7ndt

UL40:01 TCR in complex with HLA-E with a non-natural amino acid

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	Beta-2-microglobulin × 2 （P61769） UL40(15-23 H4C) × 2 T cell receptor alpha variable 26-1,T cell receptor alpha joining 37,T cell receptor alpha chain constant × 2 （A0A087WT03,A0A087X096,P01848） T cell receptor beta variable 14,T cell receptor beta joining 2-3,T cell receptor beta constant 2 × 2 （A0A0B4J200,A0A5B0,A0A5B9） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HLAE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AAA； PDB构建体 2–277； UniProt 22–297 作者链 FFF； PDB构建体 2–277； UniProt 22–297

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 2 （P13747） UL40(15-23 H4C) × 2 T cell receptor alpha variable 26-1,T cell receptor alpha joining 37,T cell receptor alpha chain constant × 2 （A0A087WT03,A0A087X096,P01848） T cell receptor beta variable 14,T cell receptor beta joining 2-3,T cell receptor beta constant 2 × 2 （A0A0B4J200,A0A5B0,A0A5B9） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 BBB； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119 作者链 GGG； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119

T cell receptor alpha variable 26-1,T cell receptor alpha joining 37,T cell receptor alpha chain constant

Homo sapiens

UniProt A0A087WT03

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 2 （P13747） Beta-2-microglobulin × 2 （P61769） UL40(15-23 H4C) × 2 T cell receptor beta variable 14,T cell receptor beta joining 2-3,T cell receptor beta constant 2 × 2 （A0A0B4J200,A0A5B0,A0A5B9） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TVAZ1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 DDD； PDB构建体 3–91； UniProt 19–107 作者链 III； PDB构建体 3–91； UniProt 19–107

T cell receptor alpha variable 26-1,T cell receptor alpha joining 37,T cell receptor alpha chain constant

Homo sapiens

UniProt A0A087X096

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 2 （P13747） Beta-2-microglobulin × 2 （P61769） UL40(15-23 H4C) × 2 T cell receptor beta variable 14,T cell receptor beta joining 2-3,T cell receptor beta constant 2 × 2 （A0A0B4J200,A0A5B0,A0A5B9） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A087X096_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 DDD； PDB构建体 94–112； UniProt 3–21 作者链 III； PDB构建体 94–112； UniProt 3–21

T cell receptor alpha variable 26-1,T cell receptor alpha joining 37,T cell receptor alpha chain constant

Homo sapiens

UniProt P01848

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 2 （P13747） Beta-2-microglobulin × 2 （P61769） UL40(15-23 H4C) × 2 T cell receptor beta variable 14,T cell receptor beta joining 2-3,T cell receptor beta constant 2 × 2 （A0A0B4J200,A0A5B0,A0A5B9） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRAC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 DDD； PDB构建体 114–198； UniProt 1–85 作者链 III； PDB构建体 114–198； UniProt 1–85

T cell receptor beta variable 14,T cell receptor beta joining 2-3,T cell receptor beta constant 2

Homo sapiens

UniProt A0A0B4J200

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 2 （P13747） Beta-2-microglobulin × 2 （P61769） UL40(15-23 H4C) × 2 T cell receptor alpha variable 26-1,T cell receptor alpha joining 37,T cell receptor alpha chain constant × 2 （A0A087WT03,A0A087X096,P01848） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TJB23_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 EEE； PDB构建体 100–113； UniProt 3–16 作者链 JJJ； PDB构建体 100–113； UniProt 3–16

T cell receptor beta variable 14,T cell receptor beta joining 2-3,T cell receptor beta constant 2

Homo sapiens

UniProt A0A5B0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 2 （P13747） Beta-2-microglobulin × 2 （P61769） UL40(15-23 H4C) × 2 T cell receptor alpha variable 26-1,T cell receptor alpha joining 37,T cell receptor alpha chain constant × 2 （A0A087WT03,A0A087X096,P01848） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TVB14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 EEE； PDB构建体 2–97； UniProt 20–115 作者链 JJJ； PDB构建体 2–97； UniProt 20–115

T cell receptor beta variable 14,T cell receptor beta joining 2-3,T cell receptor beta constant 2

Homo sapiens

UniProt A0A5B9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 2 （P13747） Beta-2-microglobulin × 2 （P61769） UL40(15-23 H4C) × 2 T cell receptor alpha variable 26-1,T cell receptor alpha joining 37,T cell receptor alpha chain constant × 2 （A0A087WT03,A0A087X096,P01848） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRBC2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 EEE； PDB构建体 115–243； UniProt 1–129 作者链 JJJ； PDB构建体 115–243； UniProt 1–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ndt
沉积日期 deposition_date	2021-02-02
结构标题 title	UL40:01 TCR in complex with HLA-E with a non-natural amino acid
关键词 keywords	TCR-pHLA complex, non-natural amino acid, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ndt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ndt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ndt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.99 Å
Rg（电子密度）	46.54 Å
总 Rg	46.46 Å
原子数	13021
残基数	1615
排除体积	228210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ndt__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
分子量 formula_weight	31911.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,FFF
原子数 atom_count	13024

MGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMHGCELGPDGRFLRGYEQCAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQRAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BBB,GGG

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	UL40(15-23 H4C)
分子量 formula_weight	1046.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	CCC,HHH

VMAPRTLIL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	T cell receptor alpha variable 26-1,T cell receptor alpha joining 37,T cell receptor alpha chain constant
分子量 formula_weight	22012.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	DDD,III

MAAKTTQPPSMDVAEGRAANLPCNHSTISGNEYVYWYRQIHSQGPQYIIHGLKNNETNEMASLIITEDRKSSTLILPHATLRDTAVYYCIVVRSSNTGKLIFGQGTTLQVKPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	T cell receptor beta variable 14,T cell receptor beta joining 2-3,T cell receptor beta constant 2
分子量 formula_weight	27613.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	EEE,JJJ

MEAGVTQFPSHSVIEKGQTVTLRCDPISGHDNLYWYRRVMGKEIKFLLHFVKESKQDESGMPNNRFLAERTGGTYSTLKVQPAELEDSGVYFCASSQDRDTQYFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	117.614 Å
晶胞边长 b length_b	76.577 Å
晶胞边长 c length_c	130.341 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.999 Å
最低分辨率 resolution_low	65.270 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2212
R_free r_free	0.2694

UL40:01 TCR in complex with HLA-E with a non-natural amino acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor alpha variable 26-1,T cell receptor alpha joining 37,T cell receptor alpha chain constant

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor alpha variable 26-1,T cell receptor alpha joining 37,T cell receptor alpha chain constant

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor alpha variable 26-1,T cell receptor alpha joining 37,T cell receptor alpha chain constant

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor beta variable 14,T cell receptor beta joining 2-3,T cell receptor beta constant 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor beta variable 14,T cell receptor beta joining 2-3,T cell receptor beta constant 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor beta variable 14,T cell receptor beta joining 2-3,T cell receptor beta constant 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ndt__assembly_1__model_1

7ndt__assembly_1__model_1 | I(q)

7ndt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source