7pie

Protein kinase A catalytic subunit in complex with PKI5-24 and EN068

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

Cricetulus griseus

UniProt P25321

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–351 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha × 1 (P63248) 7QF 2-azanyl-5-[3-[(2R)-morpholin-2-yl]phenyl]benzenecarbonitrile × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277.15 K;Protein at 8 mg/mL in 100 mM Mes-Bis-Tris pH 6.9, 75 mM Lithium chloride, 1 mM DTT, 100 mM Sodium-EDTA. Master-Mix: 540 uL of protein + 15 uL 10 mM Mega8 in Water + 45 uL 10 mM PKI5-24 in protein-buffer. 70 % Master-Mix mixed with 30 % 50 mM ligand in DMSO before setting of drops. 15-24 % Methanol/Water in Reservoir. 分辨率 1.43 Å R-free 0.158

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 158 个其他 PDB 条目、158 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_CRIGR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–353; UniProt 1–351

cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

物种未注明

UniProt P63248

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 6–25 未记录 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 (P25321) 7QF 2-azanyl-5-[3-[(2R)-morpholin-2-yl]phenyl]benzenecarbonitrile × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277.15 K;Protein at 8 mg/mL in 100 mM Mes-Bis-Tris pH 6.9, 75 mM Lithium chloride, 1 mM DTT, 100 mM Sodium-EDTA. Master-Mix: 540 uL of protein + 15 uL 10 mM Mega8 in Water + 45 uL 10 mM PKI5-24 in protein-buffer. 70 % Master-Mix mixed with 30 % 50 mM ligand in DMSO before setting of drops. 15-24 % Methanol/Water in Reservoir. 分辨率 1.43 Å R-free 0.158

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IPKA_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–20; UniProt 6–25

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7pie

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7pie
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7pie
沉积日期 deposition_date2021-08-19
结构标题 titleProtein kinase A catalytic subunit in complex with PKI5-24 and EN068
关键词 keywordsProtein Kinase, Ligand complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.76
零角强度 I(0) i028593700.00
分子量 molecular_weight41809.0 kDa
排除体积 excluded_volume52590 ų
包络体积 envelope_volume62106 ų
水化壳体积 shell_volume24489 ų
包络直径 envelope_diameter78.9
壳层 Rg shell_rg27.97
包络 Rg envelope_rg21.15
形状 Rg shape_rg20.72
总 Rg total_rg21.81
总原子数 total_atoms5717
残基数 n_residues366
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.5
Rg (实空间) rg_real22.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60
I(0) (实空间) i0_real2.8590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28590000.0000
解质量估计 total_estimate0.7890
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary27.8
偏度 Skewness skewness0.251
峰度 Kurtosis kurtosis-0.267
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7970000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.751; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7pieA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)