SAXSdb — 7w36

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autophagy protein 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–275	未记录	Stapled ATG16L1-derived peptide × 1 （Q676U5）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7W36	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GDK Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 提交 2012-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–275（275 aa）链 E 1–275（275 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN: 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 0.001 M DTT; RESERVOIR: 0.1M Hepes pH7.5, 0.2 M lithium citrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.236
4GDL Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 提交 2012-07-31	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–275（275 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PROTEIN: 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 0.001 M DTT; RESERVOIR: 0.1M BICINE pH9.0, 0.2 M sodium phosphate dibasic, 18% PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.88 Å R-free 0.254
4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–275（275 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–275（275 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 1–275（275 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 N 1–275（275 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
4TQ1 Crystal structure of human ATG5-TECAIR 提交 2014-06-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；MPD, PEG 1000, PEG 3350, alcohols, MES-imdazole	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
5D7G Structure of human ATG5 E122D-ATG16L1 complex at 3.0 Angstroms 提交 2015-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–275（275 aa）链 C 1–275（275 aa）	突变：E122D 突变：E122D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Micro crystal: 37.5 mM MES, pH 5.2 to pH 5.8, 0.2 M sodium tartrate, and 11 to 13% polyethylene glycol 3350; Micor seeding condition:40 mM MES, pH 5.5, 0.2M sodium tartrate, 8.5% PEG3350, 10 mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.244
5D7G Structure of human ATG5 E122D-ATG16L1 complex at 3.0 Angstroms 提交 2015-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–275（275 aa）链 G 1–275（275 aa）	突变：E122D 突变：E122D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Micro crystal: 37.5 mM MES, pH 5.2 to pH 5.8, 0.2 M sodium tartrate, and 11 to 13% polyethylene glycol 3350; Micor seeding condition:40 mM MES, pH 5.5, 0.2M sodium tartrate, 8.5% PEG3350, 10 mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.244
5NPV Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (I4) 提交 2017-04-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.76；293 K；0.1 M MES pH 5.76, 0.378 M KCl, 21.7 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
5NPV Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (I4) 提交 2017-04-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.76；293 K；0.1 M MES pH 5.76, 0.378 M KCl, 21.7 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264

共 8 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATG5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275

Stapled ATG16L1-derived peptide

物种未注明

UniProt Q676U5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 13–33	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7W36	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GDK Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 提交 2012-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 11–43（33 aa）链 F 11–43（33 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN: 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 0.001 M DTT; RESERVOIR: 0.1M Hepes pH7.5, 0.2 M lithium citrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.236
4GDL Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 提交 2012-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 11–43（33 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PROTEIN: 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 0.001 M DTT; RESERVOIR: 0.1M BICINE pH9.0, 0.2 M sodium phosphate dibasic, 18% PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.88 Å R-free 0.254
4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 11–43（33 aa）片段：UNP residues 11-43	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 11–43（33 aa）片段：UNP residues 11-43	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 K 11–43（33 aa）片段：UNP residues 11-43	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 O 11–43（33 aa）片段：UNP residues 11-43	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
5D7G Structure of human ATG5 E122D-ATG16L1 complex at 3.0 Angstroms 提交 2015-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69 链 D 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Micro crystal: 37.5 mM MES, pH 5.2 to pH 5.8, 0.2 M sodium tartrate, and 11 to 13% polyethylene glycol 3350; Micor seeding condition:40 mM MES, pH 5.5, 0.2M sodium tartrate, 8.5% PEG3350, 10 mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.244
5D7G Structure of human ATG5 E122D-ATG16L1 complex at 3.0 Angstroms 提交 2015-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69 链 H 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Micro crystal: 37.5 mM MES, pH 5.2 to pH 5.8, 0.2 M sodium tartrate, and 11 to 13% polyethylene glycol 3350; Micor seeding condition:40 mM MES, pH 5.5, 0.2M sodium tartrate, 8.5% PEG3350, 10 mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.244
5NPV Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (I4) 提交 2017-04-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–307（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.76；293 K；0.1 M MES pH 5.76, 0.378 M KCl, 21.7 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
5NPV Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (I4) 提交 2017-04-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 11–307（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.76；293 K；0.1 M MES pH 5.76, 0.378 M KCl, 21.7 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–307（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 11–307（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 11–307（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 11–307（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NUV Structure of the WD40-domain of human ATG16L1 提交 2017-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 303–607（305 aa）	突变：E354A/K355A/Y607P	BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；303 K；1.61 M (NH4)2SO4, 0.09 M NaCl, 0.1 M MES pH 6.3	分辨率 1.55 Å R-free 0.197
7XFR Crystal structure of WIPI2b in complex with the second site of ATG16L1 提交 2022-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 124–188（65 aa）链 D 124–188（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M MES monohydrate(pH 6.5), 12% w/v Polyethylene glycol 20000	分辨率 1.76 Å R-free 0.193
8ZQG Crystal structure of WIPI3 in complex with ATG16L1 提交 2024-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 124–188（65 aa）链 D 124–188（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；289 K；0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane (pH 8.8); 16% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.77 Å R-free 0.233
9H2Q Stabilized complex of Chlamydia trachomatic efector CT622 in complex with human WD40 domain of ATG16L1 提交 2024-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 303–607（305 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9J54 Crystal structure of FIP200 Claw in complex with ATG16L1 提交 2024-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 235–247（13 aa）链 D 235–247（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；10% v/v 2-Propanol, 0.1 M BICINE (pH 8.5), 30% w/v Polyethylene glycol 1500	分辨率 1.61 Å R-free 0.216
9JF2 Crystal structure of GABARAPL1 in complex with ATG16L1 提交 2024-09-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 235–247（13 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M Sodium cacodylate (pH 6.5), 40% v/v MPD, 5% w/v PEG 8000	分辨率 1.76 Å R-free 0.215
9JF2 Crystal structure of GABARAPL1 in complex with ATG16L1 提交 2024-09-03	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 235–247（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M Sodium cacodylate (pH 6.5), 40% v/v MPD, 5% w/v PEG 8000	分辨率 1.76 Å R-free 0.215

共 13 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A16L1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–22； UniProt 13–33

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7w36
沉积日期 deposition_date	2021-11-25
结构标题 title	Crystal structure of human Atg5 complexed with a stapled peptide
关键词 keywords	Autophagy, Inhibitor, Complex, Stapled peptide, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.40 Å
零角强度 I(0) i0	18145700.00
分子量 molecular_weight	33261.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42083 Å³
包络体积 envelope_volume	49166 Å³
水化壳体积 shell_volume	21038 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.21 Å
包络 Rg envelope_rg	19.89 Å
形状 Rg shape_rg	19.39 Å
总 Rg total_rg	20.44 Å
总原子数 total_atoms	4418
残基数 n_residues	280
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8014
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.302
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.196
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Autophagy protein 5
分子量 formula_weight	32489.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4418

MTDDKDVLRDVWFGRIPTCFTLYQDEITEREAEPYYLLLPRVSYLTLVTDKVKKHFQKVMRQEDISEIWFEYEGTPLKWHYPIGLLFDLLASSSALPWNITVHFKSFPEKDLLHCPSKDAIEAHFMSCMKEADALKHKSQVINEMQKKDHKQLWMGLQNDRFDQFWAINRKLMEYPAEENGFRYIPFRIYQTTTERPFIQKLFRPVAADGQLHTLGDLLKEVCPSAIDPEDGEKKNQVMIHGIEPMLETPLQWLSEHLSYPDNFLHISIIPQPTD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Stapled ATG16L1-derived peptide
分子量 formula_weight	2825.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

XWKRHISEQLRLRDRLQRQAFEX

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.794 Å
晶胞边长 b length_b	73.083 Å
晶胞边长 c length_c	102.127 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	40.249 Å
R 因子 r_factor	0.2494
R_work r_work	0.2452
R_free r_free	0.2866

fit	/app/data/saxs_computation/w3/7w36/7w36.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w3/7w36/7w36.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w3/7w36/7w36.dat

Crystal structure of human Atg5 complexed with a stapled peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autophagy protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Stapled ATG16L1-derived peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)