SAXSdb — 7pga

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB

Streptomyces peucetius

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 methyl (1R,2R,4S)-2-ethyl-2,4,5,7-tetrahydroxy-6,11-dioxo-1,2,3,4,6,11-hexahydrotetracene-1-carboxylate × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 methyl (1R,2R,4S)-2-ethyl-2,4,5,7-tetrahydroxy-6,11-dioxo-1,2,3,4,6,11-hexahydrotetracene-1-carboxylate × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I2N5E8_STRT9
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 170–179； UniProt 169–178 作者链 A； PDB构建体 345–357； UniProt 346–358 作者链 B； PDB构建体 170–179； UniProt 169–178 作者链 B； PDB构建体 345–357； UniProt 346–358 作者链 C； PDB构建体 170–179； UniProt 169–178 作者链 C； PDB构建体 345–357； UniProt 346–358 作者链 D； PDB构建体 170–179； UniProt 169–178 作者链 D； PDB构建体 345–357； UniProt 346–358

Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB

Streptomyces peucetius

UniProt Q06528

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 methyl (1R,2R,4S)-2-ethyl-2,4,5,7-tetrahydroxy-6,11-dioxo-1,2,3,4,6,11-hexahydrotetracene-1-carboxylate × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 methyl (1R,2R,4S)-2-ethyl-2,4,5,7-tetrahydroxy-6,11-dioxo-1,2,3,4,6,11-hexahydrotetracene-1-carboxylate × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNRK_STRPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–169； UniProt 2–159 作者链 A； PDB构建体 180–295； UniProt 170–285 作者链 A； PDB构建体 311–344； UniProt 300–333 作者链 A； PDB构建体 358–368； UniProt 346–356 作者链 B； PDB构建体 12–169； UniProt 2–159 作者链 B； PDB构建体 180–295； UniProt 170–285 作者链 B； PDB构建体 311–344； UniProt 300–333 作者链 B； PDB构建体 358–368； UniProt 346–356 作者链 C； PDB构建体 12–169； UniProt 2–159 作者链 C； PDB构建体 180–295； UniProt 170–285 作者链 C； PDB构建体 311–344； UniProt 300–333 作者链 C； PDB构建体 358–368； UniProt 346–356 作者链 D； PDB构建体 12–169； UniProt 2–159 作者链 D； PDB构建体 180–295； UniProt 170–285 作者链 D； PDB构建体 311–344； UniProt 300–333 作者链 D； PDB构建体 358–368； UniProt 346–356

Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB

Streptomyces peucetius

UniProt Q54527

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 methyl (1R,2R,4S)-2-ethyl-2,4,5,7-tetrahydroxy-6,11-dioxo-1,2,3,4,6,11-hexahydrotetracene-1-carboxylate × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 methyl (1R,2R,4S)-2-ethyl-2,4,5,7-tetrahydroxy-6,11-dioxo-1,2,3,4,6,11-hexahydrotetracene-1-carboxylate × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RDMB_STREF
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 296–310； UniProt 289–303 作者链 B； PDB构建体 296–310； UniProt 289–303 作者链 C； PDB构建体 296–310； UniProt 289–303 作者链 D； PDB构建体 296–310； UniProt 289–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7pga
沉积日期 deposition_date	2021-08-13
结构标题 title	Chimeric carminomycin-4-O-methyltransferase (DnrK) with regions from 10-hydroxylase RdmB and 10-decarboxylase TamK
关键词 keywords	;Carminomycin-4-O-methyltransferase variant; Chimeragenesis; aclacinomycin 10-hydroxylase; tsukubarubicin 10-decarboxylase; biosynthetic protein, BIOSYNTHETIC PROTEIN ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7pga__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7pga__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7pga__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.53 Å
Rg（电子密度）	28.84 Å
总 Rg	29.37 Å
原子数	5204
残基数	678
排除体积	92483 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7pga__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7pga__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
分子量 formula_weight	40000.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.292,4.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10538

MAHHHHHHHRSTAEPTVAARPQQIDALRTLIRLGSLHTPMVVRTAATLRLVDHILAGARTVKALAARTDTRPEALLRLIRHLVAIGLLEEDAPGEFVPTEVGELLADDHPAAQRAWHDLTQAVARADISFTRLPDAIRTGRPTYESIYGKPFYEDLAGRPDLRASFDSLMTTREDTAFAAPAAAYDWTNVRHVLDVGGGKGGFAAAIARRAPHVSATVLEMAGTVDTARSYLKDEGLSDRVDVVEGDFFEPLPRKADAIILSFVLLNWPDHDAVRILTRCAEALEPGGRILIHERADVEGDGADRFFSTLLDLRMLVFLGGALRTREKWDGLAASAGLVVEEVRGPLVSPNVPLDSCLLVLAPAATGA

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces peucetius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1950
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	methyl (1R,2R,4S)-2-ethyl-2,4,5,7-tetrahydroxy-6,11-dioxo-1,2,3,4,6,11-hexahydrotetracene-1-carboxylate
分子量 formula_weight	412.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	141

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晶胞边长 a length_a	60.470 Å
晶胞边长 b length_b	102.640 Å
晶胞边长 c length_c	121.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.770 Å
最低分辨率 resolution_low	45.890 Å
R 因子 r_factor	0.2034
R_work r_work	0.2005
R_free r_free	0.2533

Chimeric carminomycin-4-O-methyltransferase (DnrK) with regions from 10-hydroxylase RdmB and 10-decarboxylase TamK

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7pga__assembly_1__model_1

7pga__assembly_1__model_1 | I(q)

7pga__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

Chimeric carminomycin-4-O-methyltransferase (DnrK) with regions from 10-hydroxylase RdmB and 10-decarboxylase TamK

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7pga__assembly_1__model_1

7pga__assembly_1__model_1 | I(q)

7pga__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)