7nyw

Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA head module

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 192.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromosome partition protein MukB

Photorhabdus thracensis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 10 DNA 4 PDB 声明：tetradecameric（14）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–1482 链 B； UniProt 1–1482	突变：E1407Q	Chromosome partition protein MukF × 2 （A0A0F7LMQ4） Chromosome partition protein MukE × 2 （A0A0F7LPV6） Acyl carrier protein × 2 （A0A6D2XA84） Macrodomain Ter protein × 2 （A0A0F7LUV5） matS2 DNA 80 b, oligo FBA769 × 1 matS2 DNA 80 b, oligo FBA770 × 1 DNA 80 b × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7NYW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7NYX Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (closed conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–1482（1482 aa）链 B 1–1482（1482 aa）	突变：E1407Q 突变：E1407Q	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7NYY Cryo-EM structure of the MukBEF monomer 提交 2021-03-23	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–1482（1482 aa）链 B 1–1482（1482 aa）	突变：E1407Q 突变：E1407Q	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.80 Å
7NYZ Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (partially open conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–1482（1482 aa）链 B 1–1482（1482 aa）	突变：E1407Q 突变：E1407Q	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
7NZ0 Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (open conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–1482（1482 aa）链 B 1–1482（1482 aa）	突变：E1407Q 突变：E1407Q	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
7NZ2 Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA tetrad 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：44-meric	链 A1 1–1482（1482 aa）链 A2 1–1482（1482 aa）链 A3 1–1482（1482 aa）链 A4 1–1482（1482 aa）链 B1 1–1482（1482 aa）链 B2 1–1482（1482 aa）链 B3 1–1482（1482 aa）链 B4 1–1482（1482 aa）	突变：E1407Q 突变：E1407Q 突变：E1407Q 突变：E1407Q 突变：E1407Q 突变：E1407Q 突变：E1407Q 突变：E1407Q	MG MAGNESIUM ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.00 Å
7NZ3 Cryo-EM structure of apposed MukBEF-MatP monomers on DNA 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：24-meric	链 A1 1–1482（1482 aa）链 A2 1–1482（1482 aa）链 B1 1–1482（1482 aa）链 B2 1–1482（1482 aa）	突变：E1407Q 突变：E1407Q 突变：E1407Q 突变：E1407Q	MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.00 Å
7NZ4 Cryo-EM structure of the MukBEF dimer 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A1 1–1482（1482 aa）链 A2 1–1482（1482 aa）链 B1 1–1482（1482 aa）链 B2 1–1482（1482 aa）	突变：E1407Q 突变：E1407Q 突变：E1407Q 突变：E1407Q	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 13.00 Å
9GM6 MukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate (heads core) 提交 2024-08-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1482（1482 aa）链 B 1–1482（1482 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å
9GM7 MukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate (monomer) 提交 2024-08-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–1482（1482 aa）链 B 1–1482（1482 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.30 Å
9GM8 MukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate 提交 2024-08-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–1482（1482 aa）链 B 1–1482（1482 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å
9GM9 MukBEF in a DNA capture state 提交 2024-08-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 A 1–1482（1482 aa）链 B 1–1482（1482 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 7.80 Å
9GMA MukBEF in a DNA capture state (dimer) 提交 2024-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–1482（1482 aa）链 B 1–1482（1482 aa）链 O 1–1482（1482 aa）链 P 1–1482（1482 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 9.10 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0F7LRY2_9GAMM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1482； UniProt 1–1482 作者链 B； PDB构建体 1–1482； UniProt 1–1482

Chromosome partition protein MukF

Photorhabdus thracensis

UniProt A0A0F7LMQ4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 10 DNA 4 PDB 声明：tetradecameric（14）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–440 链 D； UniProt 1–440	未记录	Chromosome partition protein MukB × 2 （A0A0F7LRY2） Chromosome partition protein MukE × 2 （A0A0F7LPV6） Acyl carrier protein × 2 （A0A6D2XA84） Macrodomain Ter protein × 2 （A0A0F7LUV5） matS2 DNA 80 b, oligo FBA769 × 1 matS2 DNA 80 b, oligo FBA770 × 1 DNA 80 b × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7NYW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7NYX Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (closed conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7NYY Cryo-EM structure of the MukBEF monomer 提交 2021-03-23	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）	未记录	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.80 Å
7NYZ Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (partially open conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
7NZ0 Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (open conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
7NZ2 Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA tetrad 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：44-meric	链 C1 1–440（440 aa）链 C2 1–440（440 aa）链 D1 1–440（440 aa）链 D2 1–440（440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.00 Å
7NZ3 Cryo-EM structure of apposed MukBEF-MatP monomers on DNA 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：24-meric	链 C1 1–440（440 aa）链 C2 1–440（440 aa）链 D1 1–440（440 aa）链 D2 1–440（440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.00 Å
7NZ4 Cryo-EM structure of the MukBEF dimer 提交 2021-03-23	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 C1 1–440（440 aa）链 D1 1–440（440 aa）	未记录	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 13.00 Å
9GM6 MukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate (heads core) 提交 2024-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 1–440（440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å
9GM7 MukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate (monomer) 提交 2024-08-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.30 Å
9GM8 MukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate 提交 2024-08-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å
9GM9 MukBEF in a DNA capture state 提交 2024-08-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 7.80 Å
9GMA MukBEF in a DNA capture state (dimer) 提交 2024-08-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 9.10 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0F7LMQ4_9GAMM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 D； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440

Chromosome partition protein MukE

Photorhabdus thracensis

UniProt A0A0F7LPV6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 10 DNA 4 PDB 声明：tetradecameric（14）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 1–240 链 F； UniProt 1–240	未记录	Chromosome partition protein MukB × 2 （A0A0F7LRY2） Chromosome partition protein MukF × 2 （A0A0F7LMQ4） Acyl carrier protein × 2 （A0A6D2XA84） Macrodomain Ter protein × 2 （A0A0F7LUV5） matS2 DNA 80 b, oligo FBA769 × 1 matS2 DNA 80 b, oligo FBA770 × 1 DNA 80 b × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7NYW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7NYX Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (closed conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 E 1–240（240 aa）链 F 1–240（240 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7NYY Cryo-EM structure of the MukBEF monomer 提交 2021-03-23	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–240（240 aa）链 F 1–240（240 aa）	未记录	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.80 Å
7NYZ Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (partially open conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 E 1–240（240 aa）链 F 1–240（240 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
7NZ0 Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (open conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 E 1–240（240 aa）链 F 1–240（240 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
7NZ2 Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA tetrad 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：44-meric	链 E1 1–240（240 aa）链 E2 1–240（240 aa）链 E3 1–240（240 aa）链 E4 1–240（240 aa）链 F1 1–240（240 aa）链 F2 1–240（240 aa）链 F3 1–240（240 aa）链 F4 1–240（240 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.00 Å
7NZ3 Cryo-EM structure of apposed MukBEF-MatP monomers on DNA 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：24-meric	链 E1 1–240（240 aa）链 E2 1–240（240 aa）链 F1 1–240（240 aa）链 F2 1–240（240 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.00 Å
7NZ4 Cryo-EM structure of the MukBEF dimer 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 E1 1–240（240 aa）链 E2 1–240（240 aa）链 F1 1–240（240 aa）链 F2 1–240（240 aa）	未记录	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 13.00 Å
9GM6 MukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate (heads core) 提交 2024-08-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 1–240（240 aa）链 F 1–240（240 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å
9GM7 MukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate (monomer) 提交 2024-08-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–240（240 aa）链 F 1–240（240 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.30 Å
9GM8 MukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate 提交 2024-08-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–240（240 aa）链 F 1–240（240 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å
9GM9 MukBEF in a DNA capture state 提交 2024-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 E 1–240（240 aa）链 F 1–240（240 aa）链 Q 1–240（240 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 7.80 Å
9GMA MukBEF in a DNA capture state (dimer) 提交 2024-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 E 1–240（240 aa）链 F 1–240（240 aa）链 Q 1–240（240 aa）链 R 1–240（240 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 9.10 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0F7LPV6_9GAMM
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–240； UniProt 1–240 作者链 F； PDB构建体 1–240； UniProt 1–240

Acyl carrier protein

物种未注明

UniProt A0A6D2XA84

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 10 DNA 4 PDB 声明：tetradecameric（14）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–78 链 H； UniProt 1–78	未记录	Chromosome partition protein MukB × 2 （A0A0F7LRY2） Chromosome partition protein MukF × 2 （A0A0F7LMQ4） Chromosome partition protein MukE × 2 （A0A0F7LPV6） Macrodomain Ter protein × 2 （A0A0F7LUV5） matS2 DNA 80 b, oligo FBA769 × 1 matS2 DNA 80 b, oligo FBA770 × 1 DNA 80 b × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7NYW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7NYX Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (closed conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 G 1–78（78 aa）链 H 1–78（78 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7NYY Cryo-EM structure of the MukBEF monomer 提交 2021-03-23	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 1–78（78 aa）链 H 1–78（78 aa）	未记录	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.80 Å
7NYZ Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (partially open conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 G 1–78（78 aa）链 H 1–78（78 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
7NZ0 Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (open conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 G 1–78（78 aa）链 H 1–78（78 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
7NZ2 Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA tetrad 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：44-meric	链 G1 1–78（78 aa）链 G2 1–78（78 aa）链 G3 1–78（78 aa）链 G4 1–78（78 aa）链 H1 1–78（78 aa）链 H2 1–78（78 aa）链 H3 1–78（78 aa）链 H4 1–78（78 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.00 Å
7NZ3 Cryo-EM structure of apposed MukBEF-MatP monomers on DNA 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：24-meric	链 G1 1–78（78 aa）链 G2 1–78（78 aa）链 H1 1–78（78 aa）链 H2 1–78（78 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.00 Å
7NZ4 Cryo-EM structure of the MukBEF dimer 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 G1 1–78（78 aa）链 G2 1–78（78 aa）链 H1 1–78（78 aa）链 H2 1–78（78 aa）	未记录	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 13.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	A0A6D2XA84_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78 作者链 H； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78

Macrodomain Ter protein

Photorhabdus thracensis

UniProt A0A0F7LUV5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 10 DNA 4 PDB 声明：tetradecameric（14）与全部聚合物数一致	链 I； UniProt 1–151 链 J； UniProt 1–151	未记录	Chromosome partition protein MukB × 2 （A0A0F7LRY2） Chromosome partition protein MukF × 2 （A0A0F7LMQ4） Chromosome partition protein MukE × 2 （A0A0F7LPV6） Acyl carrier protein × 2 （A0A6D2XA84） matS2 DNA 80 b, oligo FBA769 × 1 matS2 DNA 80 b, oligo FBA770 × 1 DNA 80 b × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7NYW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7NYX Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (closed conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 I 1–151（151 aa）链 J 1–151（151 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7NYZ Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (partially open conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 I 1–151（151 aa）链 J 1–151（151 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
7NZ0 Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (open conformation) 提交 2021-03-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric	链 I 1–151（151 aa）链 J 1–151（151 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
7NZ2 Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA tetrad 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：44-meric	链 I1 1–151（151 aa）链 I2 1–151（151 aa）链 I3 1–151（151 aa）链 I4 1–151（151 aa）链 J1 1–151（151 aa）链 J2 1–151（151 aa）链 J3 1–151（151 aa）链 J4 1–151（151 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.00 Å
7NZ3 Cryo-EM structure of apposed MukBEF-MatP monomers on DNA 提交 2021-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：24-meric	链 I1 1–151（151 aa）链 I2 1–151（151 aa）链 J1 1–151（151 aa）链 J2 1–151（151 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.00 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	A0A0F7LUV5_9GAMM
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–151； UniProt 1–151 作者链 J； PDB构建体 1–151； UniProt 1–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7nyw
沉积日期 deposition_date	2021-03-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA head module
关键词 keywords	SMC-kleisin complex, ATPase, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.03 Å
零角强度 I(0) i0	2092870000.00
分子量 molecular_weight	354520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	432270 Å³
包络体积 envelope_volume	674880 Å³
水化壳体积 shell_volume	99954 Å³
包络直径 envelope_diameter	200.0 Å
壳层 Rg shell_rg	59.52 Å
包络 Rg envelope_rg	54.89 Å
形状 Rg shape_rg	56.05 Å
总 Rg total_rg	56.07 Å
总原子数 total_atoms	48634
残基数 n_residues	2899
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	192.4 Å
Rg (实空间) rg_real	55.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0930e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4120e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2093000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8746
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.323
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.440
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	309200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.807

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromosome partition protein MukB
分子量 formula_weight	170240.2 kDa
突变 mutation	E1407Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	48634

MIERGKFRSLTLVNWNGFFARTFDLDELVTTLSGGNGAGKSTTMAAFVTALIPDLTLLHFRNTTEAGATSGSRDKGLHGKLRAGVCYSTLDVINSRHQRVVVGVRLQQVAGRDRKVDIKPFMIQGLPTAIQPTQLLTENVGERQARVLPLNELKDRLDEMEGVQFKQFNSITDYHAQMFDLGVIPKRLRSASDRSKFYRLIEASLYGGISSAITRSLRDYLLPENSGVRKAFQDMEAALRENRITLEAIRVTQSDRDLFKHLITEATSYVSADYMRHANERRTHLDEALALRGELFGSHKQLATEQYRHVEMARELAEQSGASSDLETDHQAASDHLNLVQTAMRQQEKIDRYQVDLEELSYRLEEQTDVVEEAGELQAEYEARTEATEQEVDELKSQLADYQQALDVQQTRAIQYQQALQALERARELCRLPDLSVDNAEEWLETFQAKEQQATEALLALEQKLSVADAAHNQFEQAYQLVKNIVGETSRSEAWQSARELLRDWPSQRHLADRVQPLRMRLSELEQRLNNQQNAERLLSEFCKRQGRQYQAEDLEALQNELEARQEALSLSVNEGGERRMEMRQELEQLKQKIQSLTARAPVWLAAQDTLNQLCEQSGETLASSNDVTEYMQQLLEREREATVERDEVAAQKRELEKQIERLSQPSGAEDSRMIALAERFGGVLLSEIYDDITIDDAPYFSALYGPARHGIVVPDLSLVRPHLETLEDCPEDLYLIEGDPQSFDDSVFNAEEQTNAVLVKSSDRQWRYSRYPELPLFGRAARENRLEALNLERDALAERYATLSFDVQKIQRAHQAFSQFVGKHLSVAFDTDPEAEIRELRQRHTELEREVSRFEDQTQQQRQQYAQAKESLTTLNRLIPQVTLLLDETLIDRVEEVREEMDEAQEAARFLQQHGSALTKLEPMVAVLQSDPQQHEQLQQDYETAKHSQHQAKQQAFALVEIVQRRVHFSYSDSAGMLSENADLNDKLRQRLEHAESDRSRAREQLRQQQAQYSQFNQVLASLKSSYETKQDMLKELLQEMKDIGVQADANAEMRARERRDRLHEALSVNRSRVNQLEKQIAFCEAEMENVQKKLRKLERDYYQIREQVVSAKAGWCAVMRMVKDNGVERRLHRRELAYMEGGALRSMSDKALGALRLAVADNEHLRDALRLSEDPKRPERKVQFFIAVYQHLRERIRQDIIRTDDPVDAIEQMEIELARLTEELTAREQKLAISSKSVANIIRKTIQREQNRIRMLNQGLQAVSFGQVRGVRLNVNVRESHAILLDVLSEQQEQHQDLFNSQRLTFSEAMAKLYQRLNPQVDMGQRLPQTIGEELLDYRNYLELDVEVNRGSDGWLKAESGALSTGEAIGTGMSILVMVVQSWEEESRRLRGKDISPCRLLFLDQAARLDAKSIATLFELCERLQMQLIIAAPENISPEKGTTYKLVRKVFKNHEHVHVVGLRGFGQDAPATQLISDVTA

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus thracensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	230089
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Chromosome partition protein MukF
分子量 formula_weight	50193.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MSEYSQTVPELVSWARKNDFSISLPVERLAFLMAIAVLNSERLDGEMSEGELIDAFREVCKGFEQTAESVAVRANNAINDMVRQKLLNRFTSELADGNAIYRLTPLGISISDYYIRQREFSTLRLSMQLSIVANELHRAAEAAEEGGDEFHWHRNVFAPLKYSVAEIFDSIDMSQRLMDEQQNFVKEDIAALLNQDWQAAIANCEQLLSETSGTLRELQDTLEAAGDKLQANLLRIQDANMGSGGSELVDKLVFDLQSKLDRIISWGQQAIDLWIGYDRHVHKFIRTAIDMDKNRIFSQRLRQSVQHYFDNPWTLTVANAERLLDMRDEELALRNEEVTGELPLELEYEEFSEINDQLAAMIEKALLVYQQEQRPLDLGAVLRDYLAQHPLPRHFDVARILVDQAVRLGVAEADFSGLPAEWLAINDYGAKVQAHVIDTY

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus thracensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	230089
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Chromosome partition protein MukE
分子量 formula_weight	27423.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MSSTHIEQFMPVKLAQALANSLFPELDSQLRAGRHIGIDDLDNHAFLMDFQEQLEEFYARYNVELIRAPEGFFYLRPRSTTLIPRSVLSELDMMVGKILCYLYLSPERLANQGIFTSQELYEELISLADEGKLMKFVNQRSSGSDLDKQKLQEKVRTTLNRLRRLGMVYFLPNNNNKFTITEAVFRFGADVRSGDDPREIQLRMIRDGEAMPVEGSLSLDDSENDETPDNSAEGAGDEQP

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus thracensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	230089
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Acyl carrier protein
分子量 formula_weight	8645.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MSTIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Macrodomain Ter protein
分子量 formula_weight	18032.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MKYQQLENLECGWKWAYLIRKHQEGEPITKYIENSAAHAAVDKLIKLESEPVRVLEWIEQHMNPDLFNRMKQTIRARRKRHFNAEHQHTRKKSIDLDFPVWHRLSALSQRRGNTLSETIVQLIEDAERKEKYANQMSSLKHDLEAILGKNE

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus thracensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	230089
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	matS2 DNA 80 b, oligo FBA769
分子量 formula_weight	24625.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

CTCGCCTGTAAAGTAGGCATTAGTTGTTCGTAGTGCTCGTCTGGCTCTGGATTACCCGCCACTGTTACATTGTAACGGCA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	matS2 DNA 80 b, oligo FBA770
分子量 formula_weight	24715.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

TGCCGTTACAATGTAACAGTGGCGGGTAATCCAGAGCCAGACGAGCACTACGAACAACTAATGCCTACTTTACAGGCGAG

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA 80 b
分子量 formula_weight	9216.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M,N

ATATATATATATATATATATATATATATAT

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	4'-PHOSPHOPANTETHEINE
分子量 formula_weight	358.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	7nywE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2250 —

结构域编号 domain_id	7nywE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2260 — MukE-like family, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	7nywF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2250 —

结构域编号 domain_id	7nywF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2260 — MukE-like family, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	7nywI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — MatP, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7nywI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	7nywJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — MatP, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7nywJ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

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8. 引用文献 (2)

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分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	200438

fit	/app/data/saxs_computation/ny/7nyw/7nyw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ny/7nyw/7nyw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ny/7nyw/7nyw.dat

Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA head module

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromosome partition protein MukB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chromosome partition protein MukF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chromosome partition protein MukE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Acyl carrier protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Macrodomain Ter protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)