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1HO8
CRYSTAL STRUCTURE OF THE REGULATORY SUBUNIT H OF THE V-TYPE ATPASE OF SACCHAROMYCES CEREVISIAE
提交 2000-12-10
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
1–478(478 aa)
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未记录
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SO4 SULFATE ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;Ammonium sulfate, Dithiothreitol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.95 Å
R-free 0.312
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3J9T
Yeast V-ATPase state 1
提交 2015-02-23
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 28
PDB 声明:28-meric
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链 P
1–478(478 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside;pH 7.4;50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing;77 K;冷冻剂 OTHER;Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
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分辨率 6.90 Å
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3J9U
Yeast V-ATPase state 2
提交 2015-02-23
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 28
PDB 声明:28-meric
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链 P
1–478(478 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside;pH 7.4;50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing;77 K;冷冻剂 OTHER;Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
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分辨率 7.60 Å
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3J9V
Yeast V-ATPase state 3
提交 2015-02-23
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 28
PDB 声明:28-meric
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链 P
1–478(478 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside;pH 7.4;50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing;77 K;冷冻剂 OTHER;Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
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分辨率 8.30 Å
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5BW9
Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form
提交 2015-06-06
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 14
PDB 声明:tetradecameric
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链 H
1–478(478 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROFLUIDIC;pH 7.5;291 K;9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
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分辨率 7.00 Å
R-free 0.309
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5BW9
Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form
提交 2015-06-06
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 14
PDB 声明:tetradecameric
|
链 h
1–478(478 aa)
|
未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROFLUIDIC;pH 7.5;291 K;9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
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分辨率 7.00 Å
R-free 0.309
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5D80
Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form
提交 2015-08-14
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配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 15
PDB 声明:pentadecameric
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链 H
1–478(478 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;291 K;8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
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分辨率 6.20 Å
R-free 0.302
|
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5D80
Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form
提交 2015-08-14
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配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 15
PDB 声明:pentadecameric
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链 h
1–478(478 aa)
|
未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;291 K;8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
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分辨率 6.20 Å
R-free 0.302
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5VOX
Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1)
提交 2017-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 33
PDB 声明:33-meric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.80 Å
|
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5VOY
Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2)
提交 2017-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 33
PDB 声明:33-meric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.90 Å
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5VOZ
Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3)
提交 2017-05-03
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 33
PDB 声明:33-meric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.60 Å
|
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6O7V
Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1
提交 2019-03-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:31-meric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.60 Å
|
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6O7W
Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2
提交 2019-03-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:31-meric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.00 Å
|
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6O7X
Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3
提交 2019-03-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:31-meric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 8.70 Å
|
|
7FDA
CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1
提交 2021-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:31-meric
|
链 P
1–359(359 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å
|
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7FDB
CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2
提交 2021-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:31-meric
|
链 P
1–359(359 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å
|
|
7FDC
CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3
提交 2021-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:31-meric
|
链 P
1–359(359 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å
|
|
7TMM
Complete V1 Complex from Saccharomyces cerevisiae
提交 2022-01-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 16
PDB 声明:hexadecameric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7TMO
V1 complex lacking subunit C from Saccharomyces cerevisiae, State 1
提交 2022-01-19
|
配体/离子不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 15
PDB 声明:pentadecameric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 2
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7TMP
V1 complex lacking subunit C from Saccharomyces cerevisiae, State 2
提交 2022-01-19
|
当前字段一致
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 15
PDB 声明:pentadecameric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7TMR
V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1
提交 2022-01-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:31-meric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7TMS
V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2
提交 2022-01-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:31-meric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
7TMT
V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3
提交 2022-01-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:31-meric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
9COP
Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex
提交 2024-07-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 14
PDB 声明:14-meric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 2
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
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9MOY
Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p
提交 2024-12-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:32-meric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Leica EM GP2
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分辨率 3.60 Å
|
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9ODU
Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2
提交 2025-04-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:32-meric
|
链 P
1–478(478 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|