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7rqy

Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 25 degrees Celsius, in an open state, class B

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 133.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

Rattus norvegicus

UniProt O35433

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–838 链 B； UniProt 1–838 链 C； UniProt 1–838 链 D； UniProt 1–838 未记录 6EU resiniferatoxin × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.04 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7RQY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2NYJ Crystal structure of the ankyrin repeat domain of TRPV1 提交 2006-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 101–364（264 aa） 片段：ankyrin repeart domain, residues 101-365
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.033MM PROTEIN, 5% PEG8000, 0.1M SODIUM CITRATE, 5MM ATP, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.286
2PNN Crystal Structure of the Ankyrin Repeat Domain of Trpv1 提交 2007-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 101–364（264 aa） 片段：Ankyrin Repeat Domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；3% PEG 8000, 0.1M SODIUM CITRATE, 5MM ATP, PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K, pH 5.00
分辨率 2.70 Å R-free 0.248
3J5P Structure of TRPV1 ion channel determined by single particle electron cryo-microscopy 提交 2013-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 111–603（493 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 A 626–718（93 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 B 111–603（493 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 B 626–718（93 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 111–603（493 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 626–718（93 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 D 111–603（493 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 D 626–718（93 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP；pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 6 sec；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)
分辨率 3.27 Å
3J5Q Structure of TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX determined by single particle electron cryo-microscopy 提交 2013-10-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 111–719（609 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 D 111–719（609 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 E 111–719（609 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 G 111–719（609 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP；pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 6 sec；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)
分辨率 3.80 Å
3J5R Reconstruction of TRPV1 ion channel in complex with capsaicin by single particle cryo-microscopy 提交 2013-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 111–603（493 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 A 626–718（93 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 B 111–603（493 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 B 626–718（93 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 111–603（493 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 626–718（93 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 D 111–603（493 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 D 626–718（93 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP；pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 6 sec；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)
分辨率 4.20 Å
3J9J Structure of the capsaicin receptor, TRPV1, determined by single particle electron cryo-microscopy 提交 2015-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 111–603（493 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 A 627–719（93 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 B 111–603（493 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 B 627–719（93 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 111–603（493 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 627–719（93 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 D 111–603（493 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 D 627–719（93 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
3SUI Crystal structure of ca2+-calmodulin in complex with a trpv1 c-terminal peptide 提交 2011-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 767–801（35 aa） 片段：Unp residues 767-801
未记录 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M MES PH6.0, 2.2-2.8M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.248
5IRX Structure of TRPV1 in complex with DkTx and RTX, determined in lipid nanodisc 提交 2016-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 110–603（494 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 A 627–764（138 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 B 110–603（494 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 B 627–764（138 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 C 110–603（494 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 C 627–764（138 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 D 110–603（494 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 D 627–764（138 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
未记录 6O8 (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium × 4 6OE (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate × 8 6EU resiniferatoxin × 4 6O9 (2S)-2-(acetyloxy)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}propyl pentanoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 2.95 Å
5IRZ Structure of TRPV1 determined in lipid nanodisc 提交 2016-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 110–603（494 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 B 627–764（138 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 C 110–603（494 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 C 627–764（138 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 D 110–603（494 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 D 627–764（138 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 E 110–603（494 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 E 627–764（138 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
未记录 6O8 (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium × 4 6ES (2S)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4S,5S,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(pentanoyloxy)propan-2-yl decanoate × 4 6OE (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 3.28 Å
5IS0 Structure of TRPV1 in complex with capsazepine, determined in lipid nanodisc 提交 2016-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 110–603（494 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 B 627–764（138 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 C 110–603（494 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 C 627–764（138 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 D 110–603（494 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 D 627–764（138 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 E 110–603（494 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 E 627–764（138 aa） 片段：UNP residues 110-603, 627-764
未记录 6ET capsazepine × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 3.43 Å
7L2H Cryo-EM structure of unliganded full-length TRPV1 at neutral pH 提交 2020-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–838（837 aa）
链 B 2–838（837 aa）
链 C 2–838（837 aa）
链 D 2–838（837 aa）
未记录 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 XJD (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl tridecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
7L2I Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at pH6a state 提交 2020-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–838（837 aa）
链 B 2–838（837 aa）
链 C 2–838（837 aa）
链 D 2–838（837 aa）
未记录 XJA (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7L2J Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at pH6c state 提交 2020-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–838（837 aa）
链 B 2–838（837 aa）
链 C 2–838（837 aa）
链 D 2–838（837 aa）
未记录 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.66 Å
7L2K Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at pH6b state 提交 2020-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–838（837 aa）
链 B 2–838（837 aa）
链 C 2–838（837 aa）
链 D 2–838（837 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.89 Å
7L2L Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 in O1 state 提交 2020-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–838（837 aa）
链 B 2–838（837 aa）
链 C 2–838（837 aa）
链 D 2–838（837 aa）
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
7L2M Cryo-EM structure of DkTx/RTX-bound full-length TRPV1 提交 2020-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2–838（837 aa）
链 B 2–838（837 aa）
链 C 2–838（837 aa）
链 D 2–838（837 aa）
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å
7L2N Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 in C1 state 提交 2020-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–838（837 aa）
链 B 2–838（837 aa）
链 C 2–838（837 aa）
链 D 2–838（837 aa）
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7L2O Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 at pH 5.5 提交 2020-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–838（837 aa）
链 B 2–838（837 aa）
链 C 2–838（837 aa）
链 D 2–838（837 aa）
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.64 Å
7L2P cryo-EM structure of unliganded minimal TRPV1 提交 2020-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa）
链 B 110–764（655 aa）
链 C 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7L2R Cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 at the pre-open state 提交 2020-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 B 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 C 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 D 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
未记录 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 65I (9R,12R)-15-amino-12-hydroxy-6,12-dioxo-7,11,13-trioxa-12lambda~5~-phosphapentadecan-9-yl undecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7L2S cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 at the pre-bound state 提交 2020-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa）
链 B 110–764（655 aa）
链 C 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.71 Å
7L2T cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 in partial open state 提交 2020-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 110–764（655 aa）
链 B 110–764（655 aa）
链 C 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 65I (9R,12R)-15-amino-12-hydroxy-6,12-dioxo-7,11,13-trioxa-12lambda~5~-phosphapentadecan-9-yl undecanoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
7L2U cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 in open state 提交 2020-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 110–764（655 aa）
链 B 110–764（655 aa）
链 C 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 XKP (11R,14S)-17-amino-14-hydroxy-8,14-dioxo-9,13,15-trioxa-14lambda~5~-phosphaheptadecan-11-yl decanoate × 4 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
7L2V cryo-EM structure of RTX-bound minimal TRPV1 with NMDG at state b 提交 2020-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa）
链 B 110–764（655 aa）
链 C 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 XPS 6-deoxy-6-(methylamino)-D-galactitol × 1 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.82
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.64 Å
7L2W cryo-EM structure of RTX-bound minimal TRPV1 with NMDG at state a 提交 2020-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa）
链 B 110–764（655 aa）
链 C 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.82
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
7L2X cryo-EM structure of RTX-bound minimal TRPV1 with NMDG at state c 提交 2020-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa）
链 B 110–764（655 aa）
链 C 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 XPJ 1-deoxy-1-(methylamino)-D-allitol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.82
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
7LP9 Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at 4 degrees Celsius 提交 2021-02-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 T7X Phosphatidylinositol × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 28 NA SODIUM ION × 2 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
7LPA Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 4 degrees Celsius 提交 2021-02-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
7LPB Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 25 degrees Celsius 提交 2021-02-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7LPC Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at 48 degrees Celsius 提交 2021-02-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 24 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 T7X Phosphatidylinositol × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
7LPD Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 48 degrees Celsius, in an intermediate state, class 2 提交 2021-02-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
7LPE Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 48 degrees Celsius, in an open state, class 1 提交 2021-02-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 4 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
7MZ5 Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 in C2 state 提交 2021-05-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–838（837 aa）
链 B 2–838（837 aa）
链 C 2–838（837 aa）
链 D 2–838（837 aa）
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å
7MZ6 Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 1 perturbed PI 提交 2021-05-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 B 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 C 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 D 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
未记录 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.85
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
7MZ7 Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 4 partially bound RTX 提交 2021-05-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 B 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 C 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 D 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.85
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
7MZ9 Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 1 partially bound RTX 提交 2021-05-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 B 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 C 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 D 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
未记录 6EU resiniferatoxin × 1 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 3 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.85
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
7MZA Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 2 bound RTX in adjacent pockets 提交 2021-05-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 B 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 C 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 D 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
未记录 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 2 6EU resiniferatoxin × 2 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.85
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
7MZB Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 3 bound RTX and 1 perturbed PI 提交 2021-05-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 B 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 C 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 D 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
未记录 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 1 6EU resiniferatoxin × 3 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.85
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
7MZC Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with RTX bound in C1 state 提交 2021-05-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 B 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 C 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 D 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
7MZD Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with RTX bound in C2 state 提交 2021-05-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 B 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 C 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 D 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7MZE Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 2 bound RTX in opposite pockets 提交 2021-05-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 B 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 C 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
链 D 110–764（655 aa） 片段：UNP residues 110-764
未记录 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 2 NA SODIUM ION × 1 6EU resiniferatoxin × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.85
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
7RQU Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 4 degrees Celsius, in a closed state, class I 提交 2021-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 20 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
7RQV Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 4 degrees Celsius, in an intermediate-closed state, class II 提交 2021-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
7RQW Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 4 degrees Celsius, in an open state, class III 提交 2021-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.11 Å
7RQX Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 25 degrees Celsius, in an intermediate-open state, class A 提交 2021-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
7RQZ Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 48 degrees Celsius, in an open state, class alpha 提交 2021-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 6EU resiniferatoxin × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8T0C TRPV1 in Nanodisc bound with lysophosphatidic acid in all four monomers 提交 2023-05-31 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 4 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8T0E TRPV1 in Nanodisc not bound with lysophosphatidic acid (apo) 提交 2023-05-31 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：truncated construct
链 B 1–838（838 aa） 片段：truncated construct
链 C 1–838（838 aa） 片段：truncated construct
链 D 1–838（838 aa） 片段：truncated construct
未记录 8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8T0Y TRPV1 in nanodisc bound with one LPA in one monomer 提交 2023-06-01 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：truncated construct
链 B 1–838（838 aa） 片段：truncated construct
链 C 1–838（838 aa） 片段：truncated construct
链 D 1–838（838 aa） 片段：truncated construct
未记录 8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 3 NA SODIUM ION × 1 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8T10 TRPV1 in nanodisc bound with two LPA molecules in opposite monomers 提交 2023-06-01 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：truncated construct
链 B 1–838（838 aa） 片段：truncated construct
链 C 1–838（838 aa） 片段：truncated construct
链 D 1–838（838 aa） 片段：truncated construct
未记录 8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 2 NA SODIUM ION × 2 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8T3L TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers 提交 2023-06-07 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa）
链 B 110–764（655 aa）
链 C 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 2 NA SODIUM ION × 2 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8T3M TRPV1 in nanodisc bound with 3 LPA molecules 提交 2023-06-07 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa）
链 B 110–764（655 aa）
链 C 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 85R [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{S},3~{S},5~{R},6~{S})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate × 1 NA SODIUM ION × 2 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8U2Z TRPV1 in nanodisc bound with diC8-PIP2 in the dilated state 提交 2023-09-06 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa）
链 B 110–764（655 aa）
链 C 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8U30 TRPV1 in nanodisc bound with diC8-PIP2 in the closed state 提交 2023-09-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8U3A TRPV1 in nanodisc bound with PI-Br4 bound in Conformation 1 (monomer) 提交 2023-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 VPN (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
8U3C TRPV1 in nanodisc bound with PI-Br4 bound in Conformation 2 (monomer) 提交 2023-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 VPN (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
8U3J TRPV1 in nanodisc bound with empty vanilloid binding pocket at 4C 提交 2023-09-07 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 197–753（557 aa）
链 B 197–753（557 aa）
链 C 197–753（557 aa）
链 D 197–753（557 aa）
未记录 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8U3L TRPV1 in nanodisc bound with empty vanilloid binding pocket at 25C 提交 2023-09-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8U43 TRPV1 in nanodisc bound with PIP2-Br4 提交 2023-09-08 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa）
链 B 110–764（655 aa）
链 C 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 V5H (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8U4D TRPV1 in nanodisc bound with PI-Br4, consensus structure 提交 2023-09-10 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 110–764（655 aa）
链 B 110–764（655 aa）
链 C 110–764（655 aa）
链 D 110–764（655 aa）
未记录 VPN (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
9ISG Structure of rat TRPV1 in complex with PSFL426-S5 提交 2024-07-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 A1D92 4-azanyl-3-sulfanylidene-1,2,4-triazine-5,6-dione × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9OGK Refinement of PDB-3J5R against EMD-8117 using EMAN2 提交 2025-04-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9W4M ratTRPV1 bound with antagonist AMG517 提交 2025-07-31 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 A1D6R ~{N}-[4-[6-[4-(trifluoromethyl)phenyl]pyrimidin-4-yl]oxy-1,3-benzothiazol-2-yl]ethanamide × 4 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9W4N Structure of rat TRPV1 in complex with SB-366791 提交 2025-07-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 ZEI (2E)-3-(4-chlorophenyl)-N-(3-methoxyphenyl)prop-2-enamide × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Hepes, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
9W4T ratTRPV1 bound with antagonist AMG9810 提交 2025-08-01 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa）
链 B 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
链 D 1–838（838 aa）
未记录 A1D6W (~{Z})-3-(4-~{tert}-butylphenyl)-~{N}-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)prop-2-enamide × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å

共 65 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPV1_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–838； UniProt 1–838 作者链 B； PDB构建体 1–838； UniProt 1–838 作者链 C； PDB构建体 1–838； UniProt 1–838 作者链 D； PDB构建体 1–838； UniProt 1–838

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7rqy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7rqy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7rqy
沉积日期 deposition_date2021-08-08
结构标题 titleCryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 25 degrees Celsius, in an open state, class B
关键词 keywordsligand-gating ion channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.98 Å
零角强度 I(0) i0689519000.00
分子量 molecular_weight235610.0 kDa
排除体积 excluded_volume301980 ų
包络体积 envelope_volume426420 ų
水化壳体积 shell_volume79177 ų
包络直径 envelope_diameter135.7 Å
壳层 Rg shell_rg51.60 Å
包络 Rg envelope_rg41.96 Å
形状 Rg shape_rg43.04 Å
总 Rg total_rg43.18 Å
总原子数 total_atoms32684
残基数 n_residues2100
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax133.3 Å
Rg (实空间) rg_real43.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real6.8950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal689800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8893
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary59.3 Å
偏度 Skewness skewness-0.036
峰度 Kurtosis kurtosis-0.514
角度范围 angular_range— – 0.1800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha43810000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.886
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)