7upi

Cryo-EM structure of SHOC2-PP1c-MRAS holophosphatase complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 96.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein M-Ras

Homo sapiens

UniProt O14807

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–182 突变:Q71L Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) Leucine-rich repeat protein SHOC-2 × 1 (Q9UQ13) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Fluorinated octyl maltoside added immediately prior to vitrification cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RASM_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–183; UniProt 1–182

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt P62136

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–330 未记录 Ras-related protein M-Ras × 1 (O14807) Leucine-rich repeat protein SHOC-2 × 1 (Q9UQ13) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Fluorinated octyl maltoside added immediately prior to vitrification cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 45 个其他 PDB 条目、88 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–331; UniProt 1–330

Leucine-rich repeat protein SHOC-2

Homo sapiens

UniProt Q9UQ13

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–582 未记录 Ras-related protein M-Ras × 1 (O14807) Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Fluorinated octyl maltoside added immediately prior to vitrification cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SHOC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–583; UniProt 1–582

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7upi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7upi
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7upi
沉积日期 deposition_date2022-04-15
结构标题 titleCryo-EM structure of SHOC2-PP1c-MRAS holophosphatase complex
关键词 keywordsshoc2, leucine-rich repeat, MRAs, protein phosphatase, RAS signaling, MAPK, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.68
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.76
零角强度 I(0) i0189375000.00
分子量 molecular_weight110810.0 kDa
排除体积 excluded_volume139490 ų
包络体积 envelope_volume174370 ų
水化壳体积 shell_volume46988 ų
包络直径 envelope_diameter96.3
壳层 Rg shell_rg38.43
包络 Rg envelope_rg29.66
形状 Rg shape_rg29.75
总 Rg total_rg30.55
总原子数 total_atoms7775
残基数 n_residues972
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.2
Rg (实空间) rg_real30.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51
I(0) (实空间) i0_real1.8940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal189400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8932
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.7
偏度 Skewness skewness0.141
峰度 Kurtosis kurtosis-0.434
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha71800000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.939

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7upiA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id7upiB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)