7ste

Rad24-RFC ADP state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 121.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication factor C subunit 4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P40339

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–323 未记录 Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) Checkpoint protein RAD24 × 1 (P32641) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFC4_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–323; UniProt 1–323

Replication factor C subunit 3

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P38629

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–339 未记录 Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) Checkpoint protein RAD24 × 1 (P32641) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFC3_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–339; UniProt 1–339

Replication factor C subunit 2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P40348

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–353 未记录 Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) Checkpoint protein RAD24 × 1 (P32641) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFC2_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–353; UniProt 1–353

Replication factor C subunit 5

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P38251

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–354 未记录 Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Checkpoint protein RAD24 × 1 (P32641) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFC5_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–354; UniProt 1–354

Checkpoint protein RAD24

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P32641

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–659 未记录 Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAD24_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–659; UniProt 1–659

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ste

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ste
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ste
沉积日期 deposition_date2021-11-12
结构标题 titleRad24-RFC ADP state
关键词 keywordsDNA damage, DNA replication, DNA sliding clamp, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.07
零角强度 I(0) i0617097000.00
分子量 molecular_weight203050.0 kDa
排除体积 excluded_volume254690 ų
包络体积 envelope_volume350610 ų
水化壳体积 shell_volume72214 ų
包络直径 envelope_diameter122.2
壳层 Rg shell_rg47.20
包络 Rg envelope_rg37.93
形状 Rg shape_rg39.08
总 Rg total_rg39.49
总原子数 total_atoms28688
残基数 n_residues1774
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.7
Rg (实空间) rg_real39.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83
I(0) (实空间) i0_real6.1710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.7220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal617200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9024
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary
偏度 Skewness skewness0.033
峰度 Kurtosis kurtosis-0.597
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha98270000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.949

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id7steE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id7steE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60
结构域编号 domain_id7steE03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)