SAXSdb — 7qtx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bcl-2

Human gammaherpesvirus 8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–146	突变：V117A	Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2 × 1 （Q9BXH1） BR BROMIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M sodium bromide, 0.1 M Bis-tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.12 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7QTX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7QTW Kaposi sarcoma associated herpes virus(KSHV) encoded apoptosis inhibitor, KsBcl-2 in complex with Bid BH3 提交 2022-01-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–146（146 aa）	突变：V117A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.6 8% PEG 4000	分辨率 1.41 Å R-free 0.215

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q76RI8_HHV8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–151； UniProt 1–146

Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2

物种未注明

UniProt Q9BXH1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 130–155	未记录	Bcl-2 × 1 （Q76RI8） BR BROMIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M sodium bromide, 0.1 M Bis-tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.12 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7QTX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2M04 Solution structure of BCL-xL in complex with PUMA BH3 peptide 提交 2012-10-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 130–154（25 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298.1 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-95% 2H; Ile,Leu,Val C1H3] BCL-xL, 0.9 mM PUMA BH3, 92% H2O/8% D2O \| 92% H2O/8% D2O NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] BCL-xL, 0.9 mM PUMA BH3, 92% H2O/8% D2O \| 92% H2O/8% D2O	分辨率未提供
4HNJ Crystallographic structure of BCL-xL domain-swapped dimer in complex with PUMA BH3 peptide at 2.9A resolution 提交 2012-10-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 130–154（25 aa）片段：BH3 domain peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.2 M CaCl2, 0.1 M NaOAc, 20% V/V isopropanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
5UUL Human Bfl-1 in complex with PUMA BH3 提交 2017-02-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 132–154（23 aa）片段：UNP residues 132-154	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 7.0	分辨率 1.33 Å R-free 0.155
6QFM Structure of human Mcl-1 in complex with PUMA BH3 peptide 提交 2019-01-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 127–149（23 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100 mM imidazole buffer pH 7.0, 50 mM zinc acetate and 20-25% polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
6QG8 Structure of human Bcl-2 in complex with PUMA BH3 peptide 提交 2019-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 127–149（23 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；284 K；from 0.2M MgCl2, 25% PegMME 2k, 0.1M Na Acetate buffer pH 5.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
6TQP Structural insight into tanapoxvirus mediated inhibition of apoptosis 提交 2019-12-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 130–155（26 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 30% PEG 2000MME	分辨率 1.85 Å R-free 0.218
7DVD The crystal structure of p53 DNA binding domain and PUMA complex 提交 2021-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 136–150（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M Tris (pH 7.0) 20% (w/w) PEG-200 MME	分辨率 2.59 Å R-free 0.318
7P0S ORF virus encoded Bcl-2 homolog ORFV125 in complex with Puma BH3 peptide 提交 2021-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 130–155（26 aa）链 U 130–155（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.286
7P9W Epstein-Barr virus encoded apoptosis regulator BHRF1 in complex with Puma BH3 提交 2021-07-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 130–155（26 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 NH4 AMMONIUM ION × 1 PDO 1,3-PROPANDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M Ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.00 Å R-free 0.257

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BBC3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–26； UniProt 130–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7qtx
沉积日期 deposition_date	2022-01-17
结构标题 title	Kaposi sarcoma associated herpes virus (KSHV) encoded apoptosis inhibitor, KsBcl-2 in complex with Puma BH3
关键词 keywords	Apoptosis, viral Bcl-2 protein, gamma herpes virus, Kaposi sarcoma virus; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.20 Å
零角强度 I(0) i0	6960130.00
分子量 molecular_weight	19006.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23697 Å³
包络体积 envelope_volume	26799 Å³
水化壳体积 shell_volume	14705 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.5 Å
壳层 Rg shell_rg	21.37 Å
包络 Rg envelope_rg	15.67 Å
形状 Rg shape_rg	15.16 Å
总 Rg total_rg	16.44 Å
总原子数 total_atoms	2593
残基数 n_residues	165
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9600e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0910e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6960000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7771
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.164
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.248
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1435000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.700; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bcl-2
分子量 formula_weight	16637.2 kDa
突变 mutation	V117A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2688

GPLGSMDEDVLPGEVLAIEGIFMACGLNEPEYLYHPLLSPIKLYITGLMRDKESLFEAMLANVRFHSTTGINQLGLSMLQVSGDGNMNWGRALAILTFGSFVAQKLSNEPHLRDFALAVLPAYAYEAIGPQWFRARGGWRGLKAYCTQVLT

来源 Source

来源生物 organism	Human gammaherpesvirus 8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37296
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
分子量 formula_weight	3210.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EEQWAREIGAQLRRMADDLNAQYERR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	95

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7qtxA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Blc2-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.229 Å
晶胞边长 b length_b	48.529 Å
晶胞边长 c length_c	57.386 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.116 Å
最低分辨率 resolution_low	32.463 Å
R 因子 r_factor	0.2196
R_work r_work	0.2177
R_free r_free	0.2575

fit	/app/data/saxs_computation/qt/7qtx/7qtx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qt/7qtx/7qtx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qt/7qtx/7qtx.dat

Kaposi sarcoma associated herpes virus (KSHV) encoded apoptosis inhibitor, KsBcl-2 in complex with Puma BH3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bcl-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)