7xv1

Crystal structure of RPA70N-HelB fusion

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 49.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–120	未记录	DNA helicase B × 1 （Q8NG08）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；20% PEG3350 200 mM Ammonium Acetate	分辨率 1.80 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7XV1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EWI HUMAN REPLICATION PROTEIN A: GLOBAL FOLD OF THE N-TERMINAL RPA-70 DOMAIN REVEALS A BASIC CLEFT AND FLEXIBLE C-TERMINAL LINKER 提交 2000-04-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–114（114 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT (RESIDUES 1-114)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 ambient NMR样品组成 1mM d169, 100 mM Tris, 100 mM Tris-HCL, 0.25 mM EDTA, 50 mM NaCl, 0.2% NaN3 and 1mM DTT, pH 7.6 \| 90% H20, 10% D20	分辨率未提供
1FGU SSDNA-BINDING DOMAIN OF THE LARGE SUBUNIT OF REPLICATION PROTEIN A 提交 2000-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 182–432（251 aa）片段：CENTRAL DOMAIN 链 B 182–432（251 aa）片段：CENTRAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M K,NaH2PO4 0.1 M Tris 3.8 M NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.281
1JMC SINGLE STRANDED DNA-BINDING DOMAIN OF HUMAN REPLICATION PROTEIN A BOUND TO SINGLE STRANDED DNA, RPA70 SUBUNIT, RESIDUES 183-420 提交 1996-11-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 181–422（242 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；24-27% PEG2000 MME, 20MM NA_CL, 20MM MGCL2, 5MM DTT, 100MM MES PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.40 Å R-free 0.330
1L1O Structure of the human Replication Protein A (RPA) trimerization core 提交 2002-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 436–616（181 aa）片段：RPA70 C-terminal domain (residues 436-616) 链 F 436–616（181 aa）片段：RPA70 C-terminal domain (residues 436-616)	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；300 K；0.1 M Hepes, 9% glycerol, and 1.6 M ammonium sulfate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
2B29 N-terminal domain of the RPA70 subunit of human replication protein A. 提交 2005-09-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (Residues 1-120)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Ammonium Sulphate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.261
2B3G p53N (fragment 33-60) bound to RPA70N 提交 2005-09-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (Residues 1-120)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.9；298 K；Na3 Citrate, Hepes, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 7.90	分辨率 1.60 Å R-free 0.239
4IJH Fragment-based Discovery of Protein-Protein Interaction Inhibitors of Replication Protein A 提交 2012-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	1EJ 3-chloro-6-[3-(4-fluorophenyl)-5-sulfanyl-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-1-benzothiophene-2-carboxylic acid × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；100 mM MES, 200 mM calcium acetate, 15% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.189
4IJL Fragment-based Discovery of Protein-Protein Interaction Inhibitors of Replication Protein A 提交 2012-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	1EK {[5-(3-chloro-1-benzothiophen-2-yl)-4-phenyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl]sulfanyl}acetic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；100 mM MES, 200 calcium acetate, 15% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.233
4IPC Structure of the N-terminal domain of RPA70, E7R mutant 提交 2013-01-09	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E7R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 mM MES, 200 mM Calcium Acetate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.22 Å R-free 0.175
4IPD Structure of the N-terminal domain of RPA70, E100R mutant 提交 2013-01-09	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E100R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；100 mM BIS-TRIS, 2M ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.51 Å R-free 0.166
4IPG Structure of the N-terminal domain of RPA70, E7R, E100R mutant 提交 2013-01-09	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E7R, E100R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；100 mM Citrate, 200 mM NaCl, 30% PEG 8000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.58 Å R-free 0.201
4IPH Structure of N-terminal domain of RPA70 in complex with VU079104 inhibitor 提交 2013-01-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E7R	1FJ ~{N}-(2,3-dimethylphenyl)-7-oxidanylidene-12-sulfanylidene-5,11-dithia-1,8-diazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-2(6),3,9-triene-10-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 mM MES, 200 mM Calcium Acetate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.94 Å R-free 0.274
4LUO Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions 提交 2013-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：RPA70N (unp residues 1-120)	突变：E7R	1DZ 1-(3-methylphenyl)-5-phenyl-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.54 Å R-free 0.189
4LUV Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions 提交 2013-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：RPA70N (unp residues 1-120)	突变：E7R	1XS 5-(3-chloro-4-fluorophenyl)furan-2-carboxylic acid × 1 1DZ 1-(3-methylphenyl)-5-phenyl-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.40 Å R-free 0.170
4LUZ Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions 提交 2013-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：RPA70N (unp residues 1-120)	突变：E7R	1XT 5-(4-{[4-(5-carboxyfuran-2-yl)benzyl]oxy}phenyl)-1-(3-methylphenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4LW1 Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions 提交 2013-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：RPA70N (unp residues 1-120)	突变：E7R	1XS 5-(3-chloro-4-fluorophenyl)furan-2-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.63 Å R-free 0.210
4LWC Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions 提交 2013-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：RPA70N (unp residues 1-120)	突变：E7R	1XU 5-[3-chloro-4-({4-[1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazol-5-yl]benzyl}carbamothioyl)phenyl]furan-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.61 Å R-free 0.215
4NB3 Crystal structure of RPA70N in complex with a 3,4 dichlorophenylalanine ATRIP derived peptide 提交 2013-10-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E7R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；100 mM Bis-Tris, 200 mM ammonium acetate, 25% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.35 Å R-free 0.175
4NB3 Crystal structure of RPA70N in complex with a 3,4 dichlorophenylalanine ATRIP derived peptide 提交 2013-10-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–120（120 aa）	突变：E7R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；100 mM Bis-Tris, 200 mM ammonium acetate, 25% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.35 Å R-free 0.175
4O0A Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions 提交 2013-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain of Replication Protein A	突变：E7R	2P9 5-{4-[({[4-(5-carboxyfuran-2-yl)-2-chlorophenyl]carbonothioyl}amino)methyl]phenyl}-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.20 Å R-free 0.176
4R4C Structure of RPA70N in complex with 5-(4-((4-(5-carboxyfuran-2-yl)-2-chlorobenzamido)methyl)phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid 提交 2014-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	3HS 5-[4-({[4-(5-carboxyfuran-2-yl)-2-chlorobenzoyl]amino}methyl)phenyl]-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.40 Å R-free 0.189
4R4I Structure of RPA70N in complex with 5-(4-((6-(5-carboxyfuran-2-yl)-1-thioxo-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl)methyl)phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid 提交 2014-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	3HV 5-(4-{[6-(5-carboxyfuran-2-yl)-1-thioxo-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl]methyl}phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.40 Å R-free 0.191
4R4O Crystal structure of RPA70N in complex with 5-(4-((4-(5-carboxyfuran-2-yl)benzyl)carbamothioyl)phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid 提交 2014-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	3HW 5-(4-{[4-(5-carboxyfuran-2-yl)benzyl]carbamothioyl}phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；100 mM MES, 200 mM Calcium Acetate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.33 Å R-free 0.195
4R4Q Crystal structure of RPA70N in complex with 5-(3-((N-(4-(5-carboxyfuran-2-yl)benzyl)acetamido)methyl)phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid 提交 2014-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	3HZ 5-[4-({acetyl[4-(5-carboxyfuran-2-yl)benzyl]amino}methyl)phenyl]-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；100 mM MES, 200 mM Calcium Acetate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.35 Å R-free 0.188
4R4T Crystal Structure of RPA70N in complex with 5-(4-((4-(5-carboxyfuran-2-yl)phenylthioamido)methyl)phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid 提交 2014-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	3J0 5-{4-[({[4-(5-carboxyfuran-2-yl)phenyl]carbonothioyl}amino)methyl]phenyl}-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；100 mM MES, 200 mM Calcium Acetate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.28 Å R-free 0.175
5E7N Crystal Structure of RPA70N in complex with VU0085636 提交 2015-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：residues 1-120	突变：E7R	5KR 2-({3-[(4-bromophenyl)sulfamoyl]-4-methylbenzoyl}amino)benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 mM MES, 200 mM Calcium Acetate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.21 Å R-free 0.215
5EAY Crystal structure of a Dna2 peptide in complex with Rpa 70N 提交 2015-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 3–120（118 aa）片段：UNP residues 3-120 链 B 3–120（118 aa）片段：UNP residues 3-120 链 C 3–120（118 aa）片段：UNP residues 3-120 链 D 3–120（118 aa）片段：UNP residues 3-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；50 mM Tris-HCl, 35 % PEG 1500, 2 mM TCEP, pH 8.0	分辨率 1.55 Å R-free 0.267
5N85 Structure of RPA70N in complex with PrimPol (fragment 514-525) 提交 2017-02-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E7R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293.15 K；0.2 M Ammonium acetate 0.1 M Sodium acetate 4.5 20 % w/v PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
5N8A Structure of RPA70N in complex with PrimPol (fragment 480-560) 提交 2017-02-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E7R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；0.2M imidazole malate, 30% w/v PEG 4000	分辨率 1.28 Å R-free 0.178
7XUT Crystal structure of RPA70N-WRN fusion 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；20% PEG3350, 200 mM ammonium sulfate	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
7XUV Crystal structure of RPA70N-RMI1 fusion 提交 2022-05-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；278 K；30% PEG 2000 MME	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
7XUW Crystal structure of RPA70N-BLMp2 fusion 提交 2022-05-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；278 K；8% PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
7XV0 Crystal structure of RPA70N-BLMp1 fusion 提交 2022-05-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；278 K；2000 mM Ammonium sulfate	分辨率 1.50 Å R-free 0.200
7XV4 Crystal structure of RPA70N-ATRIP fusion 提交 2022-05-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；2400 mM ammonium sulfate	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
8JZV RPA70N-ETAA1 fusion 提交 2023-07-06	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, Ammonium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.200
8JZY RPA70N-RAD9 fusion 提交 2023-07-06	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, sodium phosphate	分辨率 1.50 Å R-free 0.200
8K00 RPA70N-MRE11 fusion 提交 2023-07-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Ammonium sulate	分辨率 1.40 Å R-free 0.199
8RK2 Human Replication protein A (RPA; trimeric core) - ssDNA complex 提交 2023-12-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–616（616 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9J1S Human replication protein A: RPA70 subunit N-terminal domain 提交 2024-08-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.0, 25% PEG 3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.230
9MJ5 Catalytic domain of human DNA polymerase alpha in complex with DNA and RPA 提交 2024-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 438–616（179 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9PD3 NER dual incision complex - DuIS 提交 2025-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric	链 N 1–616（616 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9PD4 NER dual incision complex - DuIM 提交 2025-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 N 1–616（616 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 41 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RFA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

DNA helicase B

Homo sapiens

UniProt Q8NG08

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 496–519	未记录	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit × 1 （P27694）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；20% PEG3350 200 mM Ammonium Acetate	分辨率 1.80 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HELB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–29； UniProt 496–519

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7xv1
沉积日期 deposition_date	2022-05-20
结构标题 title	Crystal structure of RPA70N-HelB fusion
关键词 keywords	RPA, RPA70N, HelB, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.28 Å
零角强度 I(0) i0	5232930.00
分子量 molecular_weight	16167.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20193 Å³
包络体积 envelope_volume	23085 Å³
水化壳体积 shell_volume	13484 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.4 Å
壳层 Rg shell_rg	20.30 Å
包络 Rg envelope_rg	14.64 Å
形状 Rg shape_rg	14.26 Å
总 Rg total_rg	15.50 Å
总原子数 total_atoms	1130
残基数 n_residues	146
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.2 Å
Rg (实空间) rg_real	15.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2330e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3530e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5233000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8859
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.060
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.400
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1387000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.979

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
分子量 formula_weight	13187.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1223

MVGQLSEGAIAAIMQKGDTNIKPILQVINIRPITTGNSPPRYRLLMSDGLNTLSSFMLATQLNPLVEEEQLSSNCVCQIHRFIVNTLKDGRRVVILMELEVLKSAEAVGVKIGNPVPYNE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA helicase B
分子量 formula_weight	3306.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GTSSGEEREVKKACEDFEQDQNASEEWIT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	93

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7xv1A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	50.333 Å
晶胞边长 b length_b	50.333 Å
晶胞边长 c length_c	126.481 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	24.680 Å
R 因子 r_factor	0.1977
R_work r_work	0.1967
R_free r_free	0.2158

fit	/app/data/saxs_computation/xv/7xv1/7xv1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xv/7xv1/7xv1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xv/7xv1/7xv1.dat

Crystal structure of RPA70N-HelB fusion

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA helicase B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)