7o2v

AURORA KINASE A IN COMPLEX WITH THE AUR-A/PDK1 INHIBITOR VI8

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aurora kinase A

Homo sapiens

UniProt O14965

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 116–403 未记录 V0K 1-[[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-~{N}-[(1~{R})-2-[[(3~{E})-3-(1~{H}-imidazol-5-ylmethylidene)-2-oxidanylidene-1~{H}-indol-5-yl]amino]-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]-6-methyl-2-oxidanylidene-pyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;295 K;0.2 M HEPES pH 7.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 20% PEG3350 分辨率 3.10 Å R-free 0.329

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 190 个其他 PDB 条目、232 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AURKA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 12–299; UniProt 116–403

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7o2v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7o2v
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7o2v
沉积日期 deposition_date2021-03-31
结构标题 titleAURORA KINASE A IN COMPLEX WITH THE AUR-A/PDK1 INHIBITOR VI8
关键词 keywords;SERINE/THREONINE, KINASE, AURORA, INHIBITOR, CRYSTAL, COMPLEX, CANCER, TUMOR, DUAL, ATP-BINDING, STRUCTURE-BASED, DRUG DESIGN, SBDD, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.17
零角强度 I(0) i016334800.00
分子量 molecular_weight31374.0 kDa
排除体积 excluded_volume39660 ų
包络体积 envelope_volume46152 ų
水化壳体积 shell_volume20135 ų
包络直径 envelope_diameter66.8
壳层 Rg shell_rg25.44
包络 Rg envelope_rg19.38
形状 Rg shape_rg19.14
总 Rg total_rg20.15
总原子数 total_atoms2246
残基数 n_residues264
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.2
Rg (实空间) rg_real20.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.09
I(0) (实空间) i0_real1.5910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16330000.0000
解质量估计 total_estimate0.7018
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary24.9
偏度 Skewness skewness0.296
峰度 Kurtosis kurtosis-0.320
角度范围 angular_range— – 0.3900 −1
当前正则化参数 α current_alpha8.7400
最高正则化参数 α highest_alpha3990000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 0.927; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.551

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)