Histone H3.2
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 25 DNA 2 PDB 声明：27-meric（27） 与全部聚合物数一致 | 链 A； UniProt 1–136 链 E； UniProt 1–136 链 K； UniProt 1–136 链 O； UniProt 1–136 链 a； UniProt 1–136 链 e； UniProt 1–136 | 未记录 | Histone H4 × 6 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 6 （P04908） Histone H2B type 1-K × 6 （O60814） Histone H1.4 × 1 （P10412） DNA (522-MER) × 1 DNA (522-MER) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE | 分辨率 7.20 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 7PEU | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10XZ Non-damaged nucleosome 提交 2026-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 10YA Nucleosome containing a nick at SHL-4 提交 2026-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 10YB Nucleosome containing a nick at SHL-2 提交 2026-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 10YC Nucleosome containing a nick at SHL-4 提交 2026-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 10YD Nucleosome containing a nick at SHL-6 提交 2026-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 10YE DNA Ligase IIIa bound to nucleosome containing a nick at SHL0 提交 2026-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 10YF DNA Ligase IIIa bound to nucleosome containing a nick at SHL-2 (composite) 提交 2026-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
39–134（96 aa）
链 E
39–134（96 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 10YG DNA Ligase IIIa bound to a nucleosome containing a nick at SHL-4 (composite) 提交 2026-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 10YH DNA Ligase IIIa bound to a nucleosome containing a nick at SHL-6 (composite) 提交 2026-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 10YI XRCC1-DNA Ligase IIIa complex bound to a nucleosome containing a nick at SHL-6 (composite) 提交 2026-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 2X4W Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FMT FORMIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；4M SODIUM FORMATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.216 |
| 2X4X Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5) 0.01M NACL
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.239 |
| 2X4X Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5) 0.01M NACL
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.239 |
| 2X4X Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5) 0.01M NACL
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.239 |
| 2X4X Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5) 0.01M NACL
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.239 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 P
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 L
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 N
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 3AV1 The human nucleosome structure containing the histone variant H3.2 提交 2011-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.290 |
| 3DB3 Crystal structure of the tandem tudor domains of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 in complex with trimethylated histone H3-K9 peptide 提交 2008-05-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
7–12（6 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；3 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.282 |
| 3MO8 PWWP Domain of Human Bromodomain and PHD finger-containing protein 1 In Complex with Trimethylated H3K36 Peptide 提交 2010-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
31–42（12 aa）
片段：UNP residue 31-42
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；3.5M sodium formate, 0.1M Tris-HCl pH8.5, H3K36me3 peptide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.207 |
| 4MZF Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3(K4me3-R8me2a) peptide 提交 2013-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–10（9 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；20% PEG 8000, 20% PEG 400, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 4MZG Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3K4me3 peptide 提交 2013-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–21（20 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；37.5% MPD_P1K_P3350, 0.1M bicine/Trizma, pH 8.5, 0.06M MgCl2/CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.207 |
| 4MZG Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3K4me3 peptide 提交 2013-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–21（20 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；37.5% MPD_P1K_P3350, 0.1M bicine/Trizma, pH 8.5, 0.06M MgCl2/CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.207 |
| 4MZH Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3(K4me3-R8me2s) peptide 提交 2013-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–10（9 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；20% PEG 8000, 20% PEG 400, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.247 |
| 4OUC Structure of human haspin in complex with histone H3 substrate 提交 2014-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–13（12 aa）
片段：histone H3 tail, UNP residues 2-13
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 5ID (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL × 1 IOD IODIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；20% PEG 3350, 0.2M potassium thiocyanate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.211 |
| 5B0Y Crystal structure of the nucleosome containing histone H3 with the crotonylated lysine 122 提交 2015-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.249 |
| 5B0Z The crystal structure of the nucleosome containing H3.2, at 1.98 A resolution 提交 2015-11-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.254 |
| 5B40 The nucleosome structure containing H2B-K120 and H4-K31 monoubiquitinations 提交 2016-03-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；90mM Tris-HCl (pH 7.8), 3.6% PGA-LM, 25.2% PEG 400, 2-6% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
|
分辨率 3.33 Å R-free 0.263 |
| 5BO0 Crystal structure of Human MCM2 HBD and ASF1b chaperoning a histone H3.2-H4 dimer 提交 2015-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
57–136（80 aa）
片段：UNP residues 57-136
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；3.2 M sodium formate, 0.1 M Tris, pH 8.5
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.238 |
| 5VAC Crystal Structure of ATXR5 SET domain in complex with K36me3 histone H3 peptide 提交 2017-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
19–37（19 aa）
片段：residues 19-37
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；50% polypropylene glycol 400, 5% DMSO, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 6.0)
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.228 |
| 6FML CryoEM Structure INO80core Nucleosome complex 提交 2018-01-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8,
60 mM KCl,
0.5% glycerol,
0.25 mM CaCl2,
20 uM ZnCl2,
0.25 mM DTT,
0.05% Octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.34 Å |
| 6T79 Structure of a human nucleosome at 3.2 A resolution 提交 2019-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.
|
分辨率 3.20 Å |
| 6T7A Structure of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome 提交 2019-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.
|
分辨率 3.70 Å |
| 6T7B Structure of human Sox2 transcription factor in complex with a nucleosome 提交 2019-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.
|
分辨率 5.10 Å |
| 6T7C Structure of two copies of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome 提交 2019-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.
|
分辨率 4.00 Å |
| 6T7D Structure of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome 提交 2019-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.
|
分辨率 4.40 Å |
| 6X59 The mouse cGAS catalytic domain binding to human assembled nucleosome 提交 2020-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 6X5A The mouse cGAS catalytic domain binding to human nucleosome that purified from HEK293T cells 提交 2020-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.36 Å |
| 6XJD Two mouse cGAS catalytic domain binding to human assembled nucleosome 提交 2020-06-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 6Y5D Structure of human cGAS (K394E) bound to the nucleosome 提交 2020-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
链 M
39–136（98 aa）
链 Q
39–136（98 aa）
|
未记录 | PTD PENTANEDIAL × 9 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6Y5E Structure of human cGAS (K394E) bound to the nucleosome (focused refinement of cGAS-NCP subcomplex) 提交 2020-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
39–134（96 aa）
链 E
39–134（96 aa）
|
未记录 | PTD PENTANEDIAL × 8 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.264 |
| 7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.264 |
| 7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.264 |
| 7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.264 |
| 7JO9 1:1 cGAS-nucleosome complex 提交 2020-08-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7JOA 2:1 cGAS-nucleosome complex 提交 2020-08-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7JZV Cryo-EM structure of the BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to a nucleosome 提交 2020-09-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 P
2–136（135 aa）
链 p
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7PET The 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
链 k
1–136（136 aa）
链 o
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.50 Å |
| 7PEV Nucleosome stack of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.00 Å |
| 7PEW Nucleosome 1 of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7PEX Nucleosome 2 of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 7PEY Nucleosome 3 of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7PEZ Nucleosome 4 of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 k
1–136（136 aa）
链 o
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.90 Å |
| 7PF0 Trinucleosome of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.00 Å |
| 7PF2 Nucleosome stack of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 7PF3 Nucleosome 4 of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 k
1–136（136 aa）
链 o
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7PF4 Nucleosome 3 of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7PF5 Nucleosome 2 of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7PF6 Nucleosome 1 of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7PFA Trinucleosome of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.70 Å |
| 7PFC Nucleosome stack of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |
| 7PFD Nucleosome 1 of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7PFE Nucleosome 2 of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7PFF Nucleosome 3 of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7PFT Trinucleosome of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.80 Å |
| 7PFU Nucleosome stack of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 7PFV Nucleosome 1 of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7PFW Nucleosome 2 of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.20 Å |
| 7PFX Nucleosome 3 of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7TAN Structure of VRK1 C-terminal tail bound to nucleosome core particle 提交 2021-12-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7U50 APE1 bound to a nucleosome core particle with AP-site at SHL-6 提交 2022-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7U51 Nucleosome core particle with AP-site at SHL-6 提交 2022-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7U52 nucleosome core particle with AP-site at SHL-6.5 提交 2022-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7U53 Nucleosome core particle with AP-site at SHL0 提交 2022-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7UV9 KDM2A-nucleosome structure stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate 提交 2022-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：K36C 突变：K36C | OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 FE FE (III) ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7UVA Crystal structure of KDM2A histone demethylase catalytic domain in complex with an H3C36 peptide modified by UNC8015 提交 2022-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
30–42（13 aa）
片段：UNP residues 30-42
|
突变：K36C | FE FE (III) ION × 1 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris-Cl, pH 8.5, 150 mM lithium sulfate, 20% PEG3350
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.237 |
| 7UVA Crystal structure of KDM2A histone demethylase catalytic domain in complex with an H3C36 peptide modified by UNC8015 提交 2022-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
30–42（13 aa）
片段：UNP residues 30-42
|
突变：K36C | FE FE (III) ION × 1 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris-Cl, pH 8.5, 150 mM lithium sulfate, 20% PEG3350
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.237 |
| 8ATF Nucleosome-bound Ino80 ATPase 提交 2022-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 8AV6 CryoEM structure of INO80 core nucleosome complex in closed grappler conformation 提交 2022-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.68 Å |
| 8JLB Cryo-EM structure of the 145 bp human nucleosome containing H3.2 C110A mutant 提交 2023-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.36 Å |
| 8JLD Cryo-EM structure of the 145 bp human nucleosome containing acetylated H3 tail 提交 2023-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.48 Å |
| 8OL1 cGAS-Nucleosome in complex with SPSB3-ELOBC (composite structure) 提交 2023-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
38–135（98 aa）
链 E
38–135（98 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8VMJ H3K4me3 nucleosome bound to PRC2_AJ119-450 提交 2024-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 I
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VMN H3K4me3 nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 提交 2024-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 I
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8VO0 H3K36me3-modified nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 with histone H3 tail disengaged 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 I
42–136（95 aa）
链 O
42–136（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8VOB H3K36me3-modified nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 I
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VWS Nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 提交 2024-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VWT OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 (composite map) 提交 2024-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8VWU Nucleosome containing 8oxoG at SHL4 提交 2024-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8VWV OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL4 (composite map) 提交 2024-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8X7I Cryo-EM structures of RNF168/UbcH5c-Ub in complex with H2AK13Ub nucleosomes determined by intein-based E2-Ub-NCP conjugation strategy 提交 2023-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
38–135（98 aa）
链 E
38–135（98 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 8X7J Cryo-EM structures of RNF168/UbcH5c-Ub/nucleosomes complex determined by activity-based chemical trapping strategy 提交 2023-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |
| 8X7K Cryo-EM structures of RNF168/UbcH5c-Ub in complex with H2AK13Ub nucleosomes determined by activity-based chemical trapping strategy (adjacent H2AK13/15 dual-monoubiquitination) 提交 2023-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 8ZJR Structure of nucleosome-bound RFX5 complex 提交 2024-05-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8ZJT Structure of free nucleosome 提交 2024-05-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9BE5 Cryo-EM structure of Human Nucleosome collected by EPU on Glacios at 3.3 Angstrom resolution 提交 2024-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9BE6 Cryo-EM structure of Human Nucleosome collected by Leginon on Krios at 3.0 Angstrom resolution 提交 2024-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
40–136（97 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9D3K Two Dsup molecules in complex with the nucleosome open from both sides 提交 2024-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
42–136（95 aa）
链 E
42–136（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9D3L Two Dsup molecules in complex with the nucleosome open from the left side 提交 2024-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9D3M Two HMGN2s in complex with the nucleosome 提交 2024-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9D3N 167-bp 5S rDNA nucleosome cross-linked with glutaraldehyde 提交 2024-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
45–134（90 aa）
链 E
45–134（90 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9D3O 167-bp 5S rDNA nucleosome - closed 提交 2024-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9D3P 167-bp 5S rDNA nucleosome - open I (open only on the downstream side) 提交 2024-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 9D3Q 167-bp 5S rDNA nucleosome - open II 提交 2024-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
41–136（96 aa）
链 E
41–136（96 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9D3R 147-bp 5S rDNA nucleosome - closed 提交 2024-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
40–136（97 aa）
链 E
40–136（97 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9D3S 147-bp 5S rDNA nucleosome - open I (open on the downstream side) 提交 2024-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9D3T 147-bp 5S rDNA nucleosome cross-linked with glutaraldehyde 提交 2024-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
44–136（93 aa）
链 E
44–136（93 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9DWF Nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 提交 2024-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9DWG DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 (State 1, composite) 提交 2024-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9DWH DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 (State 2, composite) 提交 2024-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9DWI DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 (State 3, composite) 提交 2024-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9DWJ Nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-3.5 提交 2024-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9DWK DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-3.5 提交 2024-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9DWL Nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-5.5 提交 2024-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 9DWM DNA polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-5.5 提交 2024-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9E00 Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.75 Å |
| 9E05 The consensus model of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.00 Å |
| 9E09 Cryo-EM structure a single nucleosome (2) focus of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 9E0R Cryo-EM structure of a single nucleosome (1) focus of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9E2D Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a five base pair linker 提交 2024-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.08 Å |
| 9E2F Cryo-EM structure of a di-nucleosome with a five base pair linker 提交 2024-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 9E2Q Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer in complex with a di-nucleosome with a six base pair linker 提交 2024-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 9E2R Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome and an histone-3 peptide 提交 2024-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.71 Å |
| 9E3D Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer in complex with a di-nucleosome with K120R mutant H2B 提交 2024-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9E3R Cryo-EM structure of PWWP domain deleted DNMT 3A2/3B3 in complex with a di-nucleosome 提交 2024-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 9E3U Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer bound to a di-nucleosome with a 25 base-pair linker 提交 2024-10-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 9E49 Cryo-EM structure of a di-nucleosome with an eight base-pair linker 提交 2024-10-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.93 Å |
| 9GMK SIRT7:H3K18DTU nucleosome complex 提交 2024-08-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9GMR SIRT7-H3K36MTUnucleosome complex 提交 2024-08-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | A1IY0 [[(2~{R},3~{a}~{R},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-2-(methylamino)-6-oxidanyl-2-(propylamino)-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9GW2 State 2 MAP 1 SETD2 bound to proximal H3 of upstream nucleosome 提交 2024-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.84 Å |
| 9IPU cryo-EM structure of the RNF168(1-193)/UbcH5c-Ub ubiquitylation module bound to H1.0-K63-Ub3 modified chromatosome 提交 2024-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9NQU KDM6B-nucleosome structure stabilized by H3K27C-UNC8015 covalent conjugate 提交 2025-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 9OGR Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated Sat2R-P DNA (v1) 提交 2025-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 9OGS Cryo-EM analysis of human H2A.Z on Sat2R-P DNA (v1) 提交 2025-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9OGZ Cryo-EM analysis of human H2A.Z on Sat2R-P DNA (v2) 提交 2025-05-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9OH0 Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated Sat2R-P DNA (v2) 提交 2025-05-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 9OH1 Cryo-EM analysis of human H2A.Z on 601L DNA 提交 2025-05-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 9OH2 Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated 601L DNA 提交 2025-05-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 9RZC State 3 MAP 1 SETD2 bound to distal H3 of upstream nucleosome 提交 2025-07-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å |
| 9RZE State 2 MAP 3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 bound to proximal upstream H3 提交 2025-07-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.53 Å |
| 9S0U State 3 MAP 3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 bound to distal upstream H3 提交 2025-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.72 Å |
| 9S3G State 1 MAP3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 and upstream hexasome 提交 2025-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |
| 9U5U The 1:1 cryo-EM structure of BAP1/ASXL1-K351Ub in complex with H2AK119Ub nucleosome 提交 2025-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 9Y46 Human nucleosome structure on Nickel-NTA lipid affinity grid (C2 refinement) 提交 2025-09-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.59 Å |
| 9Y47 Human nucleosome structure on Nickel-NTA lipid affinity grid (C1 refinement) 提交 2025-09-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.74 Å |
| 9ZEN Competition for different elements of the nucleosome acidic patch yields distinct functional outcomes. VHH 1B2 提交 2025-11-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
突变：C97S 突变：C97S | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 50 mM NaCl, 0.5 mM MgCl2, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.17 Å |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | H32_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 K； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 O； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 a； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 e； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 |
