7n2m

Crystal structure of DNA polymerase alpha catalytic core in complex with dCTP and template/primer having T-C mismatch at the post-insertion site

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase alpha catalytic subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 1 RNA 1	;RNA (5'-R(GPCPCPUPGPGPAPGPCPGPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APTAPGPTPCPGPCPTPCPCPAPGPGPC)-3') ; × 1 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 4 POTASSIUM ION × 1 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–922； UniProt 336–1257

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7n2m
沉积日期 deposition_date	2021-05-29
结构标题 title	Crystal structure of DNA polymerase alpha catalytic core in complex with dCTP and template/primer having T-C mismatch at the post-insertion site
关键词 keywords	;DNA replication, DNA polymerase, T-C mismatch, RNA primer, DNA template, human protein, DNA polymerase alpha, TRANSFERASE-DNA-RNA complex ;; TRANSFERASE/DNA/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7n2m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7n2m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7n2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.69 Å
Rg（电子密度）	31.21 Å
总 Rg	31.80 Å
原子数	7496
残基数	889
排除体积	133550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7n2m__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase alpha catalytic subunit
分子量 formula_weight	105583.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7606

DEEQVFHFYWLDAYEDQYNQPGVVFLFGKVWIESAETHVSCCVMVKNIERTLYFLPREMKIDLNTGKETGTPISMKDVYEEFDEKIATKYKIMKFKSKPVEKNYAFEIPDVPEKSEYLEVKYSAEMPQLPQDLKGETFSHVFGTNTSSLELFLMNRKIKGPCWLEVKSPQLLNQPVSWCKAEAMALKPDLVNVIKDVSPPPLVVMAFSMKTMQNAKNHQNEIIAMAALVHHSFALDKAAPKPPFQSHFCVVSKPKDCIFPYAFKEVIEKKNVKVEVAATERTLLGFFLAKVHKIDPDIIVGHNIYGFELEVLLQRINVCKAPHWSKIGRLKRSNMPKLGGRSGFGERNATCGRMICDVEISAKELIRCKSYHLSELVQQILKTERVVIPMENIQNMYSESSQLLYLLEHTWKDAKFILQIMCELNVLPLALQITNIAGNIMSRTLMGGRSERNEFLLLHAFYENNYIVPDKQIFRKPQQKLGDEDEEIDGDTNKYKKGRKKAAYAGGLVLDPKVGFYDKFILLLDFNSLYPSIIQEFNICFTTVQRVASEAQKVTEDGEQEQIPELPDPSLEMGILPREIRKLVERRKQVKQLMKQQDLNPDLILQYDIRQKALKLTANSMYGCLGFSYSRFYAKPLAALVTYKGREILMHTKEMVQKMNLEVIYGDTDSIMINTNSTNLEEVFKLGNKVKSEVNKLYKLLEIDIDGVFKSLLLLKKKKYAALVVEPTSDGNYVTKQELKGLDIVRRDWCDLAKDTGNFVIGQILSDQSRDTIVENIQKRLIEIGENVLNGSVPVSQFEINKALTKDPQDYPDKKSLPHVHVALWINSQGGRKVKAGDTVSYVICQDGSNLTASQRAYAPEQLQKQDNLTIDTQYYLAQQIHPVVARICEPIDGIDAVLIATWLGLDPTQFRVHHYHKDEEN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(GPCPCPUPGPGPAPGPCPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3537.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GCCUGGAGCGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTAPGPTPCPGPCPTPCPCPAPGPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4570.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ATAGTCGCTCCAGGC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	467.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	110

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晶胞边长 a length_a	140.285 Å
晶胞边长 b length_b	140.285 Å
晶胞边长 c length_c	181.066 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	44.510 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2280

Crystal structure of DNA polymerase alpha catalytic core in complex with dCTP and template/primer having T-C mismatch at the post-insertion site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase alpha catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7n2m__assembly_1__model_1

7n2m__assembly_1__model_1 | I(q)

7n2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of DNA polymerase alpha catalytic core in complex with dCTP and template/primer having T-C mismatch at the post-insertion site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase alpha catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7n2m__assembly_1__model_1

7n2m__assembly_1__model_1 | I(q)

7n2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)