← 返回搜索
7v2y

cryo-EM structure of yeast THO complex with Sub2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 199.8 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THO complex subunit HPR1

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P17629

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–752 未记录 THO complex subunit 2 × 1 （P53552） Protein TEX1 × 1 （P53851） THO complex subunit MFT1 × 1 （P33441） THO complex subunit THP2 × 1 （O13539） ATP-dependent RNA helicase SUB2 × 1 （Q07478） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7V2Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7APX yeast THO-Sub2 complex 提交 2020-10-20 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–720（720 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å
7AQO yeast THO-Sub2 complex dimer 提交 2020-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–720（720 aa）
链 H 1–720（720 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
7LUV Cryo-EM structure of the yeast THO-Sub2 complex 提交 2021-02-23 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–603（603 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7V2W protomer structure from the dimer of yeast THO complex 提交 2021-08-10 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HPR1_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–752； UniProt 1–752

THO complex subunit 2

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P53552

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–1597 未记录 THO complex subunit HPR1 × 1 （P17629） Protein TEX1 × 1 （P53851） THO complex subunit MFT1 × 1 （P33441） THO complex subunit THP2 × 1 （O13539） ATP-dependent RNA helicase SUB2 × 1 （Q07478） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7V2Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7APX yeast THO-Sub2 complex 提交 2020-10-20 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1597（1597 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å
7LUV Cryo-EM structure of the yeast THO-Sub2 complex 提交 2021-02-23 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–1257（1257 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7V2W protomer structure from the dimer of yeast THO complex 提交 2021-08-10 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 1–1597（1597 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 THO2_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–1597； UniProt 1–1597

Protein TEX1

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P53851

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–422 未记录 THO complex subunit HPR1 × 1 （P17629） THO complex subunit 2 × 1 （P53552） THO complex subunit MFT1 × 1 （P33441） THO complex subunit THP2 × 1 （O13539） ATP-dependent RNA helicase SUB2 × 1 （Q07478） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7V2Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7APX yeast THO-Sub2 complex 提交 2020-10-20 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å
7V2W protomer structure from the dimer of yeast THO complex 提交 2021-08-10 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 H 1–422（422 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TEX1_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–422； UniProt 1–422

THO complex subunit MFT1

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P33441

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–392 未记录 THO complex subunit HPR1 × 1 （P17629） THO complex subunit 2 × 1 （P53552） Protein TEX1 × 1 （P53851） THO complex subunit THP2 × 1 （O13539） ATP-dependent RNA helicase SUB2 × 1 （Q07478） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7V2Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7APX yeast THO-Sub2 complex 提交 2020-10-20 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å
7AQO yeast THO-Sub2 complex dimer 提交 2020-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 D 1–392（392 aa）
链 I 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
7LUV Cryo-EM structure of the yeast THO-Sub2 complex 提交 2021-02-23 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7V2W protomer structure from the dimer of yeast THO complex 提交 2021-08-10 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 I 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MFT1_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–392； UniProt 1–392

THO complex subunit THP2

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt O13539

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–261 未记录 THO complex subunit HPR1 × 1 （P17629） THO complex subunit 2 × 1 （P53552） Protein TEX1 × 1 （P53851） THO complex subunit MFT1 × 1 （P33441） ATP-dependent RNA helicase SUB2 × 1 （Q07478） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7V2Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7APX yeast THO-Sub2 complex 提交 2020-10-20 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å
7LUV Cryo-EM structure of the yeast THO-Sub2 complex 提交 2021-02-23 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7V2W protomer structure from the dimer of yeast THO complex 提交 2021-08-10 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 J 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 THP2_YEAST
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–261； UniProt 1–261

ATP-dependent RNA helicase SUB2

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt Q07478

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 1–446 未记录 THO complex subunit HPR1 × 1 （P17629） THO complex subunit 2 × 1 （P53552） Protein TEX1 × 1 （P53851） THO complex subunit MFT1 × 1 （P33441） THO complex subunit THP2 × 1 （O13539） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7V2Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5SUP Crystal structure of the Sub2-Yra1 complex in association with RNA 提交 2016-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 61–446（386 aa） 片段：residues 61-446
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；277 K；100 mM Bis-Tris (pH 5.5), 20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
5SUP Crystal structure of the Sub2-Yra1 complex in association with RNA 提交 2016-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 61–446（386 aa） 片段：residues 61-446
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；277 K；100 mM Bis-Tris (pH 5.5), 20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
5SUP Crystal structure of the Sub2-Yra1 complex in association with RNA 提交 2016-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 C 61–446（386 aa） 片段：residues 61-446
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；277 K；100 mM Bis-Tris (pH 5.5), 20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
5SUQ Crystal structure of the THO-Sub2 complex 提交 2016-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–446（446 aa）
链 C 1–446（446 aa）
未记录 KEG 12-TUNGSTOPHOSPHATE × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.4；289 K；100 mM Tris-HCl (pH 8.4), 17.5% PEG3350, 2% methanol, 0.3 M NDSB-195
分辨率 6.00 Å R-free 0.434
7APX yeast THO-Sub2 complex 提交 2020-10-20 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 48–446（399 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å
7LUV Cryo-EM structure of the yeast THO-Sub2 complex 提交 2021-02-23 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 M 1–446（446 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8U8C Crystal structure of the TREX-2 complex in complex with the N-terminal motif of Sub2 提交 2023-09-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–55（55 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, and 20% PEG3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.231

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUB2_YEAST
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–446； UniProt 1–446

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7v2y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7v2y
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7v2y
沉积日期 deposition_date2021-08-10
结构标题 titlecryo-EM structure of yeast THO complex with Sub2
关键词 keywordsRNA transcription, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier61.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron62.34 Å
零角强度 I(0) i01462580000.00
分子量 molecular_weight327870.0 kDa
排除体积 excluded_volume413290 ų
包络体积 envelope_volume646860 ų
水化壳体积 shell_volume90548 ų
包络直径 envelope_diameter225.2 Å
壳层 Rg shell_rg58.18 Å
包络 Rg envelope_rg62.22 Å
形状 Rg shape_rg62.32 Å
总 Rg total_rg62.34 Å
总原子数 total_atoms23097
残基数 n_residues2846
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax199.8 Å
Rg (实空间) rg_real62.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.05 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4620e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal61.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1459000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8034
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary55.9 Å
偏度 Skewness skewness0.536
峰度 Kurtosis kurtosis-0.437
角度范围 angular_range— – 0.1250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0006
最高正则化参数 α highest_alpha108600000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.057
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)