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7uvl

IgA1 Protease with IgA1 substrate

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 185.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LPXTG-motif cell wall anchor domain protein

Gemella haemolysans

UniProt C5NYF3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 P； UniProt 884–2178 突变：A942E Immunoglobulin alpha-1 heavy constant × 2 （P01876） Immunoglobulin alpha-1 light chain × 1 Immunoglobulin alpha-1 heavy chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.56 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7UVL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7UVK G. haemolysans IgA1 protease 提交 2022-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–2178（2178 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
9ECT Crystal Structure of the Gemella haemolysans Immunoglobulin A1 Protease Trypsin-Like Domain 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 661–873（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2M KNO3, 25% (w/v) PEG3350
分辨率 1.75 Å R-free 0.242
9ECT Crystal Structure of the Gemella haemolysans Immunoglobulin A1 Protease Trypsin-Like Domain 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 661–873（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2M KNO3, 25% (w/v) PEG3350
分辨率 1.75 Å R-free 0.242

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C5NYF3_9BACL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–1295； UniProt 884–2178

Immunoglobulin alpha-1 heavy constant

Homo sapiens

UniProt P01876

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 123–331 链 B； UniProt 123–331 未记录 LPXTG-motif cell wall anchor domain protein × 1 （C5NYF3） Immunoglobulin alpha-1 light chain × 1 Immunoglobulin alpha-1 heavy chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.56 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7UVL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IGA MODEL OF HUMAN IGA1 DETERMINED BY SOLUTION SCATTERING CURVE-FITTING AND HOMOLOGY MODELLING 提交 1998-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–353（353 aa） 片段：CHAINS A AND B, HEAVY, CHAINS C AND D, LIGHT
链 B 1–353（353 aa） 片段：CHAINS A AND B, HEAVY, CHAINS C AND D, LIGHT
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1OW0 Crystal structure of human FcaRI bound to IgA1-Fc 提交 2003-03-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 122–335（214 aa） 片段：Fc region
链 B 122–335（214 aa） 片段：Fc region
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；magnesium sulfate heptahydrate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 3.10 Å R-free 0.284
1OW0 Crystal structure of human FcaRI bound to IgA1-Fc 提交 2003-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 122–335（214 aa） 片段：Fc region
链 B 122–335（214 aa） 片段：Fc region
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；magnesium sulfate heptahydrate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 3.10 Å R-free 0.284
2QEJ Crystal structure of a Staphylococcus aureus protein (SSL7) in complex with Fc of human IgA1 提交 2007-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 A 123–336（214 aa） 片段：FC REGION
链 B 123–336（214 aa） 片段：FC REGION
未记录 GOL GLYCEROL × 5 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；12% PEG 8000, 66 mM sodium cacodylate pH 6.5, 130 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.312
2QTJ Solution structure of human dimeric immunoglobulin A 提交 2007-08-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–475（475 aa）
链 B 1–475（475 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2QTJ Solution structure of human dimeric immunoglobulin A 提交 2007-08-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–475（475 aa）
链 D 1–475（475 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
3CHN Solution structure of human secretory IgA1 提交 2008-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–353（353 aa）
链 B 1–353（353 aa）
链 C 1–353（353 aa）
链 D 1–353（353 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
6LX3 Cryo-EM structure of human secretory immunoglobulin A 提交 2020-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 122–353（232 aa）
链 B 122–353（232 aa）
链 C 122–353（232 aa）
链 D 122–353（232 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
6LXW Cryo-EM structure of human secretory immunoglobulin A in complex with the N-terminal domain of SpsA 提交 2020-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 122–353（232 aa）
链 B 122–353（232 aa）
链 C 122–353（232 aa）
链 D 122–353（232 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
6UE7 Structure of dimeric sIgA complex 提交 2019-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 123–353（231 aa） 片段：UNP residues 123-353
链 B 123–353（231 aa） 片段：UNP residues 123-353
链 F 123–353（231 aa） 片段：UNP residues 123-353
链 G 123–353（231 aa） 片段：UNP residues 123-353
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
6XJA Streptococcus Pneumoniae IgA1 Protease with IgA1 substrate 提交 2020-06-23 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 122–331（210 aa）
链 B 122–331（210 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM Hepes, pH 7 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8SKU Structure of human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1) 提交 2023-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–353（353 aa）
链 B 1–353（353 aa）
链 C 1–353（353 aa）
链 D 1–353（353 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8SKV Structure of human SIgA1 in complex with Streptococcus pyogenes protein M4 (Arp4) 提交 2023-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–353（353 aa）
链 B 1–353（353 aa）
链 C 1–353（353 aa）
链 D 1–353（353 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9MBZ Cryo-EM structure of human FcRL4 bound to IgA-Fc/J 提交 2025-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 122–353（232 aa）
链 B 122–353（232 aa）
链 C 122–353（232 aa）
链 D 122–353（232 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.30 Å
9OFR CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN IGA1 FC FRAGMENT-FC-ALPHA RECEPTOR (CD89) COMPLEX 提交 2025-04-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 123–335（213 aa） 片段：FC fragment, UNP residues 123-335
链 B 123–335（213 aa） 片段：FC fragment, UNP residues 123-335
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；0.15M sodium chloride 0.1M Tris-HCl pH 8.0 8% PEG 6000
分辨率 2.65 Å R-free 0.264
9OFR CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN IGA1 FC FRAGMENT-FC-ALPHA RECEPTOR (CD89) COMPLEX 提交 2025-04-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 123–335（213 aa） 片段：FC fragment, UNP residues 123-335
链 G 123–335（213 aa） 片段：FC fragment, UNP residues 123-335
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；0.15M sodium chloride 0.1M Tris-HCl pH 8.0 8% PEG 6000
分辨率 2.65 Å R-free 0.264
9R2E Structure of ARGX-121 Fab fragment in complex with the Fc fragment of IgA1 提交 2025-04-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 P 123–335（213 aa）
链 Q 123–335（213 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) Glycerol, 0.16 M MgAcetate, 0.08 M Na Cacodylate pH 6.50
分辨率 2.54 Å R-free 0.252

共 14 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGHA1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–209； UniProt 123–331 作者链 B； PDB构建体 1–209； UniProt 123–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7uvl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7uvl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7uvl
沉积日期 deposition_date2022-05-02
结构标题 titleIgA1 Protease with IgA1 substrate
关键词 keywordscomplex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.34 Å
零角强度 I(0) i0808141000.00
分子量 molecular_weight234170.0 kDa
排除体积 excluded_volume292450 ų
包络体积 envelope_volume421790 ų
水化壳体积 shell_volume71693 ų
包络直径 envelope_diameter197.7 Å
壳层 Rg shell_rg50.37 Å
包络 Rg envelope_rg51.44 Å
形状 Rg shape_rg51.35 Å
总 Rg total_rg51.29 Å
总原子数 total_atoms16508
残基数 n_residues2154
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax185.8 Å
Rg (实空间) rg_real51.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.82 Å
I(0) (实空间) i0_real8.0810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal807600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6029
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.9 Å
偏度 Skewness skewness0.493
峰度 Kurtosis kurtosis-0.295
角度范围 angular_range— – 0.1550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha64270000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.697; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.003; Positv: 1.000; Valcen: 0.815; Smooth: 0.918
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)