SAXSdb — 7z4o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

Influenza A virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （A0A024E3M6） Polymerase basic protein 2 × 1 （X5F427） SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP-PRO-SER-TYR-SER × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPUPAPGPUPAPAPCPAPAPG)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （A0A024E3M6） Polymerase basic protein 2 × 1 （X5F427） SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP-PRO-SER-TYR-SER × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPUPAPGPUPAPAPCPAPAPG)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M9TI86_9INFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AAA； PDB构建体 2–517； UniProt 201–716 作者链 DDD； PDB构建体 2–517； UniProt 201–716

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

Influenza A virus

UniProt A0A024E3M6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Polymerase acidic protein × 1 （M9TI86） Polymerase basic protein 2 × 1 （X5F427） SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP-PRO-SER-TYR-SER × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPUPAPGPUPAPAPCPAPAPG)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Polymerase acidic protein × 1 （M9TI86） Polymerase basic protein 2 × 1 （X5F427） SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP-PRO-SER-TYR-SER × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPUPAPGPUPAPAPCPAPAPG)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A024E3M6_9INFA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 BBB； PDB构建体 1–757； UniProt 1–757 作者链 EEE； PDB构建体 1–757； UniProt 1–757

Polymerase basic protein 2

Influenza A virus

UniProt X5F427

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Polymerase acidic protein × 1 （M9TI86） RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （A0A024E3M6） SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP-PRO-SER-TYR-SER × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPUPAPGPUPAPAPCPAPAPG)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Polymerase acidic protein × 1 （M9TI86） RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （A0A024E3M6） SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP-PRO-SER-TYR-SER × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPUPAPGPUPAPAPCPAPAPG)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	X5F427_9INFA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 CCC； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 FFF； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7z4o
沉积日期 deposition_date	2022-03-04
结构标题 title	Influenza A/H7N9 polymerase core dimer with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2A
关键词 keywords	Influenza RNA-dependent RNA polymerase, transcription, cap-snatching, Pol II CTD, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7z4o__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7z4o__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7z4o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.79 Å
Rg（电子密度）	33.01 Å
总 Rg	33.59 Å
原子数	9976
残基数	1226
排除体积	176720 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7z4o__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7z4o__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase acidic protein
分子量 formula_weight	59383.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,DDD
原子数 atom_count	19969

MIEERFEITGTMRRLADQSLPPNFSSLENFRAYVDGFEPNGCIEGKLSQMSKEVNARIEPFLRTTPRPLRLPDGPPCSQRSKFLLMDALKLSIEDPSHEGEGIPLYDAIKCMKTFFGWKEPNIIKPHEKGINPNYLLTWKQVLAELQDIENEEKIPRTKNMKKTSQLKWALGENMAPEKVDFEDCKDVNDLKQYDSDEPEPRSLACWIQSEFNKACELTDSSWVELDEIGEDVAPIEHIASMRRNYFTAEVSHCRATEYIMKGVYINTALLNASCAAMDDFQLIPMISKCRTKEGRRKTNLYGFIIKGRSHLRNDTDVVNFVSMEFSLTDPRLEPHKWEKYCVLEIGDMLLRTAVGQVSRPMFLYVRTNGTSKIKMKWGMEMRRCLLQSLQQIESMIEAESSVKEKDLTKEFFENKSETWPIGESPKGVEEGSIGKVCRTLLAKSVFNSLYASPQLEGFSAESRKLLLIVQALRDNLEPGTFDLEGLYEAIEECLINDPWVLLNASWFNSFLTHALR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子量 formula_weight	86496.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BBB,EEE

MDVNPTLLFLKVPVQNAISTTFPYTGDPPYSHGTGTGYTMDTVNRTHKYSEKGKWTTNTETGAPQLNPIDGPLPEDNEPSGYAQTDCVLEAMAFLEESHPGIFENSCLETMEIVQQTRVDKLTQGRQTYDWTLNRNQPAATALANTIEVFRSNGLTANESGRLIDFLKDVMDSMDKEEMEITTHFQRKRRVRDNMTKKMVTQRTIGKKKQRLNKRSYLIRALTLNTMTKDAERGKLKRRAIATPGMQIRGFVYFVEALARSICEKLEQSGLPVGGNEKKAKLANVVRKMMTNSQDTELSFTITGDNTKWNENQNPRMFLAMITYITRNQPEWFRNVLSIAPIMFSNKMARLGKGYMFESKSMKLRTQVPAEMLANIDLKYFNKSTREKIEKIRPLLIDGTASLSPGMMMGMFNMLSTVLGVSILNLGQKKYTKTTYWWDGLQSSDDFALIVNAPNHEGIQAGVDRFYRTCKLVGINMSKKKSYINRTGTFEFTSFFYRYGFVANFSMELPSFGVSGINESADMSVGVTVIKNNMINNDLGPATAQMALQLFIKDYRYTYRCHRGDTQIQTRRAFELKKLWEQTRSKAGLLVSDGGPNLYNIRNLHIPEVCLKWELMDEDYQGRLCNPMNPFVSHKEIDSVNNAVVMPAHGPAKSMEYDAVATTHSWIPKRNRSILNTSQRGILEDEQMYQKCCNLFEKFFPSSSYRRPVGISSMVEAMVSRARIDARIDFESGRIKKEEFAEIMKICSTIEELRRQK

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polymerase basic protein 2
分子量 formula_weight	17453.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	CCC,FFF

MERIKELRDLMSQSRTREILTKTTVDHMAIIKKYTSGRQEKNPALRMKWMMAMKYPITADKRIMEMIPERNEQGQTLWSKTNDAGSDRVMVSPLAVTWWNRNGPTTSTVHYPKVYKTYFEKVERLKHGSGSENLYFQGSHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP-PRO-SER-TYR-SER
分子量 formula_weight	3216.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	JJJ,KKK

YSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPS

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPGPUPAPGPUPAPAPCPAPAPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3883.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	UUU,VVV

AGUAGUAACAAG

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	76.474 Å
晶胞边长 b length_b	144.131 Å
晶胞边长 c length_c	336.197 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.412 Å
最低分辨率 resolution_low	49.211 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2201
R_free r_free	0.2728

Influenza A/H7N9 polymerase core dimer with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polymerase basic protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7z4o__assembly_1__model_1

7z4o__assembly_1__model_1 | I(q)

7z4o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Influenza A/H7N9 polymerase core dimer with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polymerase basic protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7z4o__assembly_1__model_1

7z4o__assembly_1__model_1 | I(q)

7z4o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)