7mx4

CD1c with antigen analogue 1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;(4S,8R,12S,16S,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl (1R,2S,3S,4R,5R)-2,3,4-trihydroxy-5-(hydroxymethyl)cyclohexyl hydrogen (R)-phosphate ; × 1 DODECANE × 1 (2S)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate × 1 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 MALONIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 195–279； UniProt 212–296

T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein

Homo sapiens

UniProt P29017

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;(4S,8R,12S,16S,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl (1R,2S,3S,4R,5R)-2,3,4-trihydroxy-5-(hydroxymethyl)cyclohexyl hydrogen (R)-phosphate ; × 1 DODECANE × 1 (2S)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate × 1 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 MALONIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD1C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–194； UniProt 19–212

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein × 1 （P29016,P29017） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;(4S,8R,12S,16S,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl (1R,2S,3S,4R,5R)-2,3,4-trihydroxy-5-(hydroxymethyl)cyclohexyl hydrogen (R)-phosphate ; × 1 DODECANE × 1 (2S)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate × 1 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 MALONIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–102； UniProt 20–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7mx4
沉积日期 deposition_date	2021-05-18
结构标题 title	CD1c with antigen analogue 1
关键词 keywords	lipid, CD1c, antigen-presenting, tuberculosis, LIPID BINDING PROTEIN, IMMUNE SYSTEM; LIPID BINDING PROTEIN, IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7mx4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7mx4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7mx4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.90 Å
Rg（电子密度）	23.76 Å
总 Rg	24.67 Å
原子数	3191
残基数	382
排除体积	56808 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7mx4__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein
分子量 formula_weight	31645.4 kDa
突变 mutation	N52Q, N57Q, K108G, N128Q, W241G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3413

ADASQEHVSFHVIQIFSFVNQSWARGQGSGWLDELQTHGWDSESGTIIFLHQWSKGQFSNEELSDLELLFRFYLFGLTREIQDHASQDYSKYPFEVQVKAGCELHSGGSPEGFFQVAFNGLDLLSFQQTTWVPSPGCGSLAQSVCHLLNHQYEGVTETVYNLIRSTCPRFLLGLLDAGKMYVHRQVRPEAWLSSGPSPGPGRLQLVCHVSGFYPKPVWVMWMRGEQEQQGTQLGDILPNANGTWYLRATLDVADGEAAGLSCRVKHSSLEGQDIILYWRGSL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	12616.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DAAIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDMGSLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;(4S,8R,12S,16S,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl (1R,2S,3S,4R,5R)-2,3,4-trihydroxy-5-(hydroxymethyl)cyclohexyl hydrogen (R)-phosphate ;
分子量 formula_weight	707.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(2S)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate
分子量 formula_weight	330.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID
分子量 formula_weight	207.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MALONIC ACID
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	222

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晶胞边长 a length_a	55.419 Å
晶胞边长 b length_b	71.737 Å
晶胞边长 c length_c	100.761 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.730 Å
最低分辨率 resolution_low	48.560 Å
R 因子 r_factor	0.2084
R_work r_work	0.2068
R_free r_free	0.2388

CD1c with antigen analogue 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7mx4__assembly_1__model_1

7mx4__assembly_1__model_1 | I(q)

7mx4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

CD1c with antigen analogue 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7mx4__assembly_1__model_1

7mx4__assembly_1__model_1 | I(q)

7mx4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)