7rd1

The Capsid Structure of the ChAdOx1 viral vector/chimpanzee adenovirus Y25

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre-protein VI

Chimpanzee adenovirus Y25

UniProt G9G853

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 1920 Hexon protein × 720 (G9G854) Penton protein × 60 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 240 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 60 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 120 (G9G860) 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 32 Hexon protein × 12 (G9G854) Penton protein × 1 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 4 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 1 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 2 (G9G860) 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 160 Hexon protein × 60 (G9G854) Penton protein × 5 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 20 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 5 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 10 (G9G860) 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 192 Hexon protein × 72 (G9G854) Penton protein × 6 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 24 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 6 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 12 (G9G860) 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 32 Hexon protein × 12 (G9G854) Penton protein × 1 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 4 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 1 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 2 (G9G860) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 G9G853_9ADEN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 0; PDB构建体 1–243; UniProt 1–243 作者链 1; PDB构建体 1–243; UniProt 1–243 作者链 2; PDB构建体 1–243; UniProt 1–243 作者链 3; PDB构建体 1–243; UniProt 1–243 作者链 4; PDB构建体 1–243; UniProt 1–243 作者链 8; PDB构建体 1–243; UniProt 1–243 作者链 U; PDB构建体 1–243; UniProt 1–243 作者链 V; PDB构建体 1–243; UniProt 1–243 作者链 W; PDB构建体 1–243; UniProt 1–243 作者链 X; PDB构建体 1–243; UniProt 1–243 作者链 Y; PDB构建体 1–243; UniProt 1–243 作者链 Z; PDB构建体 1–243; UniProt 1–243

Hexon protein

Chimpanzee adenovirus Y25

UniProt G9G854

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 1920 Pre-protein VI × 720 (G9G853) Penton protein × 60 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 240 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 60 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 120 (G9G860) 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 32 Pre-protein VI × 12 (G9G853) Penton protein × 1 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 4 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 1 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 2 (G9G860) 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 160 Pre-protein VI × 60 (G9G853) Penton protein × 5 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 20 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 5 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 10 (G9G860) 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 192 Pre-protein VI × 72 (G9G853) Penton protein × 6 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 24 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 6 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 12 (G9G860) 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 32 Pre-protein VI × 12 (G9G853) Penton protein × 1 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 4 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 1 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 2 (G9G860) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 G9G854_9ADEN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–942; UniProt 1–942 作者链 B; PDB构建体 1–942; UniProt 1–942 作者链 C; PDB构建体 1–942; UniProt 1–942 作者链 D; PDB构建体 1–942; UniProt 1–942 作者链 E; PDB构建体 1–942; UniProt 1–942 作者链 F; PDB构建体 1–942; UniProt 1–942 作者链 G; PDB构建体 1–942; UniProt 1–942 作者链 H; PDB构建体 1–942; UniProt 1–942 作者链 I; PDB构建体 1–942; UniProt 1–942 作者链 J; PDB构建体 1–942; UniProt 1–942 作者链 K; PDB构建体 1–942; UniProt 1–942 作者链 L; PDB构建体 1–942; UniProt 1–942

Penton protein

Chimpanzee adenovirus Y25

UniProt G9G849

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 1920 Pre-protein VI × 720 (G9G853) Hexon protein × 720 (G9G854) Hexon-interlacing protein × 240 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 60 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 120 (G9G860) 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 32 Pre-protein VI × 12 (G9G853) Hexon protein × 12 (G9G854) Hexon-interlacing protein × 4 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 1 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 2 (G9G860) 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 160 Pre-protein VI × 60 (G9G853) Hexon protein × 60 (G9G854) Hexon-interlacing protein × 20 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 5 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 10 (G9G860) 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 192 Pre-protein VI × 72 (G9G853) Hexon protein × 72 (G9G854) Hexon-interlacing protein × 24 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 6 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 12 (G9G860) 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 32 Pre-protein VI × 12 (G9G853) Hexon protein × 12 (G9G854) Hexon-interlacing protein × 4 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 1 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 2 (G9G860) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 G9G849_9ADEN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–532; UniProt 1–532

Hexon-interlacing protein

Chimpanzee adenovirus Y25

UniProt G9G843

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 1920 Pre-protein VI × 720 (G9G853) Hexon protein × 720 (G9G854) Penton protein × 60 (G9G849) Pre-hexon-linking protein IIIa × 60 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 120 (G9G860) 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 32 Pre-protein VI × 12 (G9G853) Hexon protein × 12 (G9G854) Penton protein × 1 (G9G849) Pre-hexon-linking protein IIIa × 1 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 2 (G9G860) 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 160 Pre-protein VI × 60 (G9G853) Hexon protein × 60 (G9G854) Penton protein × 5 (G9G849) Pre-hexon-linking protein IIIa × 5 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 10 (G9G860) 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 192 Pre-protein VI × 72 (G9G853) Hexon protein × 72 (G9G854) Penton protein × 6 (G9G849) Pre-hexon-linking protein IIIa × 6 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 12 (G9G860) 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 32 Pre-protein VI × 12 (G9G853) Hexon protein × 12 (G9G854) Penton protein × 1 (G9G849) Pre-hexon-linking protein IIIa × 1 (G9G848) Pre-hexon-linking protein VIII × 2 (G9G860) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 G9G843_9ADEN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–142; UniProt 1–142 作者链 O; PDB构建体 1–142; UniProt 1–142 作者链 P; PDB构建体 1–142; UniProt 1–142 作者链 Q; PDB构建体 1–142; UniProt 1–142

Pre-hexon-linking protein IIIa

Chimpanzee adenovirus Y25

UniProt G9G848

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 1920 Pre-protein VI × 720 (G9G853) Hexon protein × 720 (G9G854) Penton protein × 60 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 240 (G9G843) Pre-hexon-linking protein VIII × 120 (G9G860) 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 32 Pre-protein VI × 12 (G9G853) Hexon protein × 12 (G9G854) Penton protein × 1 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 4 (G9G843) Pre-hexon-linking protein VIII × 2 (G9G860) 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 160 Pre-protein VI × 60 (G9G853) Hexon protein × 60 (G9G854) Penton protein × 5 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 20 (G9G843) Pre-hexon-linking protein VIII × 10 (G9G860) 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 192 Pre-protein VI × 72 (G9G853) Hexon protein × 72 (G9G854) Penton protein × 6 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 24 (G9G843) Pre-hexon-linking protein VIII × 12 (G9G860) 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 32 Pre-protein VI × 12 (G9G853) Hexon protein × 12 (G9G854) Penton protein × 1 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 4 (G9G843) Pre-hexon-linking protein VIII × 2 (G9G860) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 G9G848_9ADEN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–589; UniProt 1–589

Pre-hexon-linking protein VIII

Chimpanzee adenovirus Y25

UniProt G9G860

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 1920 Pre-protein VI × 720 (G9G853) Hexon protein × 720 (G9G854) Penton protein × 60 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 240 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 60 (G9G848) 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 32 Pre-protein VI × 12 (G9G853) Hexon protein × 12 (G9G854) Penton protein × 1 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 4 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 1 (G9G848) 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 160 Pre-protein VI × 60 (G9G853) Hexon protein × 60 (G9G854) Penton protein × 5 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 20 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 5 (G9G848) 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 192 Pre-protein VI × 72 (G9G853) Hexon protein × 72 (G9G854) Penton protein × 6 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 24 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 6 (G9G848) 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 32 Pre-protein VI × 12 (G9G853) Hexon protein × 12 (G9G854) Penton protein × 1 (G9G849) Hexon-interlacing protein × 4 (G9G843) Pre-hexon-linking protein IIIa × 1 (G9G848) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 G9G860_9ADEN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–227; UniProt 1–227 作者链 T; PDB构建体 1–227; UniProt 1–227

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7rd1
沉积日期 deposition_date2021-07-08
结构标题 titleThe Capsid Structure of the ChAdOx1 viral vector/chimpanzee adenovirus Y25
关键词 keywords;Adenovirus, simian adenovirus, chimpanzee adenovirus, vaccine vector, DNA virus, AdV, ChAdV-Y25, adenovirus Y25, Y25, viral vector, ChAdOx1, chimp Ad, dsDNA virus, icosahedral, chimpanzee adenovirus Y25, Y-25, Y 25, ChAdV, VIRUS ;; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7rd1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7rd1__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 1010 1011 1012 1013 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

7rd1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)0.00 Å
Rg(电子密度)379.20 Å
总 Rg379.20 Å
原子数11866920
残基数766380
排除体积106980000 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7rd1__assembly_1__model_1 1920-meric (1920) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 7rd1__assembly_2__model_1 32-meric (32) 排除 — —
排除原因: 辅助对称表示,不是完整或代表性的 biological assembly。
3 1 7rd1__assembly_3__model_1 160-meric (160) 排除 — —
排除原因: 辅助对称表示,不是完整或代表性的 biological assembly。
4 1 7rd1__assembly_4__model_1 192-meric (192) 排除 — —
排除原因: 辅助对称表示,不是完整或代表性的 biological assembly。
5 1 7rd1__assembly_5__model_1 32-meric (32) 排除 — —
排除原因: 辅助对称表示,不是完整或代表性的 biological assembly。
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 引用文献 (2)