SAXSdb — 7pso

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cereblon isoform 4

Magnetospirillum gryphiswaldense

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 S-Thalidomide × 1 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 S-Thalidomide × 1 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 (3S)-3-(5-azanyl-2-methyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A4TVL0_9PROT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 B； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 C； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7pso
沉积日期 deposition_date	2021-09-23
结构标题 title	Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Avadomide (CC-122)
关键词 keywords	Immunomodulatory imide drug, UBIQUITIN LIGASE, PROTEIN DEGRADATION, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7pso__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7pso__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7pso__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.43 Å
Rg（电子密度）	13.06 Å
总 Rg	14.39 Å
原子数	866
残基数	108
排除体积	15207 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7pso__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7pso__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7pso__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cereblon isoform 4
分子量 formula_weight	13632.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2777

MPLDAGGQNSTQMVLAPGASIFRCRQCGQTISRRDWLLPMGGDHEHVVFNPAGMIFRVWCFSLAQGLRLIGAPSGEFSWFKGYDWTIALCGQCGSHLGWHYEGGSQPQTFFGLIKDRLAEGPAD

来源 Source

来源生物 organism	Magnetospirillum gryphiswaldense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	55518
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-Thalidomide
分子量 formula_weight	258.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(3S)-3-(5-azanyl-2-methyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)piperidine-2,6-dione
分子量 formula_weight	286.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	181

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晶胞边长 a length_a	56.562 Å
晶胞边长 b length_b	60.162 Å
晶胞边长 c length_c	88.406 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.520 Å
最低分辨率 resolution_low	44.240 Å
R 因子 r_factor	0.1861
R_work r_work	0.1845
R_free r_free	0.2169

Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Avadomide (CC-122)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cereblon isoform 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7pso__assembly_1__model_1

7pso__assembly_1__model_1 | I(q)

7pso__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Avadomide (CC-122)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cereblon isoform 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7pso__assembly_1__model_1

7pso__assembly_1__model_1 | I(q)

7pso__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)