SAXSdb — 7vyl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

Coxsackievirus B3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	Coxsackievirus and adenovirus receptor × 60 （P78310）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Coxsackievirus and adenovirus receptor × 1 （P78310）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	Coxsackievirus and adenovirus receptor × 5 （P78310）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Coxsackievirus and adenovirus receptor × 6 （P78310）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Coxsackievirus and adenovirus receptor × 1 （P78310）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_CXB3N
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–281； UniProt 571–851 作者链 B； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 C； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

Coxsackievirus and adenovirus receptor

Homo sapiens

UniProt P78310

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	Capsid protein VP1 × 60 （P03313） Capsid protein VP2 × 60 （P03313） Capsid protein VP3 × 60 （P03313） Capsid protein VP4 × 60 （P03313）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Capsid protein VP1 × 1 （P03313） Capsid protein VP2 × 1 （P03313） Capsid protein VP3 × 1 （P03313） Capsid protein VP4 × 1 （P03313）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	Capsid protein VP1 × 5 （P03313） Capsid protein VP2 × 5 （P03313） Capsid protein VP3 × 5 （P03313） Capsid protein VP4 × 5 （P03313）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Capsid protein VP1 × 6 （P03313） Capsid protein VP2 × 6 （P03313） Capsid protein VP3 × 6 （P03313） Capsid protein VP4 × 6 （P03313）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Capsid protein VP1 × 1 （P03313） Capsid protein VP2 × 1 （P03313） Capsid protein VP3 × 1 （P03313） Capsid protein VP4 × 1 （P03313）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CXAR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–217； UniProt 21–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7vyl
沉积日期 deposition_date	2021-11-14
结构标题 title	Coxsackievirus B3 at pH5.5 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min
关键词 keywords	CVB3, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7vyl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7vyl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7vyl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	136.60 Å
总 Rg	136.60 Å
原子数	419580
残基数	53940
排除体积	7439000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7vyl__assembly_1__model_1`	300-meric （300）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7vyl__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`7vyl__assembly_3__model_1`	25-meric （25）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`7vyl__assembly_4__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`7vyl__assembly_5__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	31364.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6993

GPVEDAITAAIGRVADTVGTGPTNSEAIPALTAAETGHTSQVVPGDTMQTRHVKNYHSRSESTIENFLCRSACVYFTEYENSGAKRYAEWVLTPRQAAQLRRKLEFFTYVRFDLELTFVITSTQQPSTTQNQDAQILTHQIMYVPPGGPVPDKVDSYVWQTSTNPSVFWTEGNAPPRMSIPFLSIGNAYSNFYDGWSEFSRNGVYGINTLNNMGTLYARHVNAGSTGPIKSTIRIYFKPKHVKAWIPRPPRLCQYEKAKNVNFQPSGVTTTRQSITTMTNT

来源 Source

来源生物 organism	Coxsackievirus B3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12072
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	28822.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPTVEECGYSDRARSITLGNSTITTQECANVVVGYGVWPDYLKDSEATAEDQPTQPDVATCRFYTLDSVQWQKTSPGWWWKLPDALSNLGLFGQNMQYHYLGRTGYTVHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGCATLDNTPSSAELLGGDSAKEFADKPVASGSNKLVQRVVYNAGMGVGVGNLTIFPHQWINLRTNNSATIVMPYTNSVPMDNMFRHNNVTLMVIPFVPLDYCPGSTTYVPITVTIAPMCAEYNGLRLAGHQ

来源 Source

来源生物 organism	Coxsackievirus B3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12072
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	26227.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GLPTMNTPGSCQFLTSDDFQSPSAMPQYDVTPEMRIPGEVKNLMEIAEVDSVVPVQNVGEKVNSMEAYQIPVRSNEGSGTQVFGFPLQPGYSSVFSRTLLGEILNYYTHWSGSIKLTFMFCGSAMATGKFLLAYSPPGAGAPTKRVDAMLGTHVVWDVGLQSSCVLCIPWISQTHYRYVTSDEYTAGGFITCWYQTNIVVPADAQSSCYIMCFVSACNDFSVRLLKDTPFISQQNFFQ

来源 Source

来源生物 organism	Coxsackievirus B3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12072
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein VP4
分子量 formula_weight	7480.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGAQVSTQKTGAHETGLNASGNSIIHYTNINYYKDAASNSANRQDFTQDPGKFTEPVKDIMIKSLPALN

来源 Source

来源生物 organism	Coxsackievirus B3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12072
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Coxsackievirus and adenovirus receptor
分子量 formula_weight	25106.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSITTPEEMIEKAKGETAYLPCKFTLSPEDQGPLDIEWLISPADNQKVDQVIILYSGDKIYDDYYPDLKGRVHFTSNDLKSGDASINVTNLQLSDIGTYQCKVKKAPGVANKKIHLVVLVKPSGARCYVDGSEEIGSDFKIKCEPKEGSLPLQYEWQKLSDSQKMPTSWLAEMTSSVISVKNASSEYSGTYSCTVRNRVGSDQCLLRLNVVPPSNKALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7vylB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.79 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	35532

Coxsackievirus B3 at pH5.5 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Coxsackievirus and adenovirus receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vyl__assembly_1__model_1

7vyl__assembly_1__model_1 | I(q)

7vyl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Coxsackievirus B3 at pH5.5 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Coxsackievirus and adenovirus receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vyl__assembly_1__model_1

7vyl__assembly_1__model_1 | I(q)

7vyl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)