7q5b

Cryo-EM structure of Ty3 retrotransposon targeting a TFIIIB-bound tRNA gene

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 7 DNA 6	DNA (56-MER) × 1 DNA (31-MER) × 1 DNA (34-MER) × 1 DNA (9-MER) × 1 ;Transcription factor TFIIIB component B'' ; × 1 （P46678） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） Transcription factor IIIB 70 kDa subunit × 1 （P29056） DNA (19-MER) × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YG31B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1547； UniProt 1–1547 作者链 B； PDB构建体 1–1547； UniProt 1–1547 作者链 C； PDB构建体 1–1547； UniProt 1–1547 作者链 D； PDB构建体 1–1547； UniProt 1–1547

;Transcription factor TFIIIB component B'' ;

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P46678

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 7 DNA 6	DNA (56-MER) × 1 DNA (31-MER) × 1 DNA (34-MER) × 1 DNA (9-MER) × 1 Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein × 4 （Q99315） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） Transcription factor IIIB 70 kDa subunit × 1 （P29056） DNA (19-MER) × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFC5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–594； UniProt 1–594

TATA-box-binding protein

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P13393

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 7 DNA 6	DNA (56-MER) × 1 DNA (31-MER) × 1 DNA (34-MER) × 1 DNA (9-MER) × 1 Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein × 4 （Q99315） ;Transcription factor TFIIIB component B'' ; × 1 （P46678） Transcription factor IIIB 70 kDa subunit × 1 （P29056） DNA (19-MER) × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBP_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–240； UniProt 1–240

Transcription factor IIIB 70 kDa subunit

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P29056

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 7 DNA 6	DNA (56-MER) × 1 DNA (31-MER) × 1 DNA (34-MER) × 1 DNA (9-MER) × 1 Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein × 4 （Q99315） ;Transcription factor TFIIIB component B'' ; × 1 （P46678） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） DNA (19-MER) × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF3B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 1–596； UniProt 1–596

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7q5b
沉积日期 deposition_date	2021-11-03
结构标题 title	Cryo-EM structure of Ty3 retrotransposon targeting a TFIIIB-bound tRNA gene
关键词 keywords	Transcription, RNA Pol III, Ty3 Retrotransposon, Intasome, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7q5b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7q5b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7q5b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.94 Å
Rg（电子密度）	52.40 Å
总 Rg	52.53 Å
原子数	21746
残基数	2423
排除体积	377820 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7q5b__assembly_1__model_1`	tridecameric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (56-MER)
分子量 formula_weight	17165.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	21746

GAGCCCGTAATACAACAGATTTTTTCTCTTAGTTTTAAATTTTTATATTTCGTCGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9484.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	S

GAGCCCGTAATACAACAAAATCCAACAAATA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (34-MER)
分子量 formula_weight	10532.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	r

TCGACGAAATATAAAAATTTAAAACTAAGAGAAA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA (9-MER)
分子量 formula_weight	2751.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	s

TATTTGTTG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein
分子量 formula_weight	178556.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

MSFMDQIPGGGNYPKLPVECLPNFPIQPSLTFRGRNDSHKLKNFISEIMLNMSMISWPNDASRIVYCRRHLLNPAAQWANDFVQEQGILEITFDTFIQGLYQHFYKPPDINKIFNAITQLSEAKLGIERLNQRFRKIWDRMPPDFMTEKAAIMTYTRLLTKETYNIVRMHKPETLKDAMEEAYQTTALTERFFPGFELDADGDTIIGATTHLQEEYDSDYDSEDNLTQNGYVHTVRTRRSYNKPMSNHRNRRNNNPSREECIKNRLCFYCKKEGHRLNECRARKAVLTDLELESKDQQTPFIKTLPIVHYIAIPEMDNTAEKTIKIQNTKVKTLFDSGSPTSFIRRDIVELLKYEIYETPPLRFRGFVATKSAVTSEAVTIDLKINDLHITLAAYILDNMDYQLLIGNPILRRYPKILHTVLNTRESPDSLKPKTYRSETVNNVRTYSAGNRGNPRNIKLSFAPTILEATDPKSAGNRGDSRTKTLSLATTTPAAIDPLTTLDNPGSTQSTFAQFPIPEEASILEEDGKYSNVVSTIQSVEPNATDHSNKDTFCTLPVWLQQKYREIIRNDLPPRPADINNIPVKHDIEIKPGARLPRLQPYHVTEKNEQEINKIVQKLLDNKFIVPSKSPCSSPVVLVPKKDGTFRLCVDYRTLNKATISDPFPLPRIDNLLSRIGNAQIFTTLDLHSGYHQIPMEPKDRYKTAFVTPSGKYEYTVMPFGLVNAPSTFARYMADTFRDLRFVNVYLDDILIFSESPEEHWKHLDTVLERLKNENLIVKKKKCKFASEETEFLGYSIGIQKIAPLQHKCAAIRDFPTPKTVKQAQRFLGMINYYRRFIPNCSKIAQPIQLFICDKSQWTEKQDKAIDKLKDALCNSPVLVPFNNKANYRLTTDASKDGIGAVLEEVDNKNKLVGVVGYFSKSLESAQKNYPAGELELLGIIKALHHFRYMLHGKHFTLRTDHISLLSLQNKNEPARRVQRWLDDLATYDFTLEYLAGPKNVVADAISRAVYTITPETSRPIDTESWKSYYKSDPLCSAVLIHMKELTQHNVTPEDMSAFRSYQKKLELSETFRKNYSLEDEMIYYQDRLVVPIKQQNAVMRLYHDHTLFGGHFGVTVTLAKISPIYYWPKLQHSIIQYIRTCVQCQLIKSHRPRLHGLLQPLPIAEGRWLDISMDFVTGLPPTSNNLNMILVVVDRFSKRAHFIATRKTLDATQLIDLLFRYIFSYHGFPRTITSDRDVRMTADKYQELTKRLGIKSTMSSANHPQTDGQSERTIQTLNRLLRAYASTNIQNWHVYLPQIEFVYNSTPTRTLGKSPFEIDLGYLPNTPAIKSDDEVNARSFTAVELAKHLKALTIQTKEQLEHAQIEMETNNNQRRKPLLLNIGDHVLVHRDAYFKKGAYMKVQQIYVGPFRVVKKINDNAYELDLNSHKKKHRVINVQFLKKFVYRPDAYPKNKPISSTERIKRAHEVTALIGIDTTHKTYLCHMQDVDPTLSVEYSEAEFCQIPERTRRSILANFRQLYETQDNPEREEDVVSQNEICQYDNTSP

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;Transcription factor TFIIIB component B'' ;
分子量 formula_weight	67801.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MSSIVNKSGTRFAPKVRQRRAATGGTPTPKPRTPQLFIPESKEIEEDNSDNDKGVDENETAIVEKPSLVGERSLEGFTLTGTNGHDNEIGDEGPIDASTQNPKADVIEDNVTLKPAPLQTHRDQKVPRSSRLASLSKDNESRPSFKPSFLDSSSNSNGTARRLSTISNKLPKKIRLGSITENDMNLKTFKRHRVLGKPSSAKKPAGAHRISIVSKISPPTAMTDSLDRNEFSSETSTSREADENENYVISKVKDIPKKVRDGESAKYFIDEENFTMAELCKPNFPIGQISENFEKSKMAKKAKLEKRRHLRELRMRARQEFKPLHSLTKEEQEEEEEKRKEERDKLLNADIPESDRKAHTAIQLKLNPDGTMAIDEETMVVDRHKNASIENEYKEKVDENPFANLYNYGSYGRGSYTDPWTVEEMIKFYKALSMWGTDFNLISQLYPYRSRKQVKAKFVNEEKKRPILIELALRSKLPPNFDEYCCEIKKNIGTVADFNEKLIELQNEHKHHMKEIEEAKNTAKEEDQTAQRLNDANLNKKGSGGIMTNDLKVYRKTEVVLGTIDDLKRKKLKERNNDDNEDNEGSEEEPEIDQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	TATA-box-binding protein
分子量 formula_weight	27042.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MADEERLKEFKEANKIVFDPNTRQVWENQNRDGTKPATTFQSEEDIKRAAPESEKDTSATSGIVPTLQNIVATVTLGCRLDLKTVALHARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYARIIQKIGFAAKFTDFKIQNIVGSCDVKFPIRLEGLAFSHGTFSSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSGKIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Transcription factor IIIB 70 kDa subunit
分子量 formula_weight	67011.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MPVCKNCHGTEFERDLSNANNDLVCKACGVVSEDNPIVSEVTFGETSAGAAVVQGSFIGAGQSHAAFGGSSALESREATLNNARRKLRAVSYALHIPEYITDAAFQWYKLALANNFVQGRRSQNVIASCLYVACRKEKTHHMLIDFSSRLQVSVYSIGATFLKMVKKLHITELPLADPSLFIQHFAEKLDLADKKIKVVKDAVKLAQRMSKDWMFEGRRPAGIAGACILLACRMNNLRRTHTEIVAVSHVAEETLQQRLNEFKNTKAAKLSVQKFRENDVEDGEARPPSFVKNRKKERKIKDSLDKEEMFQTSEEALNKNPILTQVLGEQELSSKEVLFYLKQFSERRARVVERIKATNGIDGENIYHEGSENETRKRKLSEVSIQNEHVEGEDKETEGTEEKVKKVKTKTSEEKKENESGHFQDAIDGYSLETDPYCPRNLHLLPTTDTYLSKVSDDPDNLEDVDDEELNAHLLNEEASKLKERIWIGLNADFLLEQESKRLKQEADIATGNTSVKKKRTRRRNNTRSDEPTKTVDAAAAIGLMSDLQDKSGLHAALKAAEESGDFTTADSVKNMLQKASFSKKINYDAIDGLFR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA (19-MER)
分子量 formula_weight	5882.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	t,u

GGTGTTGTATTACGGGCTC

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.98 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	101469

Cryo-EM structure of Ty3 retrotransposon targeting a TFIIIB-bound tRNA gene

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Transcription factor TFIIIB component B'' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TATA-box-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription factor IIIB 70 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7q5b__assembly_1__model_1

7q5b__assembly_1__model_1 | I(q)

7q5b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)