7t4q

CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with neutralizing fabs 2C12, 7I13 and 13H11

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 200.0 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

Human betaherpesvirus 5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–715	未记录	Envelope glycoprotein L × 1 （Q71DN9） Envelope protein UL128 × 1 （Q38LY2） Envelope glycoprotein UL130 × 1 （Q38M07） Envelope protein UL131A × 1 （Q8AZ45） Fab 2C12 heavy chain × 1 Fab 2C12 light chain × 1 Fab 7I13 light chain × 1 Fab 7I13 heavy chain × 1 Fab 13H11 heavy chain × 1 Fab 13H11 light chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5s before plunging	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7T4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7T4R CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with THBD and neutralizing fabs MSL-109 and 13H11 提交 2021-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 B 1–715（715 aa）链 K 1–715（715 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5s before plunging	分辨率 3.30 Å
7T4S CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with NRP2 and neutralizing fabs 8I21 and 13H11 提交 2021-12-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–715（715 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging	分辨率 3.10 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F5H9T3_HCMV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–715； UniProt 1–715

Envelope glycoprotein L

Human betaherpesvirus 5

UniProt Q71DN9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–278	未记录	Envelope glycoprotein H × 1 （F5H9T3） Envelope protein UL128 × 1 （Q38LY2） Envelope glycoprotein UL130 × 1 （Q38M07） Envelope protein UL131A × 1 （Q8AZ45） Fab 2C12 heavy chain × 1 Fab 2C12 light chain × 1 Fab 7I13 light chain × 1 Fab 7I13 heavy chain × 1 Fab 13H11 heavy chain × 1 Fab 13H11 light chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5s before plunging	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7T4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7T4R CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with THBD and neutralizing fabs MSL-109 and 13H11 提交 2021-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 C 1–278（278 aa）链 L 1–278（278 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5s before plunging	分辨率 3.30 Å
7T4S CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with NRP2 and neutralizing fabs 8I21 and 13H11 提交 2021-12-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 B 1–278（278 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging	分辨率 3.10 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q71DN9_HCMV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278

Envelope protein UL128

Human betaherpesvirus 5

UniProt Q38LY2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–171	未记录	Envelope glycoprotein H × 1 （F5H9T3） Envelope glycoprotein L × 1 （Q71DN9） Envelope glycoprotein UL130 × 1 （Q38M07） Envelope protein UL131A × 1 （Q8AZ45） Fab 2C12 heavy chain × 1 Fab 2C12 light chain × 1 Fab 7I13 light chain × 1 Fab 7I13 heavy chain × 1 Fab 13H11 heavy chain × 1 Fab 13H11 light chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5s before plunging	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7T4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7T4R CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with THBD and neutralizing fabs MSL-109 and 13H11 提交 2021-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 D 1–171（171 aa）链 M 1–171（171 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5s before plunging	分辨率 3.30 Å
7T4S CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with NRP2 and neutralizing fabs 8I21 and 13H11 提交 2021-12-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 1–171（171 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging	分辨率 3.10 Å
8TEA HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab 提交 2023-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 28–171（144 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q38LY2_HCMV
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171

Envelope glycoprotein UL130

Human betaherpesvirus 5

UniProt Q38M07

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–214	未记录	Envelope glycoprotein H × 1 （F5H9T3） Envelope glycoprotein L × 1 （Q71DN9） Envelope protein UL128 × 1 （Q38LY2） Envelope protein UL131A × 1 （Q8AZ45） Fab 2C12 heavy chain × 1 Fab 2C12 light chain × 1 Fab 7I13 light chain × 1 Fab 7I13 heavy chain × 1 Fab 13H11 heavy chain × 1 Fab 13H11 light chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5s before plunging	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7T4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7T4R CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with THBD and neutralizing fabs MSL-109 and 13H11 提交 2021-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 E 1–214（214 aa）链 N 1–214（214 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5s before plunging	分辨率 3.30 Å
7T4S CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with NRP2 and neutralizing fabs 8I21 and 13H11 提交 2021-12-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 1–214（214 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging	分辨率 3.10 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q38M07_HCMV
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–214； UniProt 1–214

Envelope protein UL131A

Human betaherpesvirus 5

UniProt Q8AZ45

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–129	未记录	Envelope glycoprotein H × 1 （F5H9T3） Envelope glycoprotein L × 1 （Q71DN9） Envelope protein UL128 × 1 （Q38LY2） Envelope glycoprotein UL130 × 1 （Q38M07） Fab 2C12 heavy chain × 1 Fab 2C12 light chain × 1 Fab 7I13 light chain × 1 Fab 7I13 heavy chain × 1 Fab 13H11 heavy chain × 1 Fab 13H11 light chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5s before plunging	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7T4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7T4R CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with THBD and neutralizing fabs MSL-109 and 13H11 提交 2021-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 F 1–129（129 aa）链 O 1–129（129 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5s before plunging	分辨率 3.30 Å
7T4S CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with NRP2 and neutralizing fabs 8I21 and 13H11 提交 2021-12-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 E 1–129（129 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging	分辨率 3.10 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8AZ45_HCMV
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7t4q
沉积日期 deposition_date	2021-12-10
结构标题 title	CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with neutralizing fabs 2C12, 7I13 and 13H11
关键词 keywords	Human Cytomegalovirus, glycoprotein complex, antibody complex, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-Immune System complex; VIRAL PROTEIN/Immune System
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.30 Å
零角强度 I(0) i0	684477000.00
分子量 molecular_weight	219660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	275140 Å³
包络体积 envelope_volume	410380 Å³
水化壳体积 shell_volume	59035 Å³
包络直径 envelope_diameter	217.4 Å
壳层 Rg shell_rg	56.06 Å
包络 Rg envelope_rg	61.06 Å
形状 Rg shape_rg	62.25 Å
总 Rg total_rg	62.31 Å
总原子数 total_atoms	15473
残基数 n_residues	1946
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	200.0 Å
Rg (实空间) rg_real	62.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4130e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	682300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7643
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.524
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.567
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.704; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.757; Smooth: 0.064

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein H
分子量 formula_weight	87311.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15473

MRPGLPSYLIILAVCLFSHLLSSRYGAEAVSEPLDKAFHLLLNTYGRPIRFLRENTTQCTYNSSLRNSTVVRENAISFNFFQSYNQYYVFHMPRCLFAGPLAEQFLNQVDLTETLERYQQRLNTYALVSKDLASYRSFSQQLKAQDSLGEQPTTVPPPIDLSIPHVWMPPQTTPHGWTESHTTSGLHRPHFNQTCILFDGHDLLFSTVTPCLHQGFYLIDELRYVKITLTEDFFVVTVSIDDDTPMLLIFGHLPRVLFKAPYQRDNFILRQTEKHELLVLVKKDQLNRHSYLKDPDFLDAALDFNYLDLSALLRNSFHRYAVDVLKSGRCQMLDRRTVEMAFAYALALFAAARQEEAGAQVSVPRALDRQAALLQIQEFMITCLSQTPPRTTLLLYPTAVDLAKRALWTPNQITDITSLVRLVYILSKQNQQHLIPQWALRQIADFALKLHKTHLASFLSAFARQELYLMGSLVHSMLVHTTERREIFIVETGLCSLAELSHFTQLLAHPHHEYLSDLYTPCSSSGRRDHSLERLTRLFPDATVPATVPAALSILSTMQPSTLETFPDLFCLPLGESFSALTVSEHVSYIVTNQYLIKGISYPVSTTVVGQSLIITQTDSQTKCELTRNMHTTHSITVALNISLENCAFCQSALLEYDDTQGVINIMYMHDSDDVLFALDPYNEVVVSSPRTHYLMLLKNGTVLEVTDVVVDATDGTKLGPEQKLISEEDLNSAVDGSGLNDIFEAQKIEWHENLYFQGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human betaherpesvirus 5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein L
分子量 formula_weight	30846.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MCRRPDCGFSFSPGPVILLWCCLLLPIVSSAAVSVAPTAAEKVPAECPELTRRCLLGEVFEGDKYESWLRPLVNVTGRDGPLSQLIRYRPVTPEAANSVLLDEAFLDTLALLYNNPDQLRALLTLLSSDTAPRWMTVMRGYSECGDGSPAVYTCVDDLCRGYDLTRLSYGRSIFTEHVLGFELVPPSLFNVVVAIRNEATRTNRAVRLPVSTAAAPEGITLFYGLYNAVKEFCLRHQLDPPLLRHLDKYYAGLPPELKQTRVNLPAHSRYGPQAVDAR

来源 Source

来源生物 organism	Human betaherpesvirus 5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Envelope protein UL128
分子量 formula_weight	19746.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSPKNLTPFLTALWLLLGHSRVPRVRAEECCEFINVNHPPERCYDFKMCNRFTVALRCPDGEVCYSPEKTAEIRGIVTTMTHSLTRQVVHNKLTSCNYNPLYLEADGRIRCGKVNDKAQYLLGAAGSVPYRWINLEYDKITRIVGLDQYLESVKKHKRLDVCRAKMGYMLQ

来源 Source

来源生物 organism	Human betaherpesvirus 5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein UL130
分子量 formula_weight	28866.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLRLLLRHHFHCLLLCAVWATPCLASPWFTLTANQNPSPPWSKLTYPKPHDAATFYCPFLYPSPPRSPSQFSGFQRVSTGPECRNETLYLLYNREGQTLVERSSTWVKKVIWYLSGRNQTILQRMPRTASKPSDGNVQISVEDAKIFGAHMVPKQTKLLRFVVNDGTRYQMCVMKLESWAHVFRDYSVSFQVRLTFTEANNQTYTFCTHPNLIVGSENLYFQGSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Human betaherpesvirus 5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Envelope protein UL131A
分子量 formula_weight	15011.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MRLCRVWLSVCLCAVVLGQCQRETAEKNDYYRVPHYWDACSRALPDQTRYKYVEQLVDLTLNYHYDASHGLDNFDVLKRINVTEVSLLISDFRRQNRRGGTNKRTTFNAAGSLAPHARSLEFSVRLFAN

来源 Source

来源生物 organism	Human betaherpesvirus 5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Fab 2C12 heavy chain
分子量 formula_weight	27001.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYAQITLRESGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLNTNGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWNGNEGYSPSLKSRLTITKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCVHWPQGLTTVTRLAFDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Fab 2C12 light chain
分子量 formula_weight	25594.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYAQSALTQPRSVSGSPGQSVTISCTGTTSDVGRYNFVSWYQQHPGKAPKLLMYDVSQRPSGVPSRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEAVFYCCSYAGGNFFSYVFGTGTKVTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Fab 7I13 light chain
分子量 formula_weight	25844.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYAEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSDFLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYAASPPFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Fab 7I13 heavy chain
分子量 formula_weight	27046.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYAQVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSNYGMHWVRQGPGKGLEWVAVISYDASSKYYTDSVQGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRGEDTAVYYCAKALRYLDWFLSDPFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Fab 13H11 heavy chain
分子量 formula_weight	26600.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYAQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYYIHWVRQAPGQGLEWMGIIHPSSGGTSYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVSMDLSSLRSEDTAVYYCGRAFRILGLSDVFVNDWGQGTVVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Fab 13H11 light chain
分子量 formula_weight	25780.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYADIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGINNYLAWYQQKPGKVPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTAFTLTILSLQPEDVATYYCQKYNSAPFTFGPGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	4792984

fit	/app/data/saxs_computation/t4/7t4q/7t4q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t4/7t4q/7t4q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t4/7t4q/7t4q.dat

CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with neutralizing fabs 2C12, 7I13 and 13H11

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Envelope glycoprotein L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Envelope protein UL128

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Envelope glycoprotein UL130

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Envelope protein UL131A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 12 Entity 12 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)