SAXSdb — 7msg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14, membrane form

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 6	CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14 × 3 （O95971,Q92956） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNF14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–165； UniProt 83–240 作者链 B； PDB构建体 8–165； UniProt 83–240 作者链 C； PDB构建体 8–165； UniProt 83–240

CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14

Homo sapiens

UniProt O95971

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 6	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14, membrane form × 3 （O43557） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BY55_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–118； UniProt 27–144 作者链 E； PDB构建体 1–118； UniProt 27–144 作者链 F； PDB构建体 1–118； UniProt 27–144

CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14

Homo sapiens

UniProt Q92956

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 6	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14, membrane form × 3 （O43557） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNR14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 139–243； UniProt 39–143 作者链 E； PDB构建体 139–243； UniProt 39–143 作者链 F； PDB构建体 139–243； UniProt 39–143

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7msg
沉积日期 deposition_date	2021-05-11
结构标题 title	The crystal structure of LIGHT in complex with HVEM and CD160
关键词 keywords	;IMMUNITY, N-GLYCOSYLATION, MEMBRANE, SECRETED PROTEIN, CYTOKINE, JELLY-ROLL FOLD, CYSTEINE RICH DOMAIN, SIGNALING, CELL MEMBRANE, SECRETED, IMMUNE SYSTEM, IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY, TNF ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7msg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7msg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7msg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.33 Å
Rg（电子密度）	36.95 Å
总 Rg	37.38 Å
原子数	8130
残基数	1044
排除体积	143950 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7msg__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14, membrane form
分子量 formula_weight	18188.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	8130

HHHHHHGLIQERRSHEVNPAAHLTGANSSLTGSGGPLLWETQLGLAFLRGLSYHDGALVVTKAGYYYIYSKVQLGGVGCPLGLASTITHGLYKRTPRYPEELELLVSQQSPCGRATSSSRVWWDSSFLGGVVHLEAGEEVVVRVLDERLVRLRDGTRSYFGAFMV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
分子量 formula_weight	26314.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

INITSSASQEGTRLNLICTVWHKKEEAEGFVVFLCKDRSGDCSPETSLKQLRLKRDPGIDGVGEISSQLMFTISQVTPLHSGTYQCCARSQKSGIRLQGHFFSILFTETGNYTVTGLKGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSLPSCKEDEYPVGSECCPKCSPGYRVKEACGELTGTVCEPCPPGTYIAHLNGLSKCLQCQMCDPAMGLRASRNCSRTENAVCGCSPGHFCIVQDGDHCAACRAYATGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7msgE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	7msgF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

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晶胞边长 a length_a	214.689 Å
晶胞边长 b length_b	214.689 Å
晶胞边长 c length_c	214.689 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	19.933 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2566
R_free r_free	0.2847

The crystal structure of LIGHT in complex with HVEM and CD160

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14, membrane form

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7msg__assembly_1__model_1

7msg__assembly_1__model_1 | I(q)

7msg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of LIGHT in complex with HVEM and CD160

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14, membrane form

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7msg__assembly_1__model_1

7msg__assembly_1__model_1 | I(q)

7msg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)