SAXSdb — 7vly

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC

Listeria monocytogenes

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	PTS mannose family transporter subunit IID × 3 （A0A1E8EBU8） Bacteriocin pediocin PA-1 × 3 （P29430） alpha-D-mannopyranose × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S5LAD9_LISMN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268 作者链 F； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268 作者链 Y； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268

PTS mannose family transporter subunit IID

Listeria monocytogenes

UniProt A0A1E8EBU8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC × 3 （S5LAD9） Bacteriocin pediocin PA-1 × 3 （P29430） alpha-D-mannopyranose × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1E8EBU8_LISMN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 G； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Z； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303

Bacteriocin pediocin PA-1

Pediococcus acidilactici

UniProt P29430

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC × 3 （S5LAD9） PTS mannose family transporter subunit IID × 3 （A0A1E8EBU8） alpha-D-mannopyranose × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPA1_PEDAC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–47； UniProt 19–62 作者链 E； PDB构建体 4–47； UniProt 19–62 作者链 H； PDB构建体 4–47； UniProt 19–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7vly
沉积日期 deposition_date	2021-10-05
结构标题 title	Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1
关键词 keywords	;antimicrobial peptides; bacteriocins; pediocin PA-1; pediocin-like/class IIa bacteriocins; antibiotic resistance; mannose phosphotransferase; man-PTS, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7vly__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7vly__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7vly__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.64 Å
Rg（电子密度）	41.15 Å
总 Rg	41.50 Å
原子数	13317
残基数	1773
排除体积	243250 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7vly__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC
分子量 formula_weight	27377.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,C,F
原子数 atom_count	13347

MSVISIILVVLIAFLAGIEGILDEFQFHQPLIACTLIGLVTGNLTACIILGGTLQMIALGWANIGAAVAPDAALASVASAIILVLGGQGVAGIPSAIAIAIPLAVAGLFLTMIVRTLAVPIVHLMDRAAEKGNIRSVEWLHISAICMQGIRIAIPAAALLFIPADSVQSFLEAMPAWLTDGMAIGGGMVVAVGYALVINMMATKEVWPFFVIGFVVAAISQLTLIAIGALGVALALIYLNLSKMGGGNSNGGGGGNSRDPLGDILNDY

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1639
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PTS mannose family transporter subunit IID
分子量 formula_weight	33402.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,D,G

MAEKIELSKRDRLRVAWRSTFIQGSWNYERMQNGGWAFSMIPAIKKLYKTKEDRSSALKRHLEFFNTHPYIASPILGVTLALEEERANGAEVDDVAIQGVKVGMMGPLAGVGDPVFWFTIRPMLGALGASLALSGNILGPILFFVAWNVIRWGFMWYTQEFGYKAGSKITDDLSGGLLQDITKGASILGMFVLAALVQRWVNIQFAPIISKVKLDEGAYIDWSHLPQGAQGIKTALQQQQAGLALSEIKVTTLQNNLDNLIPGLAAVALTFLCMWLLKKKISPIIIILGLFVVGIVGHLIGLL

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1639
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Bacteriocin pediocin PA-1
分子量 formula_weight	5001.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,H

PHMKYYGNGVTCGKHSCSVDWGKATTCIINNGAMAWATGGHQGNHKC

来源 Source

来源生物 organism	Pediococcus acidilactici
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1254
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	30

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.45 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	659531

Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PTS mannose family transporter subunit IID

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Bacteriocin pediocin PA-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vly__assembly_1__model_1

7vly__assembly_1__model_1 | I(q)

7vly__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PTS mannose family transporter subunit IID

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Bacteriocin pediocin PA-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vly__assembly_1__model_1

7vly__assembly_1__model_1 | I(q)

7vly__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)