SAXSdb — 7ozs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative ribosomal protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	60S ribosomal protein l5-like protein × 1 （G0SEG2） Ribosome biogenesis regulatory protein × 1 （G0SCH6） Ribosome production factor 2 homolog × 1 （G0SF80） 5S rRNA × 1 unknown × 1 Syo1 × 1 （G0S5S6）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SHQ2_CHATD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173

60S ribosomal protein l5-like protein

物种未注明

UniProt G0SEG2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Putative ribosomal protein × 1 （G0SHQ2） Ribosome biogenesis regulatory protein × 1 （G0SCH6） Ribosome production factor 2 homolog × 1 （G0SF80） 5S rRNA × 1 unknown × 1 Syo1 × 1 （G0S5S6）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SEG2_CHATD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304

Ribosome biogenesis regulatory protein

物种未注明

UniProt G0SCH6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Putative ribosomal protein × 1 （G0SHQ2） 60S ribosomal protein l5-like protein × 1 （G0SEG2） Ribosome production factor 2 homolog × 1 （G0SF80） 5S rRNA × 1 unknown × 1 Syo1 × 1 （G0S5S6）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SCH6_CHATD
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–202； UniProt 1–202

Ribosome production factor 2 homolog

物种未注明

UniProt G0SF80

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Putative ribosomal protein × 1 （G0SHQ2） 60S ribosomal protein l5-like protein × 1 （G0SEG2） Ribosome biogenesis regulatory protein × 1 （G0SCH6） 5S rRNA × 1 unknown × 1 Syo1 × 1 （G0S5S6）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SF80_CHATD
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–350； UniProt 1–350

Syo1

物种未注明

UniProt G0S5S6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Putative ribosomal protein × 1 （G0SHQ2） 60S ribosomal protein l5-like protein × 1 （G0SEG2） Ribosome biogenesis regulatory protein × 1 （G0SCH6） Ribosome production factor 2 homolog × 1 （G0SF80） 5S rRNA × 1 unknown × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0S5S6_CHATD
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–676； UniProt 1–676

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ozs
沉积日期 deposition_date	2021-06-28
结构标题 title	Structure of the hexameric 5S RNP from C. thermophilum
关键词 keywords	5S RNP, Ribosome biogenesis, Symportin 1, Rpf2-Rrs1, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ozs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ozs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ozs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.30 Å
Rg（电子密度）	40.77 Å
总 Rg	40.95 Å
原子数	12770
残基数	1456
排除体积	218060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ozs__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative ribosomal protein
分子量 formula_weight	20119.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	12770

MSSEKAQNPMRELRIQKLVLNISVGESGDRLTRAAKVLEQLSGQTPVYSKARYTVRQFGIRRNEKIAVHVTVRGPKAEEILERGLKVKEYELRRRNFSETGNFGFGISEHIDLGIKYDPSIGIYGMDFYCCMTRPGERVAKRRRCKSRIGASHRITREETIRWFKQRFDGIVR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	60S ribosomal protein l5-like protein
分子量 formula_weight	35034.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MAFHKLVKNSAYYSRFQTKFKRRRQGKTDYYARKRLITQAKNKYNAPKYRLVVRFTNRDIITQMVTSEINGDKIFAAAYSHELRAYGINHGLTNWAAAYATGLLLARRVLAKLGLDKTFTGVEEPNGEYTLTEAAETEDGERRPFKAILDVGLARTSTGARVFGVMKGASDGGIFIPHSENRFPGYDIETEELDTEVLKKYIYGGHVAEYMETLADDDEERYKSQFVKYIEDDVEADSLEELYAEAHKQIRADPFRKYVSDAPKKSKEEWKAESLKYKKAKLSREERKARVEAKIKQLLAEQDE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis regulatory protein
分子量 formula_weight	22817.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSTDTSKPARLPVTVEKPTPYTFDLGLLLANDPNPVNVPKTTDTQVLEQHLASVARDGAQVLINQLLTTTTITATKDGVLLTLPPPTTPLPREKPVPQPKPETKWQAFARRRGIKPKTREQRRNLQYNPTTGQWERKWGYKGANKRGETDPIIEVSAAKEAMRPEGTSVRGDKRREIRARVKKNQKQMLRNQRIAAEKMGKK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Ribosome production factor 2 homolog
分子量 formula_weight	39927.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MLRQIKPRNARSKRALEKRAPKIVENPKTCLFLRGTTCSQITQDAMNDLYAMRQVHAKRFHKKNAIHPFEDATSLCFFSEKNDCSLMVFGSSNKKRPHTLTFVRMFDYKVLDMLEFYLDPDTYRSISQFKTSKIPIGMRPMMVFAGTAFESPVPNAFTMAKSMLIDFFRGEPSDKIDVEGLRFVVVVTADEPTSSTSTNNDGENPAPLPGMTDPRSIDPSQKPILRLRVYGIRTKRSGTRLPRVEVEEHGPRMDFRLGRMREPDPAMLKEAMKKAKTPQEERTKKNISMDLLGDKIGRIHMGKTDLSKLQTRKMKGLKRGRDEDEGGEDDRTDVVEAGSGEKKKKKKVKG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	5S rRNA
分子量 formula_weight	38312.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	3

ACGUACGACCAUACCCAGUGGAAAGCACGGCAUCCCGUCCGCUCUGCCCUAGUUAAGCCACUGAGGGCCCGGUUAGUAGUUGGGUCGGUGACGACCAGCGAAUCCCGGGUGUUGUACGU

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	unknown
分子量 formula_weight	1975.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Syo1
分子量 formula_weight	74709.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MGKTRRNRVRNRTDPIAKPVKPPTDPELAKLREDKILPVLKDLKSPDAKSRTTAAGAIANIVQDAKCRKLLLREQVVHIVLTETLTDNNIDSRAAGWEILKVLAQEEEADFCVHLYRLDVLTAIEHAAKAVLETLTTSEPPFSKLLKAQQRLVWDITGSLLVLIGLLALARDEIHEAVATKQTILRLLFRLISADIAPQDIYEEAISCLTTLSEDNLKVGQAITDDQETHVYDVLLKLATGTDPRAVMACGVLHNVFTSLQWMDHSPGKDGACDAILIPTLTRALEHVVPGGAKFNGDARYANITLLALVTLASIGTDFQETLVKGNQGSRESPISAADEEWNGFDDADGDAMDVDQKSSSGEDQEEDYEEIDVKEDDEDDDDDSITSEMQADMERVVGADGTDDGDLEDLPTLRELIQTAVPQLIRLSNLPIDSDESLTIQSHALSALNNISWTISCLEFANGENANIHNAWYPTAKKIWRKTILPILEADSADLKLATQVTSLAWAVARVLHGETPTDGNPHRKFISLYHSSKQQAGGNSNSIEEPEDPFQGLGVKCIGVVGSLAHDPAPIEVNREVGVFLVTLLRQSNNVPPAEIVEALNQLFDIYGDEELACDKEVFWKDGFLKHLEEFLPKMRTLTKGIDKRTQPELRTRADEALLNLGRFVQYKKKHAPK

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7ozsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	126547

Structure of the hexameric 5S RNP from C. thermophilum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative ribosomal protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein l5-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome biogenesis regulatory protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome production factor 2 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Syo1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ozs__assembly_1__model_1

7ozs__assembly_1__model_1 | I(q)

7ozs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)