7z1z

MVV strand transfer complex (STC) intasome in complex with LEDGF/p75 at 3.5 A resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 222.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pol polyprotein

Visna/maedi virus EV1 KV1772

UniProt P35956

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 6 PDB 声明:24-meric(24) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 821–1101 链 B; UniProt 821–1101 链 C; UniProt 821–1101 链 D; UniProt 821–1101 链 E; UniProt 821–1101 链 F; UniProt 821–1101 链 G; UniProt 821–1101 链 H; UniProt 821–1101 链 I; UniProt 821–1101 链 J; UniProt 821–1101 链 K; UniProt 821–1101 链 L; UniProt 821–1101 链 M; UniProt 821–1101 链 N; UniProt 821–1101 链 O; UniProt 821–1101 链 P; UniProt 821–1101 片段:UNP residues 821-1101 PC4 and SFRS1-interacting protein × 2 (O75475) ;DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*G)-3') ; × 2 DNA (37-MER) × 2 ;DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3') ; × 2 ZN ZINC ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.5;310 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POL_VILVK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 B; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 C; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 D; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 E; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 F; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 G; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 H; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 I; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 J; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 K; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 L; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 M; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 N; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 O; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101 作者链 P; PDB构建体 1–281; UniProt 821–1101

PC4 and SFRS1-interacting protein

Homo sapiens

UniProt O75475

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 6 PDB 声明:24-meric(24) 与全部聚合物数一致 链 Q; UniProt 347–435 链 R; UniProt 347–435 未记录 Pol polyprotein × 16 (P35956) ;DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*G)-3') ; × 2 DNA (37-MER) × 2 ;DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3') ; × 2 ZN ZINC ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.5;310 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSIP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–89; UniProt 347–435 作者链 R; PDB构建体 1–89; UniProt 347–435

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7z1z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7z1z
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7z1z
沉积日期 deposition_date2022-02-25
结构标题 titleMVV strand transfer complex (STC) intasome in complex with LEDGF/p75 at 3.5 A resolution
关键词 keywordsIntasome, Integrase, MVV, Lentivirus, HIV, strand transfer complex, LEDGF, IBD, DNA, integration, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier63.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron64.43
零角强度 I(0) i04026800000.00
分子量 molecular_weight507990.0 kDa
排除体积 excluded_volume624370 ų
包络体积 envelope_volume1061400 ų
水化壳体积 shell_volume137380 ų
包络直径 envelope_diameter211.5
壳层 Rg shell_rg65.31
包络 Rg envelope_rg62.16
形状 Rg shape_rg64.50
总 Rg total_rg64.22
总原子数 total_atoms35605
残基数 n_residues4171
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax222.0
Rg (实空间) rg_real63.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.65
I(0) (实空间) i0_real4.0280e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.8210e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal63.15
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4027000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8659
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary79.9
偏度 Skewness skewness0.337
峰度 Kurtosis kurtosis-0.352
角度范围 angular_range— – 0.1250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0387
最高正则化参数 α highest_alpha433400000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.870

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id7z1zA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zF02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral
结构域编号 domain_id7z1zG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zI01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zJ01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zK01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zL01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zM01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zN01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zN02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral
结构域编号 domain_id7z1zO01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id7z1zQ01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70
结构域编号 domain_id7z1zR01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)