7z6q

Cryo-EM structure of the whole photosynthetic complex from the green sulfur bacteria

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem P840 reaction center, large subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein × 1 （Q8KAY1） Cytochrome c × 2 （O07091） P840 reaction center 17 kDa protein × 1 （Q8KEP5） Bacteriochlorophyll a protein × 6 （Q46393） Bacteriochlorophyll A isomer × 2 CHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 72 ;[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate ; × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 ;[(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-propyl] hexadecanoate ; × 2 CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8KAY0_CHLTE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–731； UniProt 1–731 作者链 a； PDB构建体 1–731； UniProt 1–731

Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein

物种未注明

UniProt Q8KAY1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Photosystem P840 reaction center, large subunit × 2 （Q8KAY0） Cytochrome c × 2 （O07091） P840 reaction center 17 kDa protein × 1 （Q8KEP5） Bacteriochlorophyll a protein × 6 （Q46393） Bacteriochlorophyll A isomer × 2 CHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 72 ;[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate ; × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 ;[(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-propyl] hexadecanoate ; × 2 CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8KAY1_CHLTE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231

Cytochrome c

物种未注明

UniProt O07091

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Photosystem P840 reaction center, large subunit × 2 （Q8KAY0） Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein × 1 （Q8KAY1） P840 reaction center 17 kDa protein × 1 （Q8KEP5） Bacteriochlorophyll a protein × 6 （Q46393） Bacteriochlorophyll A isomer × 2 CHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 72 ;[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate ; × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 ;[(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-propyl] hexadecanoate ; × 2 CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY551_CHLTE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206 作者链 c； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206

P840 reaction center 17 kDa protein

物种未注明

UniProt Q8KEP5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Photosystem P840 reaction center, large subunit × 2 （Q8KAY0） Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein × 1 （Q8KAY1） Cytochrome c × 2 （O07091） Bacteriochlorophyll a protein × 6 （Q46393） Bacteriochlorophyll A isomer × 2 CHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 72 ;[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate ; × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 ;[(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-propyl] hexadecanoate ; × 2 CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSCD_CHLTE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–143； UniProt 1–143

Bacteriochlorophyll a protein

物种未注明

UniProt Q46393

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Photosystem P840 reaction center, large subunit × 2 （Q8KAY0） Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein × 1 （Q8KAY1） Cytochrome c × 2 （O07091） P840 reaction center 17 kDa protein × 1 （Q8KEP5） Bacteriochlorophyll A isomer × 2 CHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 72 ;[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate ; × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 ;[(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-propyl] hexadecanoate ; × 2 CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BCPA_CHLTE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366 作者链 F； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366 作者链 G； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366 作者链 H； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366 作者链 I； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366 作者链 J； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7z6q
沉积日期 deposition_date	2022-03-14
结构标题 title	Cryo-EM structure of the whole photosynthetic complex from the green sulfur bacteria
关键词 keywords	;reaction centre, electron transport, energy transfer, green sulfur bacterium, membrane protein, light-harvesting protein complex, PHOTOSYNTHESIS ;; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7z6q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7z6q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7z6q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	56.41 Å
Rg（电子密度）	55.87 Å
总 Rg	55.86 Å
原子数	36087
残基数	3956
排除体积	660240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7z6q__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem P840 reaction center, large subunit
分子量 formula_weight	81784.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a
原子数 atom_count	36557

MAEQVKPAGVKPKGTVPPPKGNAPAPKANGAPGGASVIKEQDAAKMRRFLFQRTETRSTKWYQIFDTEKLDDEQVVGGHLALLGVLGFIMGIYYISGIQVFPWGAPGFHDNWFYLTIKPRMVSLGIDTYSTKTADLEAAGARLLGWAAFHFLVGSVLIFGGWRHWTHNLTNPFTGRCGNFRDFRFLGKFGDVVFNGTSAKSYKEALGPHAVYMSLLFLGWGIVMWAILGFAPIPDFQTINSETFMSFVFAVIFFALGIYWWNNPPNAAIHLNDDMKAAFSVHLTAIGYINIALGCIAFVAFQQPSFAPYYKELDKLVFYLYGEPFNRVSFNFVEQGGKVISGAKEFADFPAYAILPKSGEAFGMARVVTNLIVFNHIICGVLYVFAGVYHGGQYLLKIQLNGMYNQIKSIWITKGRDQEVQVKILGTVMALCFATMLSVYAVIVWNTICELNIFGTNITMSFYWLKPLPIFQWMFADPSINDWVMAHVITAGSLFSLIALVRIAFFAHTSPLWDDLGLKKNSYSFPCLGPVYGGTCGVSIQDQLWFAMLWGIKGLSAVCWYIDGAWIASMMYGVPAADAKAWDSIAHLHHHYTSGIFYYFWTETVTIFSSSHLSTILMIGHLVWFISFAVWFEDRGSRLEGADIQTRTIRWLGKKFLNRDVNFRFPVLTISDSKLAGTFLYFGGTFMLVFLFLANGFYQTNSPLPPPVSHAAVSGQQMLAQLVDTLMKMIA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
分子量 formula_weight	23540.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAEPVENKNQAPAPGAKVPPKGAPAAPKAGAPAAPKGPVAPKAGAPAAKTGASAAKQAGKPRLASLGVTLGRSGVRQESALPYVKPKAVPPPKPAAPAAKGAPAPKGAPAAPAAKAAPGAPVAKAAPKAKKHYFIIENLCVGCGLCLDKCPPKVNAIGYKFYGDVQEGGFRCYIDQAACISCSACFSGDECPSGALIEVLPDGEVLDFSYTPPERLDFDLRFLHRFHREAR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome c
分子量 formula_weight	22741.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MDKNSNGKLIALAVGGAVLMGALFFSVSFLTGYIPAPNHSAILTPLRSFMGWFLLIFCASIIIMGLGKMSSAISDKWFLSFPLSIFVIVMVMFLSLRVYWEKGRTTTVDGKYIRTTAELKEFLNKPAATSDVPPAPAGFDFDAAKKLVDVRCNKCHTLDSVADLFRTKYKKTGQVNLIVKRMQGFPGSGISDDDAKTIGIWLHEKF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	P840 reaction center 17 kDa protein
分子量 formula_weight	16633.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MQPQLSRPQTASNQVRKAVSGPWSGNAVHKAEKYFITSAKRDRDGKLQIELVPASGRRKLSPTPEMIRRLIDGEIEIYILTTQPDIAIDMNKEIIDMENRYVIDFDKRGVKWTMREIPVFYHEGKGLCVELHNKIYTLDQFFK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Bacteriochlorophyll a protein
分子量 formula_weight	40343.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,I,J

MALFGSNDVTTAHSDYEIVLEGGSSSWGKVKARAKVNAPPASPLLPADCDVKLNVKPLDPAKGFVRISAVFESIVDSTKNKLTIEADIANETKERRISVGEGMVSVGDFSHTFSFEGSVVNLFYYRSDAVRRNVPNPIYMQGRQFHDILMKVPLDNNDLIDTWEGTVKAIGSTGAFNDWIRDFWFIGPAFTALNEGGQRISRIEVNGLNTESGPKGPVGVSRWRFSHGGSGMVDSISRWAELFPSDKLNRPAQVEAGFRSDSQGIEVKVDGEFPGVSVDAGGGLRRILNHPLIPLVHHGMVGKFNNFNVDAQLKVVLPKGYKIRYAAPQYRSQNLEEYRWSGGAYARWVEHVCKGGVGQFEILYAQ

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	Bacteriochlorophyll A isomer
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	72

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate ;
分子量 formula_weight	895.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	;[(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-propyl] hexadecanoate ;
分子量 formula_weight	731.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 14 Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	481095

Cryo-EM structure of the whole photosynthetic complex from the green sulfur bacteria

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem P840 reaction center, large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

P840 reaction center 17 kDa protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Bacteriochlorophyll a protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7z6q__assembly_1__model_1

7z6q__assembly_1__model_1 | I(q)

7z6q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

7. 引用文献 (1)