SAXSdb — 7nv0

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase kappa

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Proliferating cell nuclear antigen × 3 （P12004） DNA Primer × 1 DNA Template × 1 THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–870； UniProt 1–870

Proliferating cell nuclear antigen

Homo sapiens

UniProt P12004

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA polymerase kappa × 1 （Q9UBT6） DNA Primer × 1 DNA Template × 1 THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–264； UniProt 1–261 作者链 C； PDB构建体 4–264； UniProt 1–261 作者链 D； PDB构建体 4–264； UniProt 1–261

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7nv0
沉积日期 deposition_date	2021-03-15
结构标题 title	Human Pol Kappa holoenzyme with wt PCNA
关键词 keywords	Translesion synthesis, TLS, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7nv0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7nv0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7nv0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.41 Å
Rg（电子密度）	39.52 Å
总 Rg	39.68 Å
原子数	9928
残基数	1232
排除体积	173850 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7nv0__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase kappa
分子量 formula_weight	98952.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9928

MDSTKEKCDSYKDDLLLRMGLNDNKAGMEGLDKEKINKIIMEATKGSRFYGNELKKEKQVNQRIENMMQQKAQITSQQLRKAQLQVDRFAMELEQSRNLSNTIVHIDMDAFYAAVEMRDNPELKDKPIAVGSMSMLSTSNYHARRFGVRAAMPGFIAKRLCPQLIIVPPNFDKYRAVSKEVKEILADYDPNFMAMSLDEAYLNITKHLEERQNWPEDKRRYFIKMGSSVENDNPGKEVNKLSEHERSISPLLFEESPSDVQPPGDPFQVNFEEQNNPQILQNSVVFGTSAQEVVKEIRFRIEQKTTLTASAGIAPNTMLAKVCSDKNKPNGQYQILPNRQAVMDFIKDLPIRKVSGIGKVTEKMLKALGIITCTELYQQRALLSLLFSETSWHYFLHISLGLGSTHLTRDGERKSMSVERTFSEINKAEEQYSLCQELCSELAQDLQKERLKGRTVTIKLKNVNFEVKTRASTVSSVVSTAEEIFAIAKELLKTEIDADFPHPLRLRLMGVRISSFPNEEDRKHQQRSIIGFLQAGNQALSATECTLEKTDKDKFVKPLEMSHKKSFFDKKRSERKWSHQDTFKCEAVNKQSFQTSQPFQVLKKKMNENLEISENSDDCQILTCPVCFRAQGCISLEALNKHVDECLDGPSISENFKMFSCSHVSATKVNKKENVPASSLCEKQDYEAHPKIKEISSVDCIALVDTIDNSSKAESIDALSNKHSKEECSSLPSKSFNIEHCHQNSSSTVSLENEDVGSFRQEYRQPYLCEVKTGQALVCPVCNVEQKTSDLTLFNVHVDVCLNKSFIQELRKDKFNPVNQPKESSRSTGSSSGVQKAVTRTKRPGLMTKYSTSKKIKPNNPKHTLDIFFK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Proliferating cell nuclear antigen
分子量 formula_weight	29088.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D

GPHMFEARLVQGSILKKVLEALKDLINEACWDISSSGVNLQSMDSSHVSLVQLTLRSEGFDTYRCDRNLAMGVNLTSMSKILKCAGNEDIITLRAEDNADTLALVFEAPNQEKVSDYEMKLMDLDVEQLGIPEQEYSCVVKMPSGEFARICRDLSHIGDAVVISCAKDGVKFSASGELGNGNIKLSQTSNVDKEEEAVTIEMNEPVQLTFALRYLNFFTKATPLSSTVTLSMSADVPLVVEYKIADMGHLKYYLAPKIEDEEGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA Primer
分子量 formula_weight	7666.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

AGCTATGACCATGATTACGAATTGC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA Template
分子量 formula_weight	11677.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

CTGCACGAATTAAGCAATTCGTAATCATGGTCATAGCT

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	482.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	254040

Human Pol Kappa holoenzyme with wt PCNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase kappa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Proliferating cell nuclear antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7nv0__assembly_1__model_1

7nv0__assembly_1__model_1 | I(q)

7nv0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Human Pol Kappa holoenzyme with wt PCNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase kappa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Proliferating cell nuclear antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7nv0__assembly_1__model_1

7nv0__assembly_1__model_1 | I(q)

7nv0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)