7tzc

A drug and ATP binding site in type 1 ryanodine receptor

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A × 4 （P62943） Ryanodine receptor 1 × 4 （P11716） CALCIUM ION × 20 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 ZINC ION × 4 CAFFEINE × 4 4-[(7-methoxy-2,3-dihydro-1,4-benzothiazepin-4(5H)-yl)methyl]benzoic acid × 4 (2S)-3-(octadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–150； UniProt 1–149 作者链 D； PDB构建体 2–150； UniProt 1–149 作者链 E； PDB构建体 2–150； UniProt 1–149 作者链 K； PDB构建体 2–150； UniProt 1–149

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

物种未注明

UniProt P62943

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Calmodulin-1 × 4 （P0DP23） Ryanodine receptor 1 × 4 （P11716） CALCIUM ION × 20 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 ZINC ION × 4 CAFFEINE × 4 4-[(7-methoxy-2,3-dihydro-1,4-benzothiazepin-4(5H)-yl)methyl]benzoic acid × 4 (2S)-3-(octadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FKB1A_RABIT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–107； UniProt 2–108 作者链 H； PDB构建体 1–107； UniProt 2–108 作者链 J； PDB构建体 1–107； UniProt 2–108 作者链 O； PDB构建体 1–107； UniProt 2–108

Ryanodine receptor 1

物种未注明

UniProt P11716

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Calmodulin-1 × 4 （P0DP23） Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A × 4 （P62943） CALCIUM ION × 20 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 ZINC ION × 4 CAFFEINE × 4 4-[(7-methoxy-2,3-dihydro-1,4-benzothiazepin-4(5H)-yl)methyl]benzoic acid × 4 (2S)-3-(octadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RYR1_RABIT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–5037； UniProt 1–5037 作者链 B； PDB构建体 1–5037； UniProt 1–5037 作者链 G； PDB构建体 1–5037； UniProt 1–5037 作者链 I； PDB构建体 1–5037； UniProt 1–5037

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7tzc
沉积日期 deposition_date	2022-02-15
结构标题 title	A drug and ATP binding site in type 1 ryanodine receptor
关键词 keywords	ryanodine receptor, calcium, ion channel, MEMBRANE PROTEIN-ISOMERASE complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7tzc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7tzc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7tzc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	103.90 Å
总 Rg	103.70 Å
原子数	149220
残基数	18640
排除体积	2659300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7tzc__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Calmodulin-1
分子量 formula_weight	16990.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,D,E,C
原子数 atom_count	149472

HMADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
分子量 formula_weight	11836.5 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H,J,O

GVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKFDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ryanodine receptor 1
分子量 formula_weight	565908.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,I

MGDGGEGEDEVQFLRTDDEVVLQCSATVLKEQLKLCLAAEGFGNRLCFLEPTSNAQNVPPDLAICCFTLEQSLSVRALQEMLANTVEAGVESSQGGGHRTLLYGHAILLRHAHSRMYLSCLTTSRSMTDKLAFDVGLQEDATGEACWWTMHPASKQRSEGEKVRVGDDLILVSVSSERYLHLSTASGELQVDASFMQTLWNMNPICSCCEEGYVTGGHVLRLFHGHMDECLTISAADSDDQRRLVYYEGGAVCTHARSLWRLEPLRISWSGSHLRWGQPLRIRHVTTGRYLALTEDQGLVVVDACKAHTKATSFCFRVSKEKLDTAPKRDVEGMGPPEIKYGESLCFVQHVASGLWLTYAAPDPKALRLGVLKKKAILHQEGHMDDALFLTRCQQEESQAARMIHSTAGLYNQFIKGLDSFSGKPRGSGPPAGPALPIEAVILSLQDLIGYFEPPSEELQHEEKQSKLRSLRNRQSLFQEEGMLSLVLNCIDRLNVYTTAAHFAEYAGEEAAESWKEIVNLLYELLASLIRGNRANCALFSTNLDWVVSKLDRLEASSGILEVLYCVLIESPEVLNIIQENHIKSIISLLDKHGRNHKVLDVLCSLCVCNGVAVRSNQDLITENLLPGRELLLQTNLINYVTSIRPNIFVGRAEGSTQYGKWYFEVMVDEVVPFLTAQATHLRVGWALTEGYSPYPGGGEGWGGNGVGDDLYSYGFDGLHLWTGHVARPVTSPGQHLLAPEDVVSCCLDLSVPSISFRINGCPVQGVFEAFNLDGLFFPVVSFSAGVKVRFLLGGRHGEFKFLPPPGYAPCHEAVLPRERLRLEPIKEYRREGPRGPHLVGPSRCLSHTDFVPCPVDTVQIVLPPHLERIREKLAENIHELWALTRIEQGWTYGPVRDDNKRLHPCLVNFHSLPEPERNYNLQMSGETLKTLLALGCHVGMADEKAEDNLKKTKLPKTYMMSNGYKPAPLDLSHVRLTPAQTTLVDRLAENGHNVWARDRVAQGWSYSAVQDIPARRNPRLVPYRLLDEATKRSNRDSLCQAVRTLLGYGYNIEPPDQEPSQVENQSRWDRVRIFRAEKSYTVQSGRWYFEFEAVTTGEMRVGWARPELRPDVELGADELAYVFNGHRGQRWHLGSEPFGRPWQSGDVVGCMIDLTENTIIFTLNGEVLMSDSGSETAFREIEIGDGFLPVCSLGPGQVGHLNLGQDVSSLRFFAICGLQEGFEPFAINMQRPVTTWFSKSLPQFEPVPPEHPHYEVARMDGTVDTPPCLRLAHRTWGSQNSLVEMLFLRLSLPVQFHQHFRCTAGATPLAPPGLQPPAEDEARAAEPDPDYENLRRSAGGWGEAEGGKEGTAKEGTPGGTPQPGVEAQPVRAENEKDATTEKNKKRGFLFKAKKAAMMTQPPATPALPRLPHDVVPADNRDDPEIILNTTTYYYSVRVFAGQEPSCVWVGWVTPDYHQHDMNFDLSKVRAVTVTMGDEQGNVHSSLKCSNCYMVWGGDFVSPGQQGRISHTDLVIGCLVDLATGLMTFTANGKESNTFFQVEPNTKLFPAVFVLPTHQNVIQFELGKQKNIMPLSAAMFLSERKNPAPQCPPRLEVQMLMPVSWSRMPNHFLQVETRRAGERLGWAVQCQDPLTMMALHIPEENRCMDILELSERLDLQRFHSHTLRLYRAVCALGNNRVAHALCSHVDQAQLLHALEDAHLPGPLRAGYYDLLISIHLESACRSRRSMLSEYIVPLTPETRAITLFPPGRKGGNARRHGLPGVGVTTSLRPPHHFSPPCFVAALPAAGVAEAPARLSPAIPLEALRDKALRMLGEAVRDGGQHARDPVGGSVEFQFVPVLKLVSTLLVMGIFGDEDVKQILKMIEPEVFTEEEEEEEEEEEEEEEEEEDEEEKEEDEEEEEKEDAEKEEEEAPEGEKEDLEEGLLQMKLPESVKLQMCNLLEYFCDQELQHRVESLAAFAERYVDKLQANQRSRYALLMRAFTMSAAETARRTREFRSPPQEQINMLLHFKDEADEEDCPLPEDIRQDLQDFHQDLLAHCGIQLEGEEEEPEEETSLSSRLRSLLETVRLVKKKEEKPEEELPAEEKKPQSLQELVSHMVVRWAQEDYVQSPELVRAMFSLLHRQYDGLGELLRALPRAYTISPSSVEDTMSLLECLGQIRSLLIVQMGPQEENLMIQSIGNIMNNKVFYQHPNLMRALGMHETVMEVMVNVLGGGETKEIRFPKMVTSCCRFLCYFCRISRQNQRSMFDHLSYLLENSGIGLGMQGSTPLDVAAASVIDNNELALALQEQDLEKVVSYLAGCGLQSCPMLLAKGYPDIGWNPCGGERYLDFLRFAVFVNGESVEENANVVVRLLIRKPECFGPALRGEGGSGLLAAIEEAIRISEDPARDGPGVRRDRRREHFGEEPPEENRVHLGHAIMSFYAALIDLLGRCAPEMHLIQAGKGEALRIRAILRSLVPLDDLVGIISLPLQIPTLGKDGALVQPKMSASFVPDHKASMVLFLDRVYGIENQDFLLHVLDVGFLPDMRAAASLDTATFSTTEMALALNRYLCLAVLPLITKCAPLFAGTEHRAIMVDSMLHTVYRLSRGRSLTKAQRDVIEDCLMALCRYIRPSMLQHLLRRLVFDVPILNEFAKMPLKLLTNHYERCWKYYCLPTGWANFGVTSEEELHLTRKLFWGIFDSLAHKKYDQELYRMAMPCLCAIAGALPPDYVDASYSSKAEKKATVDAEGNFDPRPVETLNVIIPEKLDSFINKFAEYTHEKWAFDKIQNNWSYGENVDEELKTHPMLRPYKTFSEKDKEIYRWPIKESLKAMIAWEWTIEKAREGEEERTEKKKTRKISQTAQTYDPREGYNPQPPDLSGVTLSRELQAMAEQLAENYHNTWGRKKKQELEAKGGGTHPLLVPYDTLTAKEKARDREKAQELLKFLQMNGYAVTRGLKDMELDTSSIEKRFAFGFLQQLLRWMDISQEFIAHLEAVVSSGRVEKSPHEQEIKFFAKILLPLINQYFTNHCLYFLSTPAKVLGSGGHASNKEKEMITSLFCKLAALVRHRVSLFGTDAPAVVNCLHILARSLDARTVMKSGPEIVKAGLRSFFESASEDIEKMVENLRLGKVSQARTQVKGVGQNLTYTTVALLPVLTTLFQHIAQHQFGDDVILDDVQVSCYRTLCSIYSLGTTKNTYVEKLRPALGECLARLAAAMPVAFLEPQLNEYNACSVYTTKSPRERAILGLPNSVEEMCPDIPVLDRLMADIGGLAESGARYTEMPHVIEITLPMLCSYLPRWWERGPEAPPPALPAGAPPPCTAVTSDHLNSLLGNILRIIVNNLGIDEATWMKRLAVFAQPIVSRARPELLHSHFIPTIGRLRKRAGKVVAEEEQLRLEAKAEAEEGELLVRDEFSVLCRDLYALYPLLIRYVDNNRAHWLTEPNANAEELFRMVGEIFIYWSKSHNFKREEQNFVVQNEINNMSFLTADSKSKMAKAGDAQSGGSDQERTKKKRRGDRYSVQTSLIVATLKKMLPIGLNMCAPTDQDLIMLAKTRYALKDTDEEVREFLQNNLHLQGKVEGSPSLRWQMALYRGLPGREEDADDPEKIVRRVQEVSAVLYHLEQTEHPYKSKKAVWHKLLSKQRRRAVVACFRMTPLYNLPTHRACNMFLESYKAAWILTEDHSFEDRMIDDLSKAGEQEEEEEEVEEKKPDPLHQLVLHFSRTALTEKSKLDEDYLYMAYADIMAKSCHLEEGGENGEAEEEEVEVSFEEKEMEKQRLLYQQSRLHTRGAAEMVLQMISACKGETGAMVSSTLKLGISILNGGNAEVQQKMLDYLKDKKEVGFFQSIQALMQTCSVLDLNAFERQNKAEGLGMVNEDGTVINRQNGEKVMADDEFTQDLFRFLQLLCEGHNNDFQNYLRTQTGNTTTINIIICTVDYLLRLQESISDFYWYYSGKDVIEEQGKRNFSKAMSVAKQVFNSLTEYIQGPCTGNQQSLAHSRLWDAVVGFLHVFAHMMMKLAQDSSQIELLKELLDLQKDMVVMLLSLLEGNVVNGMIARQMVDMLVESSSNVEMILKFFDMFLKLKDIVGSEAFQDYVTDPRGLISKKDFQKAMDSQKQFTGPEIQFLLSCSEADENEMINFEEFANRFQEPARDIGFNVAVLLTNLSEHVPHDPRLRNFLELAESILEYFRPYLGRIEIMGASRRIERIYFEISETNRAQWEMPQVKESKRQFIFDVVNEGGEAEKMELFVSFCEDTIFEMQIAAQISEPEGEPEADEDEGMGEAAAEGAEEGAAGAEGAAGTVAAGATARLAAAAARALRGLSYRSLRRRVRRLRRLTAREAATALAALLWAVVARAGAAGAGAAAGALRLLWGSLFGGGLVEGAKKVTVTELLAGMPDPTSDEVHGEQPAGPGGDADGAGEGEGEGDAAEGDGDEEVAGHEAGPGGAEGVVAVADGGPFRPEGAGGLGDMGDTTPAEPPTPEGSPILKRKLGVDGEEEELVPEPEPEPEPEPEKADEENGEKEEVPEAPPEPPKKAPPSPPAKKEEAGGAGMEFWGELEVQRVKFLNYLSRNFYTLRFLALFLAFAINFILLFYKVSDSPPGEDDMEGSAAGDLAGAGSGGGSGWGSGAGEEAEGDEDENMVYYFLEESTGYMEPALWCLSLLHTLVAFLCIIGYNCLKVPLVIFKREKELARKLEFDGLYITEQPGDDDVKGQWDRLVLNTPSFPSNYWDKFVKRKVLDKHGDIFGRERIAELLGMDLASLEITAHNERKPDPPPGLLTWLMSIDVKYQIWKFGVIFTDNSFLYLGWYMVMSLLGHYNNFFFAAHLLDIAMGVKTLRTILSSVTHNGKQLVMTVGLLAVVVYLYTVVAFNFFRKFYNKSEDEDEPDMKCDDMMTCYLFHMYVGVRAGGGIGDEIEDPAGDEYELYRVVFDITFFFFVIVILLAIIQGLIIDAFGELRDQQEQVKEDMETKCFICGIGSDYFDTTPHGFETHTLEEHNLANYMFFLMYLINKDETEHTGQESYVWKMYQERCWDFFPAGDCFRKQYEDQLS

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CAFFEINE
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	4-[(7-methoxy-2,3-dihydro-1,4-benzothiazepin-4(5H)-yl)methyl]benzoic acid
分子量 formula_weight	329.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(octadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	788.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.45 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	153840

A drug and ATP binding site in type 1 ryanodine receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ryanodine receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7tzc__assembly_1__model_1

7tzc__assembly_1__model_1 | I(q)

7tzc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

A drug and ATP binding site in type 1 ryanodine receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ryanodine receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7tzc__assembly_1__model_1

7tzc__assembly_1__model_1 | I(q)

7tzc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)