7nz1

Respiratory complex I from Escherichia coli - focused refinement of cytoplasmic arm

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	NADH-quinone oxidoreductase subunit B × 1 NADH-quinone oxidoreductase subunit E × 1 （P0AFD1） NADH-quinone oxidoreductase subunit F × 1 （P31979） NADH-quinone oxidoreductase subunit G × 1 （P33602） NADH-quinone oxidoreductase subunit I × 1 （P0AFD6） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 CALCIUM ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUOCD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–596； UniProt 1–596

NADH-quinone oxidoreductase subunit E

物种未注明

UniProt P0AFD1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	NADH-quinone oxidoreductase subunit B × 1 NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D × 1 （P33599） NADH-quinone oxidoreductase subunit F × 1 （P31979） NADH-quinone oxidoreductase subunit G × 1 （P33602） NADH-quinone oxidoreductase subunit I × 1 （P0AFD6） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 CALCIUM ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUOE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166

NADH-quinone oxidoreductase subunit F

物种未注明

UniProt P31979

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	NADH-quinone oxidoreductase subunit B × 1 NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D × 1 （P33599） NADH-quinone oxidoreductase subunit E × 1 （P0AFD1） NADH-quinone oxidoreductase subunit G × 1 （P33602） NADH-quinone oxidoreductase subunit I × 1 （P0AFD6） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 CALCIUM ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUOF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

NADH-quinone oxidoreductase subunit G

物种未注明

UniProt P33602

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	NADH-quinone oxidoreductase subunit B × 1 NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D × 1 （P33599） NADH-quinone oxidoreductase subunit E × 1 （P0AFD1） NADH-quinone oxidoreductase subunit F × 1 （P31979） NADH-quinone oxidoreductase subunit I × 1 （P0AFD6） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 CALCIUM ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUOG_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–908； UniProt 1–908

NADH-quinone oxidoreductase subunit I

物种未注明

UniProt P0AFD6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	NADH-quinone oxidoreductase subunit B × 1 NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D × 1 （P33599） NADH-quinone oxidoreductase subunit E × 1 （P0AFD1） NADH-quinone oxidoreductase subunit F × 1 （P31979） NADH-quinone oxidoreductase subunit G × 1 （P33602） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 CALCIUM ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUOI_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7nz1
沉积日期 deposition_date	2021-03-23
结构标题 title	Respiratory complex I from Escherichia coli - focused refinement of cytoplasmic arm
关键词 keywords	NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), oxidative phosphorylation, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7nz1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7nz1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7nz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.73 Å
Rg（电子密度）	42.85 Å
总 Rg	42.82 Å
原子数	18603
残基数	2358
排除体积	330140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7nz1__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit B
分子量 formula_weight	25097.8 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	19773

MDYTLTRIDPNGENDRYPLQKQEIVTDPLEQEVNKNVFMGKLNDMVNWGRKNSIWPYNFGLSCCYVEMVTSFTAVHDVARFGAEVLRASPRQADLMVVAGTCFTKMAPVIQRLYDQMLEPKWVISMGACANSGGMYDIYSVVQGVDKFIPVDVYIPGCPPRPEAYMQALMLLQESIGKERRPLSWVVGDQGVYRANMQSERERKRGERIAVTNLRTPDEI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D
分子量 formula_weight	68321.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTDLTAQEPAWQTRDHLDDPVIGELRNRFGPDAFTVQATRTGVPVVWIKREQLLEVGDFLKKLPKPYVMLFDLHGMDERLRTHREGLPAADFSVFYHLISIDRNRDIMLKVALAENDLHVPTFTKLFPNANWYERETWDLFGITFDGHPNLRRIMMPQTWKGHPLRKDYPARATEFSPFELTKAKQDLEMEALTFKPEEWGMKRGTENEDFMFLNLGPNHPSAHGAFRIVLQLDGEEIVDCVPDIGYHHRGAEKMGERQSWHSYIPYTDRIEYLGGCVNEMPYVLAVEKLAGITVPDRVNVIRVMLSELFRINSHLLYISTFIQDVGAMTPVFFAFTDRQKIYDLVEAITGFRMHPAWFRIGGVAHDLPRGWDRLLREFLDWMPKRLASYEKAALQNTILKGRSQGVAAYGAKEALEWGTTGAGLRATGIDFDVRKARPYSGYENFDFEIPVGGGVSDCYTRVMLKVEELRQSLRILEQCLNNMPEGPFKADHPLTTPPPKERTLQHIETLITHFLQVSWGPVMPANESFQMIEATKGINSYYLTSDGSTMSYRTRVRTPSFAHLQQIPAAIRGSLVSDLIVYLGSIDFVMSDVDR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit E
分子量 formula_weight	18630.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MHENQQPQTEAFELSAAEREAIEHEMHHYEDPRAASIEALKIVQKQRGWVPDGAIHAIADVLGIPASDVEGVATFYSQIFRQPVGRHVIRYCDSVVCHINGYQGIQAALEKKLNIKPGQTTFDGRFTLLPTCCLGNCDKGPNMMIDEDTHAHLTPEAIPELLERYK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit F
分子量 formula_weight	49368.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MKNIIRTPETHPLTWRLRDDKQPVWLDEYRSKNGYEGARKALTGLSPDEIVNQVKDAGLKGRGGAGFSTGLKWSLMPKDESMNIRYLLCNADEMEPGTYKDRLLMEQLPHLLVEGMLISAFALKAYRGYIFLRGEYIEAAVNLRRAIAEATEAGLLGKNIMGTGFDFELFVHTGAGRYICGEETALINSLEGRRANPRSKPPFPATSGAWGKPTCVNNVETLCNVPAILANGVEWYQNISKSKDAGTKLMGFSGRVKNPGLWELPFGTTAREILEDYAGGMRDGLKFKAWQPGGAGTDFLTEAHLDLPMEFESIGKAGSRLGTALAMAVDHEINMVSLVRNLEEFFARESCGWCTPCRDGLPWSVKILRALERGEGQPGDIETLEQLCRFLGPGKTFCAHAPGAVEPLQSAIKYFREEFEAGIKQPFSNTHLINGIQPNLLKERW

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit G
分子量 formula_weight	100419.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MATIHVDGKEYEVNGADNLLEACLSLGLDIPYFCWHPALGSVGACRQCAVKQYQNAEDTRGRLVMSCMTPASDGTFISIDDEEAKQFRESVVEWLMTNHPHDCPVCEEGGNCHLQDMTVMTGHSFRRYRFTKRTHRNQDLGPFISHEMNRCIACYRCVRYYKDYADGTDLGVYGAHDNVYFGRPEDGTLESEFSGNLVEICPTGVFTDKTHSERYNRKWDMQFAPSICQQCSIGCNISPGERYGELRRIENRYNGTVNHYFLCDRGRFGYGYVNLKDRPRQPVQRRGDDFITLNAEQAMQGAADILRQSKKVIGIGSPRASVESNFALRELVGEENFYTGIAHGEQERLQLALKVLREGGIYTPALREIESYDAVLVLGEDVTQTGARVALAVRQAVKGKAREMAAAQKVADWQIAAILNIGQRAKHPLFVTNVDDTRLDDIAAWTYRAPVEDQARLGFAIAHALDNSAPAVDGIEPELQSKIDVIVQALAGAKKPLIISGTNAGSLEVIQAAANVAKALKGRGADVGITMIARSVNSMGLGIMGGGSLEEALTELETGRADAVVVLENDLHRHASAIRVNAALAKAPLVMVVDHQRTAIMENAHLVLSAASFAESDGTVINNEGRAQRFFQVYDPAYYDSKTVMLESWRWLHSLHSTLLSREVDWTQLDHVIDAVVAKIPELAGIKDAAPDATFRIRGQKLAREPHRYSGRTAMRANISVHEPRQPQDIDTMFTFSMEGNNQPTAHRSQVPFAWAPGWNSPQAWNKFQDEVGGKLRFGDPGVRLFETSENGLDYFTSVPARFQPQDGKWRIAPYYHLFGSDELSQRAPVFQSRMPQPYIKLNPADAAKLGVNAGTRVSFSYDGNTVTLPVEIAEGLTAGQVGLPMGMSGIAPVLAGAHLEDLKEAQQ

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit I
分子量 formula_weight	20562.8 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MTLKELLVGFGTQVRSIWMIGLHAFAKRETRMYPEEPVYLPPRYRGRIVLTRDPDGEERCVACNLCAVACPVGCISLQKAETKDGRWYPEFFRINFSRCIFCGLCEEACPTTAIQLTPDFEMGEYKRQDLVYEKEDLLISGPGKYPEYNFYRMAGMAIDGKDKGEAENEAKPIDVKSLLP

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1170

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7nz1D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	7nz1G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	286333

Respiratory complex I from Escherichia coli - focused refinement of cytoplasmic arm

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH-quinone oxidoreductase subunit E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH-quinone oxidoreductase subunit F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH-quinone oxidoreductase subunit G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH-quinone oxidoreductase subunit I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7nz1__assembly_1__model_1

7nz1__assembly_1__model_1 | I(q)

7nz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)