SAXSdb — 7wr3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MBP-fused OspC3

Shigella flexneri

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Calmodulin-1 × 1 （P0DP23） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SULFATE ION × 2 NICOTINAMIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Calmodulin-1 × 1 （P0DP23） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SULFATE ION × 2 NICOTINAMIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MALE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–361； UniProt 27–384 作者链 B； PDB构建体 4–361； UniProt 27–384

MBP-fused OspC3

Shigella flexneri

UniProt R4X5L7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Calmodulin-1 × 1 （P0DP23） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SULFATE ION × 2 NICOTINAMIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Calmodulin-1 × 1 （P0DP23） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SULFATE ION × 2 NICOTINAMIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	R4X5L7_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 374–806； UniProt 52–484 作者链 B； PDB构建体 374–806； UniProt 52–484

Calmodulin-1

Homo sapiens

UniProt P0DP23

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	MBP-fused OspC3 × 1 （P0AEX9,R4X5L7） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SULFATE ION × 2 NICOTINAMIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	MBP-fused OspC3 × 1 （P0AEX9,R4X5L7） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SULFATE ION × 2 NICOTINAMIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–153； UniProt 1–149 作者链 D； PDB构建体 5–153； UniProt 1–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7wr3
沉积日期 deposition_date	2022-01-26
结构标题 title	Crystal structure of MBP-fused OspC3 in complex with calmodulin
关键词 keywords	ADP-riboxanase, Effector, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7wr3__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7wr3__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7wr3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.73 Å
Rg（电子密度）	38.98 Å
总 Rg	39.26 Å
原子数	7457
残基数	936
排除体积	132480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7wr3__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7wr3__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MBP-fused OspC3
分子量 formula_weight	90608.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	16225

GPMKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAALDHCANTVKNFLRKSIAAQSYSKMFSQGTSFKSLNLSLEAPSGARSSFRSLEHLDKVSRHYISEIIQKVHPLSSDERHLLSIIINSNFNFRHQSNSNLSNNILNIKSFDKIQSENIQTHKNTYSEDIKEISNHDFVFFGVEISNHQEKLPLNKTHHTVDFGANAYIIDHDSPYGYMTLTDHFDNAIPPVFYHEHQSFFLDNFKEVVDEVSRYVHGNQGKTDVPIFNTKDMRLGIGLHLIDFIRKSKDQGFREFCYNKNIDPVSLDRIINFVFQLEYHIPRMLSTDNFKKIKLRDISLEDAIKASNYEEINNKVTDKKMAHQALAYSLGNKKADIALYLLSKFNFTKQDVAEMEKMKNNRYCNLYDVEYLLSKDGANYKVLEYFINNGLVDVNKKFQKVNSGDTMLDNAMKSKDSKMIDFLLKNGAILGKRFEI

来源 Source

来源生物 organism	Shigella flexneri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Calmodulin-1
分子量 formula_weight	17251.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SGRPMADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1337

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7wr3D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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晶胞边长 a length_a	58.846 Å
晶胞边长 b length_b	201.866 Å
晶胞边长 c length_c	101.515 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.11 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	49.990 Å
R 因子 r_factor	0.1963
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2284

Crystal structure of MBP-fused OspC3 in complex with calmodulin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MBP-fused OspC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MBP-fused OspC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Calmodulin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7wr3__assembly_2__model_1

7wr3__assembly_2__model_1 | I(q)

7wr3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of MBP-fused OspC3 in complex with calmodulin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MBP-fused OspC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

MBP-fused OspC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Calmodulin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7wr3__assembly_2__model_1

7wr3__assembly_2__model_1 | I(q)

7wr3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)