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7urn

Structure of HIV-1 capsid declination

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 145.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 capsid protein

Human immunodeficiency virus 1

UniProt P12493

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 133–363 链 L； UniProt 133–363 链 M； UniProt 133–363 链 N； UniProt 133–363 链 O； UniProt 133–363 链 P； UniProt 133–363 链 Q； UniProt 133–363 未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 10 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing 分辨率 3.43 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7URN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GWP STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF THE MATURE HIV-1 CAPSID PROTEIN 提交 2002-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 132–282（151 aa） 片段：AMINO-TERMINAL CORE DOMAIN RESIDUES 132 - 282
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
分辨率未提供
1HIW TRIMERIC HIV-1 MATRIX PROTEIN 提交 1996-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–131（131 aa） 片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET
链 B 1–131（131 aa） 片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET
链 C 1–131（131 aa） 片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.332
1HIW TRIMERIC HIV-1 MATRIX PROTEIN 提交 1996-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Q 1–131（131 aa） 片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET
链 R 1–131（131 aa） 片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET
链 S 1–131（131 aa） 片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.332
1UPH HIV-1 Myristoylated Matrix 提交 2003-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–131（131 aa） 片段：RESIDUES 1-131
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100MM NACL；压力 1
分辨率未提供
2C55 Solution Structure of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 p6 Protein 提交 2005-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 448–499（52 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3；300 K；压力 1.0
NMR样品组成 50% WATER/50% TFE-D2
分辨率未提供
2X2D acetyl-CypA:HIV-1 N-term capsid domain complex 提交 2010-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 133–278（146 aa） 片段：RESIDUES 133-278
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å R-free 0.257
2X2D acetyl-CypA:HIV-1 N-term capsid domain complex 提交 2010-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 133–278（146 aa） 片段：RESIDUES 133-278
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å R-free 0.257
3GV2 X-ray Structure of Hexameric HIV-1 CA 提交 2009-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–351（219 aa） 片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK
链 B 133–351（219 aa） 片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK
链 C 133–351（219 aa） 片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK
链 D 133–351（219 aa） 片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK
链 E 133–351（219 aa） 片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK
链 F 133–351（219 aa） 片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK
突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M imidazole, pH 6.5, 600 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 7.00 Å R-free 0.323
4U0A Hexameric HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P6 crystal form 提交 2014-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：A14C,E45C,W184A,M185A CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.6M sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1M TRIS
分辨率 2.05 Å R-free 0.253
4U0B Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；20% v/v PEG 300, 10% v/v glycerol, 5% w/v PEG 8K, 0.1 M TRIS
分辨率 2.80 Å R-free 0.262
4U0B Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；20% v/v PEG 300, 10% v/v glycerol, 5% w/v PEG 8K, 0.1 M TRIS
分辨率 2.80 Å R-free 0.262
4U0C Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P6 crystal form 提交 2014-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：yes 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；290 K；30% v/v PEG 400, 0.1 M CHES
分辨率 1.77 Å R-free 0.211
4U0D Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Nonameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；10% w/v PEG 8K, 0.1M imidazole
分辨率 3.00 Å R-free 0.267
4U0D Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Nonameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；10% w/v PEG 8K, 0.1M imidazole
分辨率 3.00 Å R-free 0.267
4U0E Hexameric HIV-1 CA in complex with PF3450074 提交 2014-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：yes CL CHLORIDE ION × 6 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.2 M magnesium chloride, 8% w/v PEG 20K, 8% v/v PEG 550 MME, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% w/v 1,5-diaminopentane dihydrochloride
分辨率 2.04 Å R-free 0.239
4U0F Hexameric HIV-1 CA in Complex with BI-2 提交 2014-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：yes EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 3A8 (4S)-4-(4-hydroxyphenyl)-3-phenyl-4,5-dihydropyrrolo[3,4-c]pyrazol-6(1H)-one × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；12% w/v PEG 4K, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% v/v ethylene glycol
分辨率 2.22 Å R-free 0.270
4XFX Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein 提交 2014-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MMT
分辨率 2.43 Å R-free 0.249
4XFY Structure of the native full-length dehydrated HIV-1 capsid protein 提交 2014-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 12 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate
分辨率 2.80 Å R-free 0.250
4XFZ Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with PF-3450074 (PF74) 提交 2014-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 12 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate
分辨率 2.70 Å R-free 0.241
4XRO Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 4mut (S41A, Q67H, V165I, L172I) 提交 2015-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：A14C,S41A,E45C,Q67H,V165I,L172I,W184A,M185A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1 M NaCl, 12% w/v PEG 4K, 0.1 M TRIS pH 8.5, 4% v/v formamide
分辨率 2.01 Å R-free 0.226
4XRQ Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 4mut (S41A, Q67H, V165I, L172I) in complex with PF-3450074 提交 2015-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：A14C,S41A,E45C,Q67H,V165I,L172I,W184A,M185A 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.2 M potassium thiocyanate, 8% w/v PEG 20K, 8% v/v PEG 550 MME, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% 1,4-dioxane
分辨率 1.95 Å R-free 0.221
5HGL Hexameric HIV-1 CA, open conformation 提交 2016-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)
分辨率 3.10 Å R-free 0.282
5HGM Hexameric HIV-1 CA in complex with dATP 提交 2016-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：C14A, C45E, A184W, A185M DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5), 10mM dATP
分辨率 2.04 Å R-free 0.263
5HGN Hexameric HIV-1 CA, apo form 提交 2016-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：C14A, C45E, A184W, A185M 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)
分辨率 1.90 Å R-free 0.223
5HGO Hexameric HIV-1 CA R18G mutant 提交 2016-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：C14A, C45E, A184W, A185M, R18G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)
分辨率 2.00 Å R-free 0.221
5HGP Hexameric HIV-1 CA in complex with hexacarboxybenzene 提交 2016-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：C14A, C45E, A184W, A185M BHC BENZENE HEXACARBOXYLIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5), Mellitic acid (1mM). Mellitic acid stock was adjusted to pH 8.0 with TRIS prior to setting up trays.
分辨率 1.95 Å R-free 0.221
5IRT Dimerization interface of the noncrystalline HIV-1 capsid protein lattice from solid state NMR spectroscopy of tubular assemblies 提交 2016-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLID-STATE NMR
NMR测量条件 pH 8；278 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1
NMR样品组成 15 mM U-15N,13C-Met and U-15N Capsid protein, water | water
NMR样品组成 15 mM 2-13C-glycerol and U-15N Capsid protein, water | water
NMR样品组成 15 mM 2-13C-glycerol, U-15N, unlabeled Tyr and Phe Capsid protein, water | water
NMR样品组成 7.5 mM Methyl-13C-Met Capsid protein-1, 7.5 mM 15N-indole Capsid protein-2, water | water
NMR样品组成 15 mM Methyl-13C-Met, 2-13C-indole, U-15N Capsid protein, water | water
分辨率未提供
5JPA Hexameric HIV-1 CA H12Y mutant 提交 2016-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：H12Y, A14C, E45C, W184A, M185A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；PEG 550MME (12% w/v), KSCN (0.15M), 0.1M TRIS
分辨率 1.70 Å R-free 0.232
5L93 An atomic model of HIV-1 CA-SP1 reveals structures regulating assembly and maturation 提交 2016-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 148–371（224 aa）
链 B 148–371（224 aa）
链 C 148–371（224 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；Virus-like particles were assembled in the presence of nucleic acid (73mer oligonucleotide, 1:10 molar ratio oligonucleotide:protein).
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；10nM colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing.
分辨率 3.90 Å
5O2U Llama VHH in complex with p24 提交 2017-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–500（500 aa）
链 C 1–500（500 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Tris base pH 8.0, Polyethylene glycol (PEG) 6000 25% Ethylene Glycol
分辨率 2.76 Å R-free 0.256
5TSV HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - R3 crystal form 提交 2016-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
未记录 FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 8.2 12% PEG 8000 2% Tacsimate
分辨率 2.50 Å R-free 0.251
5TSX HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - P1 crystal form 提交 2016-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
未记录 FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 9 12% PEG 8000
分辨率 1.90 Å R-free 0.228
5TSX HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - P1 crystal form 提交 2016-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
未记录 FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 9 12% PEG 8000
分辨率 1.90 Å R-free 0.228
5UPW CryoEM Structure Refinement by Integrating NMR Chemical Shifts with Molecular Dynamics Simulations 提交 2017-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–353（221 aa） 片段：UNP residues 133-353
链 B 133–353（221 aa） 片段：UNP residues 133-353
链 C 133–353（221 aa） 片段：UNP residues 133-353
链 D 133–353（221 aa） 片段：UNP residues 133-353
链 E 133–353（221 aa） 片段：UNP residues 133-353
链 F 133–353（221 aa） 片段：UNP residues 133-353
突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The assembled sample (1.5 microliter) was applied to the carbon side of a glow discharged perforated Quantifoil grid, followed by application of 3 microliter of low salt buffer (100 milimolar NaCl, 50 milimolar Tris pH 8.0) on the back side of the grid, and blotting, from the back side, with a filter paper, before plunge-freezing in liquid ethane
分辨率 5.00 Å
6AYA Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Nup153 peptide 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.274
6BHS HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, hexagonal crystal form 提交 2017-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
突变：A146C, E177C, W316A, M317A IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；10% PEG 8,000, 2% Tacsimate, 0.1 M Tris
分辨率 1.98 Å R-free 0.284
6BHT HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, orthorhombic crystal form 提交 2017-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290 K；8% PEG 8000, 0.1M Tris
分辨率 2.69 Å R-free 0.255
6BHT HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, orthorhombic crystal form 提交 2017-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290 K；8% PEG 8000, 0.1M Tris
分辨率 2.69 Å R-free 0.255
6H09 HIV capsid hexamer with IP6 ligand 提交 2018-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–351（219 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；PEG 4K
分辨率 2.00 Å R-free 0.266
6WAP Atomic-Resolution Structure of HIV-1 Capsid Tubes by Magic Angle Spinning NMR 提交 2020-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLID-STATE NMR
NMR测量条件 pH 6；277 K；离子强度（mmCIF原始值）2.4；压力 1
NMR样品组成 100 % [U-13C; U-15N] HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 100 % [1,6-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 100 % [2-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 100 % 13C,15N-His HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 100 % 13C,15N-Tyr HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Ile HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Val HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 86 % HIV-1 capsid protein, 14 % U-13C,15N-CA HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 50 % [U-13C] HIV-1 capsid protein, 50 % [U-15N] HIV-1 capsid protein, solid | solid
分辨率未提供
6X63 Atomic-Resolution Structure of HIV-1 Capsid Tubes by Magic Angle Spinning NMR 提交 2020-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 378 PDB 声明：378-meric
链 0 133–363（231 aa）
链 0A 133–363（231 aa）
链 0B 133–363（231 aa）
链 0C 133–363（231 aa）
链 0D 133–363（231 aa）
链 0E 133–363（231 aa）
链 1 133–363（231 aa）
链 1A 133–363（231 aa）
链 1B 133–363（231 aa）
链 1C 133–363（231 aa）
链 1D 133–363（231 aa）
链 1E 133–363（231 aa）
链 2 133–363（231 aa）
链 2A 133–363（231 aa）
链 2B 133–363（231 aa）
链 2C 133–363（231 aa）
链 2D 133–363（231 aa）
链 2E 133–363（231 aa）
链 3 133–363（231 aa）
链 3A 133–363（231 aa）
链 3B 133–363（231 aa）
链 3C 133–363（231 aa）
链 3D 133–363（231 aa）
链 3E 133–363（231 aa）
链 4 133–363（231 aa）
链 4A 133–363（231 aa）
链 4B 133–363（231 aa）
链 4C 133–363（231 aa）
链 4D 133–363（231 aa）
链 4E 133–363（231 aa）
链 5 133–363（231 aa）
链 5A 133–363（231 aa）
链 5B 133–363（231 aa）
链 5C 133–363（231 aa）
链 5D 133–363（231 aa）
链 5E 133–363（231 aa）
链 6 133–363（231 aa）
链 6A 133–363（231 aa）
链 6B 133–363（231 aa）
链 6C 133–363（231 aa）
链 6D 133–363（231 aa）
链 6E 133–363（231 aa）
链 7 133–363（231 aa）
链 7A 133–363（231 aa）
链 7B 133–363（231 aa）
链 7C 133–363（231 aa）
链 7D 133–363（231 aa）
链 7E 133–363（231 aa）
链 8 133–363（231 aa）
链 8A 133–363（231 aa）
链 8B 133–363（231 aa）
链 8C 133–363（231 aa）
链 8D 133–363（231 aa）
链 8E 133–363（231 aa）
链 9 133–363（231 aa）
链 9A 133–363（231 aa）
链 9B 133–363（231 aa）
链 9C 133–363（231 aa）
链 9D 133–363（231 aa）
链 9E 133–363（231 aa）
链 A 133–363（231 aa）
链 AA 133–363（231 aa）
链 AB 133–363（231 aa）
链 AC 133–363（231 aa）
链 AD 133–363（231 aa）
链 AE 133–363（231 aa）
链 AF 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 BA 133–363（231 aa）
链 BB 133–363（231 aa）
链 BC 133–363（231 aa）
链 BD 133–363（231 aa）
链 BE 133–363（231 aa）
链 BF 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 CA 133–363（231 aa）
链 CB 133–363（231 aa）
链 CC 133–363（231 aa）
链 CD 133–363（231 aa）
链 CE 133–363（231 aa）
链 CF 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 DA 133–363（231 aa）
链 DB 133–363（231 aa）
链 DC 133–363（231 aa）
链 DD 133–363（231 aa）
链 DE 133–363（231 aa）
链 DF 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 EA 133–363（231 aa）
链 EB 133–363（231 aa）
链 EC 133–363（231 aa）
链 ED 133–363（231 aa）
链 EE 133–363（231 aa）
链 EF 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
链 FA 133–363（231 aa）
链 FB 133–363（231 aa）
链 FC 133–363（231 aa）
链 FD 133–363（231 aa）
链 FE 133–363（231 aa）
链 FF 133–363（231 aa）
链 G 133–363（231 aa）
链 GA 133–363（231 aa）
链 GB 133–363（231 aa）
链 GC 133–363（231 aa）
链 GD 133–363（231 aa）
链 GE 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 HA 133–363（231 aa）
链 HB 133–363（231 aa）
链 HC 133–363（231 aa）
链 HD 133–363（231 aa）
链 HE 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 IA 133–363（231 aa）
链 IB 133–363（231 aa）
链 IC 133–363（231 aa）
链 ID 133–363（231 aa）
链 IE 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 JA 133–363（231 aa）
链 JB 133–363（231 aa）
链 JC 133–363（231 aa）
链 JD 133–363（231 aa）
链 JE 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 KA 133–363（231 aa）
链 KB 133–363（231 aa）
链 KC 133–363（231 aa）
链 KD 133–363（231 aa）
链 KE 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
链 LA 133–363（231 aa）
链 LB 133–363（231 aa）
链 LC 133–363（231 aa）
链 LD 133–363（231 aa）
链 LE 133–363（231 aa）
链 M 133–363（231 aa）
链 MA 133–363（231 aa）
链 MB 133–363（231 aa）
链 MC 133–363（231 aa）
链 MD 133–363（231 aa）
链 ME 133–363（231 aa）
链 N 133–363（231 aa）
链 NA 133–363（231 aa）
链 NB 133–363（231 aa）
链 NC 133–363（231 aa）
链 ND 133–363（231 aa）
链 NE 133–363（231 aa）
链 O 133–363（231 aa）
链 OA 133–363（231 aa）
链 OB 133–363（231 aa）
链 OC 133–363（231 aa）
链 OD 133–363（231 aa）
链 OE 133–363（231 aa）
链 P 133–363（231 aa）
链 PA 133–363（231 aa）
链 PB 133–363（231 aa）
链 PC 133–363（231 aa）
链 PD 133–363（231 aa）
链 PE 133–363（231 aa）
链 Q 133–363（231 aa）
链 QA 133–363（231 aa）
链 QB 133–363（231 aa）
链 QC 133–363（231 aa）
链 QD 133–363（231 aa）
链 QE 133–363（231 aa）
链 R 133–363（231 aa）
链 RA 133–363（231 aa）
链 RB 133–363（231 aa）
链 RC 133–363（231 aa）
链 RD 133–363（231 aa）
链 RE 133–363（231 aa）
链 S 133–363（231 aa）
链 SA 133–363（231 aa）
链 SB 133–363（231 aa）
链 SC 133–363（231 aa）
链 SD 133–363（231 aa）
链 SE 133–363（231 aa）
链 T 133–363（231 aa）
链 TA 133–363（231 aa）
链 TB 133–363（231 aa）
链 TC 133–363（231 aa）
链 TD 133–363（231 aa）
链 TE 133–363（231 aa）
链 U 133–363（231 aa）
链 UA 133–363（231 aa）
链 UB 133–363（231 aa）
链 UC 133–363（231 aa）
链 UD 133–363（231 aa）
链 UE 133–363（231 aa）
链 V 133–363（231 aa）
链 VA 133–363（231 aa）
链 VB 133–363（231 aa）
链 VC 133–363（231 aa）
链 VD 133–363（231 aa）
链 VE 133–363（231 aa）
链 W 133–363（231 aa）
链 WA 133–363（231 aa）
链 WB 133–363（231 aa）
链 WC 133–363（231 aa）
链 WD 133–363（231 aa）
链 WE 133–363（231 aa）
链 X 133–363（231 aa）
链 XA 133–363（231 aa）
链 XB 133–363（231 aa）
链 XC 133–363（231 aa）
链 XD 133–363（231 aa）
链 XE 133–363（231 aa）
链 Y 133–363（231 aa）
链 YA 133–363（231 aa）
链 YB 133–363（231 aa）
链 YC 133–363（231 aa）
链 YD 133–363（231 aa）
链 YE 133–363（231 aa）
链 Z 133–363（231 aa）
链 ZA 133–363（231 aa）
链 ZB 133–363（231 aa）
链 ZC 133–363（231 aa）
链 ZD 133–363（231 aa）
链 ZE 133–363（231 aa）
链 a 133–363（231 aa）
链 aA 133–363（231 aa）
链 aB 133–363（231 aa）
链 aC 133–363（231 aa）
链 aD 133–363（231 aa）
链 aE 133–363（231 aa）
链 b 133–363（231 aa）
链 bA 133–363（231 aa）
链 bB 133–363（231 aa）
链 bC 133–363（231 aa）
链 bD 133–363（231 aa）
链 bE 133–363（231 aa）
链 c 133–363（231 aa）
链 cA 133–363（231 aa）
链 cB 133–363（231 aa）
链 cC 133–363（231 aa）
链 cD 133–363（231 aa）
链 cE 133–363（231 aa）
链 d 133–363（231 aa）
链 dA 133–363（231 aa）
链 dB 133–363（231 aa）
链 dC 133–363（231 aa）
链 dD 133–363（231 aa）
链 dE 133–363（231 aa）
链 e 133–363（231 aa）
链 eA 133–363（231 aa）
链 eB 133–363（231 aa）
链 eC 133–363（231 aa）
链 eD 133–363（231 aa）
链 eE 133–363（231 aa）
链 f 133–363（231 aa）
链 fA 133–363（231 aa）
链 fB 133–363（231 aa）
链 fC 133–363（231 aa）
链 fD 133–363（231 aa）
链 fE 133–363（231 aa）
链 g 133–363（231 aa）
链 gA 133–363（231 aa）
链 gB 133–363（231 aa）
链 gC 133–363（231 aa）
链 gD 133–363（231 aa）
链 gE 133–363（231 aa）
链 h 133–363（231 aa）
链 hA 133–363（231 aa）
链 hB 133–363（231 aa）
链 hC 133–363（231 aa）
链 hD 133–363（231 aa）
链 hE 133–363（231 aa）
链 i 133–363（231 aa）
链 iA 133–363（231 aa）
链 iB 133–363（231 aa）
链 iC 133–363（231 aa）
链 iD 133–363（231 aa）
链 iE 133–363（231 aa）
链 j 133–363（231 aa）
链 jA 133–363（231 aa）
链 jB 133–363（231 aa）
链 jC 133–363（231 aa）
链 jD 133–363（231 aa）
链 jE 133–363（231 aa）
链 k 133–363（231 aa）
链 kA 133–363（231 aa）
链 kB 133–363（231 aa）
链 kC 133–363（231 aa）
链 kD 133–363（231 aa）
链 kE 133–363（231 aa）
链 l 133–363（231 aa）
链 lA 133–363（231 aa）
链 lB 133–363（231 aa）
链 lC 133–363（231 aa）
链 lD 133–363（231 aa）
链 lE 133–363（231 aa）
链 m 133–363（231 aa）
链 mA 133–363（231 aa）
链 mB 133–363（231 aa）
链 mC 133–363（231 aa）
链 mD 133–363（231 aa）
链 mE 133–363（231 aa）
链 n 133–363（231 aa）
链 nA 133–363（231 aa）
链 nB 133–363（231 aa）
链 nC 133–363（231 aa）
链 nD 133–363（231 aa）
链 nE 133–363（231 aa）
链 o 133–363（231 aa）
链 oA 133–363（231 aa）
链 oB 133–363（231 aa）
链 oC 133–363（231 aa）
链 oD 133–363（231 aa）
链 oE 133–363（231 aa）
链 p 133–363（231 aa）
链 pA 133–363（231 aa）
链 pB 133–363（231 aa）
链 pC 133–363（231 aa）
链 pD 133–363（231 aa）
链 pE 133–363（231 aa）
链 q 133–363（231 aa）
链 qA 133–363（231 aa）
链 qB 133–363（231 aa）
链 qC 133–363（231 aa）
链 qD 133–363（231 aa）
链 qE 133–363（231 aa）
链 r 133–363（231 aa）
链 rA 133–363（231 aa）
链 rB 133–363（231 aa）
链 rC 133–363（231 aa）
链 rD 133–363（231 aa）
链 rE 133–363（231 aa）
链 s 133–363（231 aa）
链 sA 133–363（231 aa）
链 sB 133–363（231 aa）
链 sC 133–363（231 aa）
链 sD 133–363（231 aa）
链 sE 133–363（231 aa）
链 t 133–363（231 aa）
链 tA 133–363（231 aa）
链 tB 133–363（231 aa）
链 tC 133–363（231 aa）
链 tD 133–363（231 aa）
链 tE 133–363（231 aa）
链 u 133–363（231 aa）
链 uA 133–363（231 aa）
链 uB 133–363（231 aa）
链 uC 133–363（231 aa）
链 uD 133–363（231 aa）
链 uE 133–363（231 aa）
链 v 133–363（231 aa）
链 vA 133–363（231 aa）
链 vB 133–363（231 aa）
链 vC 133–363（231 aa）
链 vD 133–363（231 aa）
链 vE 133–363（231 aa）
链 w 133–363（231 aa）
链 wA 133–363（231 aa）
链 wB 133–363（231 aa）
链 wC 133–363（231 aa）
链 wD 133–363（231 aa）
链 wE 133–363（231 aa）
链 x 133–363（231 aa）
链 xA 133–363（231 aa）
链 xB 133–363（231 aa）
链 xC 133–363（231 aa）
链 xD 133–363（231 aa）
链 xE 133–363（231 aa）
链 y 133–363（231 aa）
链 yA 133–363（231 aa）
链 yB 133–363（231 aa）
链 yC 133–363（231 aa）
链 yD 133–363（231 aa）
链 yE 133–363（231 aa）
链 z 133–363（231 aa）
链 zA 133–363（231 aa）
链 zB 133–363（231 aa）
链 zC 133–363（231 aa）
链 zD 133–363（231 aa）
链 zE 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLID-STATE NMR
NMR测量条件 pH 6；277 K；离子强度（mmCIF原始值）2.4；压力 1
NMR样品组成 100 % [U-13C; U-15N] HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 100 % [1,6-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 100 % [2-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 100 % 13C,15N-His HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 100 % 13C,15N-Tyr HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成 50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Ile HIV-1 capsid, solid | solid
NMR样品组成 50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Val HIV-1 capsid, solid | solid
NMR样品组成 86 % HIV-1 capsid protein, 14 % U-13C,15N-CA HIV-1 capsid, solid | solid
NMR样品组成 50 % [U-13C] HIV-1 capsid protein, 50 % [U-15N] HIV-1 capsid, solid | solid
分辨率未提供
7M9F Structure of the wild-type native full-length HIV-1 capsid protein in complex with ZW-1261 提交 2021-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 YTG N-(4-chlorophenyl)-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 IOD IODIDE ION × 30 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 3350, NaI, Sodium Cacodylate, Glycerol
分辨率 2.70 Å R-free 0.253
7QDF Hexameric HIV-1 (M-group) CA R120 mutant 提交 2021-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 AAA 133–363（231 aa）
突变：R120 IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 30 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；9.5% PEG 3350 (v/v), 310 mM NaI, 100 mM Sodium Cacodylate. Crystals grew in 1 uL protein (3 mg/mL) + 1 uL crystallant. Cryoprotected in 20% (v/v) Glycerol.
分辨率 2.30 Å R-free 0.278
7RAO Structure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, M66I, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, M66I, W184A, M185A IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 21 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.125-0.35M Sodium Iodide, 2-8% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
分辨率 2.29 Å R-free 0.244
7RAO Structure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, M66I, W184A, M185A IOD IODIDE ION × 24 CL CHLORIDE ION × 30 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.125-0.35M Sodium Iodide, 2-8% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
分辨率 2.29 Å R-free 0.244
7RAR Structure of Q67H mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, Q67H, W184A, M185A IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.425M NaI, 4% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
分辨率 2.15 Å R-free 0.240
7RHN Co-crystal structure of Q67H mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer and lenacapavir 提交 2021-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, Q67H, W184A, M185A QNG Lenacapavir × 6 IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.35M NaI, 4% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
分辨率 2.46 Å R-free 0.288
8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
链 M 133–363（231 aa）
链 N 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 3.90 Å
8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
链 M 133–363（231 aa）
链 N 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 3.90 Å
8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
链 M 133–363（231 aa）
链 N 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
分辨率 3.90 Å
8QUB Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00074110 提交 2023-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 WVZ (1~{S})-1-phenyl-2,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-3-one × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 1.63 Å R-free 0.210
8QUH Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00057456 提交 2023-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 AJ2 4-methylquinolin-2-ol × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 1.55 Å R-free 0.195
8QUI Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00024969 提交 2023-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 XXL ethyl (3-oxo-2,3-dihydro-4H-1,4-benzoxazin-4-yl)acetate × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 1.69 Å R-free 0.216
8QUJ Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100452 提交 2023-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 WWR 3-(phenylmethyl)-1~{H}-imidazol-2-one × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 1.63 Å R-free 0.200
8QUK Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100439 提交 2023-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 WVU (phenylmethyl) 3-oxidanylidenepiperazine-1-carboxylate × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 1.38 Å R-free 0.203
8QUL Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100555 提交 2023-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 3IP 3-(BENZYLOXY)PYRIDIN-2-AMINE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 1.67 Å R-free 0.210
8QUW Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01044153 提交 2023-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 WZR (4~{R})-7-oxidanyl-4-phenyl-3,4-dihydro-1~{H}-quinolin-2-one × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 2.02 Å R-free 0.230
8QUX Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100333 提交 2023-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 S0I 4-benzyl-3,4-dihydroquinoxalin-2(1H)-one × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 2.30 Å R-free 0.276
8QUY Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01728501 提交 2023-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 X0L 4-[(4-methylphenyl)methyl]-1~{H}-quinoxaline-2,3-dione × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 1.88 Å R-free 0.215
8QV1 Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01728505 提交 2023-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 X0H methyl 2-(2-oxidanylidene-1~{H}-quinolin-4-yl)ethanoate × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 2.20 Å R-free 0.288
8QV4 Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01728503 提交 2023-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 WZX ethyl 2-(3-oxidanylidene-2,4-dihydroquinoxalin-1-yl)ethanoate × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 2.70 Å R-free 0.303
8QV9 Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01829021 提交 2023-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 WZL 7-bromanyl-3-(phenylmethyl)-1~{H}-benzimidazol-2-one × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 1.76 Å R-free 0.246
8QVA Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01829894 提交 2023-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 WZ9 7-azanyl-3-(phenylmethyl)-1~{H}-benzimidazol-2-one × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
分辨率 2.00 Å R-free 0.254
8TY6 Disulfide-stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with PQBP1 Nt 提交 2023-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8V17 HIV-CA Disulfide linked Hexamer with inhibitor bound - exploration of a benzothiazole 提交 2023-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–361（229 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M185A Y4X N-(1,3-benzothiazol-5-yl)-3,5-difluoro-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 GOL GLYCEROL × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus Condition D11
分辨率 1.50 Å R-free 0.171
8VRP HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to 4-Quinazolinone Scaffold inhibitor 提交 2024-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 133–361（229 aa）
链 C 133–361（229 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A A1ADQ N-[(1S)-1-[(3P,7M)-3-{4-chloro-3-[(ethanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-7-(3-fluoro-4-formylphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydrocyclopenta[c]pyrazol-1(4H)-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus condition B2
分辨率 1.80 Å R-free 0.226
8VRP HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to 4-Quinazolinone Scaffold inhibitor 提交 2024-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 133–361（229 aa）
突变：A14C, E45C, W184A, M185A A1ADQ N-[(1S)-1-[(3P,7M)-3-{4-chloro-3-[(ethanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-7-(3-fluoro-4-formylphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydrocyclopenta[c]pyrazol-1(4H)-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus condition B2
分辨率 1.80 Å R-free 0.226
9D6D Gag CA-SP1 immature lattice bound with Lenacapavir from enveloped virus like particles 提交 2024-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 B 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 C 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 D 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 E 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 F 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 G 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 H 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 I 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 J 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 K 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 L 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 M 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 N 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 O 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 P 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 Q 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 R 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.18 Å
9D6E Gag CA-SP1 immature lattice bound with Bevirimat from enveloped virus like particles 提交 2024-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 B 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 C 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 D 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 E 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 F 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 G 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 H 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 I 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 J 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 K 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 L 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 M 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 N 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 O 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 P 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 Q 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 R 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 2I4 3alpha-[(3-carboxy-3-methylbutanoyl)oxy]-8alpha,9beta,10alpha,13alpha,17alpha,19beta-lup-20(29)-en-28-oic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
9D88 Gag CA-SP1 immature lattice from enveloped and perforated virus like particles 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 B 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 C 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 D 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 E 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 F 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 G 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 H 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 I 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 J 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 K 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 L 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 M 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 N 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 O 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 P 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 Q 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 R 143–371（229 aa） 片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral-like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the virus-like particle and not directly in the buffer environment.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
9EDZ HIV CA - GLFG peptide (4 mM) 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4 10% PEG 4,000
分辨率 3.00 Å R-free 0.267
9EDZ HIV CA - GLFG peptide (4 mM) 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4 10% PEG 4,000
分辨率 3.00 Å R-free 0.267
9EE0 HIV CA - GLFG peptide (9 mM) 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4 10% PEG 4,000
分辨率 3.10 Å R-free 0.255
9EE0 HIV CA - GLFG peptide (9 mM) 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4 10% PEG 4,000
分辨率 3.10 Å R-free 0.255
9EE1 HIV CA - GLFG peptide (43 mM) 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000
分辨率 3.00 Å R-free 0.261
9EE1 HIV CA - GLFG peptide (43 mM) 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000
分辨率 3.00 Å R-free 0.261
9EE2 HIV CA - FSFG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000
分辨率 2.99 Å R-free 0.253
9EE2 HIV CA - FSFG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000
分辨率 2.99 Å R-free 0.253
9EE3 HIV CA - FG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000
分辨率 3.10 Å R-free 0.261
9EE3 HIV CA - FG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000
分辨率 3.10 Å R-free 0.261
9EE4 HIV CA - FG peptide (34 mM) 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
链 E 133–363（231 aa）
链 F 133–363（231 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
9EE4 HIV CA - FG peptide (34 mM) 提交 2024-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 G 133–363（231 aa）
链 H 133–363（231 aa）
链 I 133–363（231 aa）
链 J 133–363（231 aa）
链 K 133–363（231 aa）
链 L 133–363（231 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
9H1P Mature HIV-1 matrix from MA-SP1 cleavage mutant 提交 2024-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 2–132（131 aa）
链 B 433–448（16 aa）
链 C 2–132（131 aa）
链 D 433–448（16 aa）
链 E 2–132（131 aa）
链 F 433–448（16 aa）
链 G 2–132（131 aa）
链 H 433–448（16 aa）
链 I 2–132（131 aa）
链 J 433–448（16 aa）
链 K 2–132（131 aa）
链 L 433–448（16 aa）
链 M 2–132（131 aa）
链 N 433–448（16 aa）
链 O 2–132（131 aa）
链 P 433–448（16 aa）
链 Q 2–132（131 aa）
链 R 433–448（16 aa）
链 S 2–132（131 aa）
链 T 433–448（16 aa）
链 U 2–132（131 aa）
链 V 433–448（16 aa）
链 W 2–132（131 aa）
链 X 433–448（16 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
9MNM SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. 提交 2024-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
未记录 QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2；25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9MNM SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. 提交 2024-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
未记录 QNG Lenacapavir × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2；25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9MNM SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. 提交 2024-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 133–363（231 aa）
链 B 133–363（231 aa）
链 C 133–363（231 aa）
链 D 133–363（231 aa）
未记录 QNG Lenacapavir × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2；25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9P9L Gag CA-SP1 immature lattice bound with Lenacapavir from enveloped virus like particles 提交 2025-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 A 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 B 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 C 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 D 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 E 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 F 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 G 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 H 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 I 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 J 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 K 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 L 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 M 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 N 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 O 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 P 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 Q 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 R 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
未记录 QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.28 Å
9P9M CA-SP1 immature lattice assembled in vitro with inhibitor lenacapavir (dialyzed to 50nM) 提交 2025-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 A 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 B 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 C 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 D 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 E 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 F 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 G 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 H 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 I 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 J 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 K 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 L 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 M 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 N 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 O 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 P 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 Q 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 R 143–371（229 aa） 片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
未记录 QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；the initial Lenacapavir concentration is 180uM and CA-SP1 is 90uM upon particle assembly; the assembled particle is then dialyzed in same buffer, but have final Lenacapavir concentration drop to 50nM.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å

共 70 个其他 PDB 条目、88 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GAG_HV1N5
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 L； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 M； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 N； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 O； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 P； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 Q； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7urn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7urn
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7urn
沉积日期 deposition_date2022-04-22
结构标题 titleStructure of HIV-1 capsid declination
关键词 keywordsHIV-1, capsid, declination, pentamer, hexamer, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.30 Å
零角强度 I(0) i0381507000.00
分子量 molecular_weight145490.0 kDa
排除体积 excluded_volume176380 ų
包络体积 envelope_volume306500 ų
水化壳体积 shell_volume61513 ų
包络直径 envelope_diameter157.0 Å
壳层 Rg shell_rg46.23 Å
包络 Rg envelope_rg41.93 Å
形状 Rg shape_rg42.27 Å
总 Rg total_rg42.61 Å
总原子数 total_atoms10242
残基数 n_residues1547
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax145.6 Å
Rg (实空间) rg_real43.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.47 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.6530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal381500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8453
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary52.6 Å
偏度 Skewness skewness0.471
峰度 Kurtosis kurtosis-0.002
角度范围 angular_range— – 0.1800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha50250000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.551
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id7urnA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
结构域编号 domain_id7urnL01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
结构域编号 domain_id7urnM01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
结构域编号 domain_id7urnN01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
结构域编号 domain_id7urnO01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
结构域编号 domain_id7urnP01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
结构域编号 domain_id7urnQ01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)