPEEQLKELFLQGKVVLYDGRTGEPIEGPIVVGQMFIMKLYHMVEDKMHARSTGPYSLITQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAHTLQEMLTLKSDDIEGRNAAYEAIIKGEDVPEPSVPESFRVLVKELQALALDVQTLDEKDNPVDIFEGLASKR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	170997.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MKKEVRKVRIALASPEKIRSWSYGEVEKPETINYRTLKPERDGLFDERIFGPIKDYECACGKYKRQRFEGKVCERCGVEVTKSIVRRYRMGHIELATPAAHIWFVKDVPSKIGTLLDLSATELEQVLYFSKYIVLDPKGAILNGVPVEKRQLLTDEEYRELRYGKQETYPLPPGVDALVKDGEEVVKGQELAPGVVSRLDGVALYRFPRRVRVEYVKKERAGLRLPLAAWVEKEAYKPGEILAELPEPYLFRAEEEGVVELKELEEGAFLVLRREDEPVATYFLPVGMTPLVVHGEIVEKGQPLAEAKGLLRMPRQVRAAQVEAEEEGETVYLTLFLEWTEPKDYRVQPHMNVVVPEGARVEAGDKIVAAIDPEEEVIAEAEGVVHLHEPASILVVKARVYPFEDDVEVSTGDRVAPGDVLADGGKVKSDVYGRVEVDLVRNVVRVVESYDIDARMGAEAIQQLLKELDLEALEKELLEEMKHPSRARRAKARKRLEVVRAFLDSGNRPEWMILEAVPVLPPDLRPMVQVDGGRFATSDLNDLYRRLINRNNRLKKLLAQGAPEIIIRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGAPVTNPGSDRPLRSLTDILSGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPQLKLHQCGLPKRMALELFKPFLLKKMEEKGIAPNVKAARRMLERQRDIKDEVWDALEEVIHGKVVLLNRAPTLHRLGIQAFQPVLVEGQSIQLHPLVCEAFNADFDGDQMAVHVPLSSFAQAEARIQMLSAHNLLSPASGEPLAKPSRDIILGLYYITQVRKEKKGAGLEFATPEEALAAHERGEVALNAPIKVAGRETSVGRLKYVFANPDEALLAVAHGIVDLQDVVTVRYMGKRLETSPGRILFARIVAEAVEDEKVAWELIQLDVPQEKNSLKDLVYQAFLRLGMEKTARLLDALKYYGFTFSTTSGITIGIDDAVIPEEKKQYLEEADRKLLQIEQAYEMGFLTDRERYDQILQLWTETTEKVTQAVFKNFEENYPFNPLYVMAQSGARGNPQQIRQLCGLRGLMQKPSGETFEVPVRSSFREGLTVLEYFISSHGARKGGADTALRTADSGYLTRKLVDVTHEIVVREADCGTTNYISVPLFQPDEVTRSLRLRKRADIEAGLYGRVLAREVEVLGVRLEEGRYLSMDDVHLLIKAAEAGEIQEVPVRSPLTCQTRYGVCQKCYGYDLSMARPVSIGEAVGIVAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGAADITQGLPRVIELFEARRPKAKAVISEIDGVVRIEETEEKLSVFVESEGFSKEYKLPKEARLLVKDGDYVEAGQPLTRGAIDPHQLLEAKGPEAVERYLVEEIQKVYRAQGVKLHDKHIEIVVRQMMKYVEVTDPGDSRLLEGQVLEKWDVEALNERLIAEGKTPVAWKPLLMGVTKSALSTKSWLSAASFQNTTHVLTEAAIAGKKDELIGLKENVILGRLIPAGTGSDFVRFTQVVDQKTLKAIEEARKEAVEAKERPAARRGVKREQPGKQA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	11533.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAEPGIDKLFGMVDSKYRLTVVVAKRAQQLLRHGFKNTVLEPEERPKMQTLEGLFDDPNAVTWAMKELLTGRLVFGENLVPEDRLQKEMERLYPVEREE

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor SigA
分子量 formula_weight	50769.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMKKSKRKNAQAQEAQETEVLVQEEAEELPEFPEGEPDPDLEDPDLTLEDDLLDLPEEGEGLDLEEEEEDLPIPKISTSDPVRQYLHEIGQVPLLTLEEEVELARKVEEGMEAIKKLSEITGLDPDLIREVVRAKILGSARVRHIPGLKETLDPKTVEEIDQKLKSLPKEHKRYLHIAREGEAARQHLIEANLRLVVSIAKKYTGRGLSFLDLIQEGNQGLIRAVEKFEYKRRFKFSTYATWWIRQAINRAIADQARTIRIPVHMVETINKLSRTARQLQQELGREPTYEEIAEAMGPGWDAKRVEETLKIAQEPVSLETPIGDEKDSFYGDFIPDEHLPSPVDAATQSLLSEELEKALSKLSEREAMVLKLRKGLIDGREHTLEEVGAFFGVTRERIRQIENKALRKLKYHESRTRKLRDFLD

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPTPGPCPAPTPCPCPCPTPGPAPGPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	6480.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CCTGCATCCCTGAGTGGAGGG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPAPTPAPAPTPGPGPAPGPGPGPAPTPGPCPAPG)-3') ;
分子量 formula_weight	8461.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

TATAATGGGAGCTGTCAGGGATGCAGG

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPCPUPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	1530.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ACUCA

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7mlbC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2

结构域编号 domain_id	7mlbC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	7mlbD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3

结构域编号 domain_id	7mlbD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain

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晶胞边长 a length_a	186.172 Å
晶胞边长 b length_b	104.266 Å
晶胞边长 c length_c	299.017 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	44.620 Å
R 因子 r_factor	0.2341
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2697

Crystal structure of Thermus thermophilus transcription initiation complex with 5nt RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase sigma factor SigA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7mlb__assembly_1__model_1

7mlb__assembly_1__model_1 | I(q)

7mlb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)