SAXSdb — 7ogg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5 ;

Saccharomyces cerevisiae A364A

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 R； UniProt 1–556	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29 × 1 （P40026）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；2% (w/v) PEG 3350, 8% (v/v) 0.3 M Sodium malonate pH 7.5	分辨率 3.29 Å R-free 0.317

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7OGG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7LTO Nse5-6 complex 提交 2021-02-19	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–556（556 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7SDE Cryo-EM structure of Nse5/6 heterodimer 提交 2021-09-29	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–556（556 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7YQH Cryo-EM structure of 8-subunit Smc5/6 提交 2022-08-07	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–556（556 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.60 Å
8HQS Cryo-EM structure of 8-subunit Smc5/6 head region 提交 2022-12-14	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 1–556（556 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8I4W Cryo-EM structure of 5-subunit Smc5/6 head region 提交 2023-01-21	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–556（556 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.01 Å
8I4X Cryo-EM structure of 5-subunit Smc5/6 提交 2023-01-21	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–556（556 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.50 Å
8T8E cryoEM structure of Smc5/6 5mer 提交 2023-06-22	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–556（556 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Hepes, pH 7.5, 250 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8T8F Smc5/6 8mer 提交 2023-06-22	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–556（556 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Hepes, pH 7.5, 250 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NSE5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–556； UniProt 1–556

DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29

Saccharomyces cerevisiae A364A

UniProt P40026

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 Q； UniProt 177–464	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	;Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5 ; × 1 （Q03718）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；2% (w/v) PEG 3350, 8% (v/v) 0.3 M Sodium malonate pH 7.5	分辨率 3.29 Å R-free 0.317

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7OGG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6J0W Crystal Structure of Yeast Rtt107 and Nse6 提交 2018-12-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 13–41（29 aa）片段：Rtt107 interacting motif	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；277 K；22% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.0, 0.2M ammonium acetate	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
6J0W Crystal Structure of Yeast Rtt107 and Nse6 提交 2018-12-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 13–41（29 aa）片段：Rtt107 interacting motif	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；277 K；22% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.0, 0.2M ammonium acetate	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
7LTO Nse5-6 complex 提交 2021-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–464（464 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7SDE Cryo-EM structure of Nse5/6 heterodimer 提交 2021-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–464（464 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7YQH Cryo-EM structure of 8-subunit Smc5/6 提交 2022-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–464（464 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.60 Å
8HQS Cryo-EM structure of 8-subunit Smc5/6 head region 提交 2022-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 1–464（464 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8I4V Cryo-EM structure of 5-subunit Smc5/6 arm region 提交 2023-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 87–150（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.97 Å
8I4W Cryo-EM structure of 5-subunit Smc5/6 head region 提交 2023-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–464（464 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.01 Å
8I4X Cryo-EM structure of 5-subunit Smc5/6 提交 2023-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 87–464（378 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.50 Å
8T8E cryoEM structure of Smc5/6 5mer 提交 2023-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–464（464 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Hepes, pH 7.5, 250 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8T8F Smc5/6 8mer 提交 2023-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–464（464 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Hepes, pH 7.5, 250 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
8WJO Cryo-EM structure of 8-subunit Smc5/6 arm region 提交 2023-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–464（464 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.04 Å

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KRE29_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 6–293； UniProt 177–464

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ogg
沉积日期 deposition_date	2021-05-06
结构标题 title	Nse5/6 complex
关键词 keywords	NSe5/6, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.59 Å
零角强度 I(0) i0	77117800.00
分子量 molecular_weight	69395.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86817 Å³
包络体积 envelope_volume	116740 Å³
水化壳体积 shell_volume	35628 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.1 Å
壳层 Rg shell_rg	34.65 Å
包络 Rg envelope_rg	27.33 Å
形状 Rg shape_rg	26.65 Å
总 Rg total_rg	27.25 Å
总原子数 total_atoms	4880
残基数 n_residues	655
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.5 Å
Rg (实空间) rg_real	27.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6895
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.324
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.228
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.852; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.177; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.874

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5 ;
分子量 formula_weight	68795.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	4888

MDGALINSVLYVSPRNGAHYFVELTEKHLLAFEMLNSMCLLENYDHVLLFLECQFGKSHNLAVIPFDIILVLFTLSTLSEYYKEPILRANDPYNTSRETLSRRALKLLQKYLAILKEFDSEQYNLYDLELLRCQFFLAIDTLTPKKQKWGFDRFRRTKSESGVTYRQNASVDPELDQAKTFKNPYRSYISCLEQRNTILGNRLLNLKLNEPGEFINMILWTLSNSLQESTPLFLSSHEIWMPLLEILIDLFSCRQDYFIQHEVAQNVSKSLFVQRLSESPLAVFFESLNTRNFANRFSEYVFLNCDYKLPSDNYATPVHPVYNGENTIVDTYIPTIKCSPLYKSQKSLALRRKLIGSCFKLLLRVPDGHRLITPRIVADDVIQGISRTLASFNDILQFKKFFMTENLSQESYFIPLLAEGTLSEILKDTQECVVILTLVENLSDGVSFCNEVIGLVKSKCFAFTEQCSQASYEEAVLNIEKCDVCLLVLLRYLLHLIGTEAILDAKEQLEMLHAIEKNDSGRRQWAKALNLGNDPPLLYPIVSQMFGVHDKSVIIEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae A364A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	765312
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29
分子量 formula_weight	36332.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

GPAAMSGSIPEIYLDVVTKETISDKYKDWHFISKNCHYEQLMDLEMKDTAYSFLFGSSRSQGKVPEFVHLKCPSITNLLVLFGVNQEKCNSLKINYEKKENSRYDNLCTIFPVNKMLKFLMYFYSDDDNDDVREFFLKAFICLILDRKVFNAMESDHRLCFKVLELFNEAHFINSYFEIVDKNDFFLHYRLLQIFPHLQSALLRRRFSEKQGRTETIQQNIIKEFNEFFDCKNYKNLLYFILTMYGSKFIPFGPKCQVTEYFKDCILDISNETTNDVEISILKGILNLFSKIRGXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae A364A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	765312
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	99.116 Å
晶胞边长 b length_b	147.368 Å
晶胞边长 c length_c	74.444 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.290 Å
最低分辨率 resolution_low	19.850 Å
R 因子 r_factor	0.2989
R_work r_work	0.2970
R_free r_free	0.3167

fit	/app/data/saxs_computation/og/7ogg/7ogg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/og/7ogg/7ogg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/og/7ogg/7ogg.dat

Nse5/6 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)