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7pll

Structure of the murine cortactin C-SH3 domain in complex with a Pyk2 proline-rich ligand

Method: SOLUTION NMR Dmax: 31.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Src substrate cortactin

Mus musculus

UniProt Q60598

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 490–546 片段：SH3 domain, UNP Residues 490-546 Pyk2-PRR2 peptide × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；296 K；离子强度（mmCIF原始值）123；压力 1 NMR样品组成：0.8 mM cortactin C-terminal SH3 domain, 0.8 mM Pyk2-PRR2 peptide, 30 mM sodium phosphate, 0.01 % w/v sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成：0.5 mM Pyk2-PRR2 peptide, 30 mM sodium phosphate, 0.01 % w/v sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成：0.8 mM 2H,13C,15N cortactin C-terminal SH3 domain, 0.8 mM Pyk2-PRR2 peptide, 30 mM sodium phosphate, 0.01 % w/v sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：0.8 mM cortactin C-terminal SH3 domain, 0.8 mM Pyk2-PRR2 peptide, 30 mM sodium phosphate, 0.01 % w/v sodium azide, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7PLL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3ULR Lysozyme contamination facilitates crystallization of a hetero-trimericCortactin:Arg:Lysozyme complex 提交 2011-11-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 487–546（60 aa） 片段：SH3 domain (UNP residues 487-546)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；297 K；1.0M Na Citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 1.65 Å R-free 0.225
5NV1 SH3 domain from Mouse cortactin (C 2 2 21 crystal form) 提交 2017-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 490–546（57 aa）
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.6 M Mg-sulfate, 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 1.51 Å
5NVJ SH3 domain from Mouse cortactin (C 1 2 1 crystal form) 提交 2017-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 490–546（57 aa）
未记录 BEN BENZAMIDINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；1.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5, 1% benzamidine hydrochloride.
分辨率 1.18 Å R-free 0.201
5NVJ SH3 domain from Mouse cortactin (C 1 2 1 crystal form) 提交 2017-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 490–546（57 aa）
未记录 BEN BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；1.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5, 1% benzamidine hydrochloride.
分辨率 1.18 Å R-free 0.201
5NXJ SH3 domain from Mouse cortactin (P 1 21 1 crystal form) 提交 2017-05-10 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 490–546（57 aa） 片段：SH3 domain, UNP Residues 490-546
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；1.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5, 3% 2_propanol
分辨率 2.28 Å R-free 0.248
5NXJ SH3 domain from Mouse cortactin (P 1 21 1 crystal form) 提交 2017-05-10 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 490–546（57 aa） 片段：SH3 domain, UNP Residues 490-546
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；1.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5, 3% 2_propanol
分辨率 2.28 Å R-free 0.248
5NXJ SH3 domain from Mouse cortactin (P 1 21 1 crystal form) 提交 2017-05-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 490–546（57 aa） 片段：SH3 domain, UNP Residues 490-546
未记录 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；1.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5, 3% 2_propanol
分辨率 2.28 Å R-free 0.248
5NXJ SH3 domain from Mouse cortactin (P 1 21 1 crystal form) 提交 2017-05-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 490–546（57 aa） 片段：SH3 domain, UNP Residues 490-546
未记录 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；1.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5, 3% 2_propanol
分辨率 2.28 Å R-free 0.248
5NXJ SH3 domain from Mouse cortactin (P 1 21 1 crystal form) 提交 2017-05-10 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 490–546（57 aa） 片段：SH3 domain, UNP Residues 490-546
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；1.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5, 3% 2_propanol
分辨率 2.28 Å R-free 0.248
5NXJ SH3 domain from Mouse cortactin (P 1 21 1 crystal form) 提交 2017-05-10 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 490–546（57 aa） 片段：SH3 domain, UNP Residues 490-546
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；1.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5, 3% 2_propanol
分辨率 2.28 Å R-free 0.248
8P94 Cryo-EM structure of cortactin stabilized Arp2/3-complex nucleated actin branches 提交 2023-06-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 I 1–546（546 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50mM KCl, 1mM EGTA, 1mM MgCl2, 0.2 mM ATP and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Back blotting
分辨率 3.30 Å
8TAH Cryo-EM structure of Cortactin-bound to Arp2/3 complex 提交 2023-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 H 1–76（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM imidazole pH 7.0, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SRC8_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–60； UniProt 490–546

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7pll

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7pll
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7pll
沉积日期 deposition_date2021-08-31
结构标题 titleStructure of the murine cortactin C-SH3 domain in complex with a Pyk2 proline-rich ligand
关键词 keywordsSH3 domain, cortactin, Pyk2, signaling, cancer, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.59 Å
零角强度 I(0) i0412636000.00
分子量 molecular_weight173170.0 kDa
排除体积 excluded_volume216560 ų
包络体积 envelope_volume20058 ų
水化壳体积 shell_volume11844 ų
包络直径 envelope_diameter59.0 Å
壳层 Rg shell_rg20.16 Å
包络 Rg envelope_rg15.78 Å
形状 Rg shape_rg12.55 Å
总 Rg total_rg12.87 Å
总原子数 total_atoms23880
残基数 n_residues1520
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax31.8 Å
Rg (实空间) rg_real11.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.03 Å
I(0) (实空间) i0_real3.9410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal412600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6842
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary15.7 Å
偏度 Skewness skewness0.137
峰度 Kurtosis kurtosis-0.382
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha2.5100
最高正则化参数 α highest_alpha166400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.004; Oscil: 0.984; Stabil: 0.983; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7pllA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)