7rs6

Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to GMPCPP-Stabilized Microtubules

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 27	Tubulin beta chain × 9 （P02554） kinesin-8/ Kip3 × 9 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 MAGNESIUM ION × 27 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 9 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBA1B_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 C； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 E； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 G； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 I； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 L； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 N； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 P； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 R； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt P02554

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 27	Tubulin alpha-1B chain × 9 （Q2XVP4） kinesin-8/ Kip3 × 9 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 MAGNESIUM ION × 27 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 9 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBB_PIG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 D； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 F； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 H； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 J； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 M； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 O； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 Q； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 S； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7rs6
沉积日期 deposition_date	2021-08-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to GMPCPP-Stabilized Microtubules
关键词 keywords	kinesin-8, microtubules, complex, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7rs6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7rs6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7rs6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	87.91 Å
Rg（电子密度）	88.30 Å
总 Rg	88.24 Å
原子数	166941
残基数	10656
排除体积	1494300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7rs6__assembly_1__model_1`	27-meric （27）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin alpha-1B chain
分子量 formula_weight	50204.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,L,N,P,R
原子数 atom_count	166941

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin beta chain
分子量 formula_weight	49907.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,M,O,Q,S

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEGEEDEA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	kinesin-8/ Kip3
分子量 formula_weight	39900.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,a,b,c,d,e,f,g,h

MNVPETRQSSIVVAIRVRPFTSMEKTRLVIRKIVDCVDDRMLIFDPADRNSNATNKFSSQRRRHGGEIKFVFDKLFDETSSQARVYKETTSPLLDSVLDGFNSTVFAYGATGCGKTYTVSGTPSQPGIIFLAMEELFNKITDLKDEKDFEISLSYLEIYNERIRDLLKPETPSKRLVIREDTQNHIKVANLSYHHPNTVEDVMDLVVQGNINRTTSPTEANEVSSRSHAVLQIHIMQTNKLVDLTSQHTFATLSIIDLAGSERAAATRNRGIRLHEGANINRSLLALGNCINALCLNDGSRSCHIPYRDSKLTRLLKFSLGGNCKTVMIVCISPSSSHYDETLNTLKYANRAKEI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	27

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	521.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

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分辨率 resolution	4.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	21788

Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to GMPCPP-Stabilized Microtubules

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tubulin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7rs6__assembly_1__model_1

7rs6__assembly_1__model_1 | I(q)

7rs6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to GMPCPP-Stabilized Microtubules

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tubulin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7rs6__assembly_1__model_1

7rs6__assembly_1__model_1 | I(q)

7rs6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)