7znj

Structure of an ALYREF-exon junction complex hexamer

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic initiation factor 4A-III, N-terminally processed

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 24 RNA 6	Protein mago nashi homolog × 6 （P61326） RNA-binding protein 8A × 6 （Q9Y5S9） Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,THO complex subunit 4 × 6 （P0AEY0,Q86V81） RNA × 6 MAGNESIUM ION × 6 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF4A3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–382； UniProt 23–404 作者链 F； PDB构建体 1–382； UniProt 23–404 作者链 K； PDB构建体 1–382； UniProt 23–404 作者链 a； PDB构建体 1–382； UniProt 23–404 作者链 f； PDB构建体 1–382； UniProt 23–404 作者链 k； PDB构建体 1–382； UniProt 23–404

Protein mago nashi homolog

Homo sapiens

UniProt P61326

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 24 RNA 6	Eukaryotic initiation factor 4A-III, N-terminally processed × 6 （P38919） RNA-binding protein 8A × 6 （Q9Y5S9） Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,THO complex subunit 4 × 6 （P0AEY0,Q86V81） RNA × 6 MAGNESIUM ION × 6 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MGN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146 作者链 G； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146 作者链 L； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146 作者链 b； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146 作者链 g； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146 作者链 l； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

RNA-binding protein 8A

Homo sapiens

UniProt Q9Y5S9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 24 RNA 6	Eukaryotic initiation factor 4A-III, N-terminally processed × 6 （P38919） Protein mago nashi homolog × 6 （P61326） Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,THO complex subunit 4 × 6 （P0AEY0,Q86V81） RNA × 6 MAGNESIUM ION × 6 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBM8A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–91； UniProt 65–155 作者链 H； PDB构建体 1–91； UniProt 65–155 作者链 M； PDB构建体 1–91； UniProt 65–155 作者链 c； PDB构建体 1–91； UniProt 65–155 作者链 h； PDB构建体 1–91； UniProt 65–155 作者链 m； PDB构建体 1–91； UniProt 65–155

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,THO complex subunit 4

Homo sapiens

UniProt P0AEY0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 24 RNA 6	Eukaryotic initiation factor 4A-III, N-terminally processed × 6 （P38919） Protein mago nashi homolog × 6 （P61326） RNA-binding protein 8A × 6 （Q9Y5S9） RNA × 6 MAGNESIUM ION × 6 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MALE_ECO57
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 15–384； UniProt 23–392 作者链 I； PDB构建体 15–384； UniProt 23–392 作者链 N； PDB构建体 15–384； UniProt 23–392 作者链 d； PDB构建体 15–384； UniProt 23–392 作者链 i； PDB构建体 15–384； UniProt 23–392 作者链 n； PDB构建体 15–384； UniProt 23–392

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,THO complex subunit 4

Homo sapiens

UniProt Q86V81

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 24 RNA 6	Eukaryotic initiation factor 4A-III, N-terminally processed × 6 （P38919） Protein mago nashi homolog × 6 （P61326） RNA-binding protein 8A × 6 （Q9Y5S9） RNA × 6 MAGNESIUM ION × 6 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THOC4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 401–527； UniProt 56–182 作者链 I； PDB构建体 401–527； UniProt 56–182 作者链 N； PDB构建体 401–527； UniProt 56–182 作者链 d； PDB构建体 401–527； UniProt 56–182 作者链 i； PDB构建体 401–527； UniProt 56–182 作者链 n； PDB构建体 401–527； UniProt 56–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7znj
沉积日期 deposition_date	2022-04-21
结构标题 title	Structure of an ALYREF-exon junction complex hexamer
关键词 keywords	transcription-exort complex, TREX, splicing, exon junction complex, EJC, RNA export, RNA binding proteins, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7znj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7znj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7znj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.85 Å
Rg（电子密度）	60.01 Å
总 Rg	60.17 Å
原子数	35088
残基数	4278
排除体积	622270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7znj__assembly_1__model_1`	30-meric （30）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Eukaryotic initiation factor 4A-III, N-terminally processed
分子量 formula_weight	43819.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a,F,f,K,k
原子数 atom_count	35088

MTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein mago nashi homolog
分子量 formula_weight	17189.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b,G,g,L,l

MESDFYLRYYVGHKGKFGHEFLEFEFRPDGKLRYANNSNYKNDVMIRKEAYVHKSVMEELKRIIDDSEITKEDDALWPPPDRVGRQELEIVIGDEHISFTTSKIGSLIDVNQSKDPEGLRVFYYLVQDLKCLVFSLIGLHFKIKPI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA-binding protein 8A
分子量 formula_weight	10370.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c,H,h,M,m

GPQRSVEGWILFVTGVHEEATEEDIHDKFAEYGEIKNIHLNLDRRTGYLKGYTLVEYETYKEAQAAMEGLNGQDLMGQPISVDWCFVRGPP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,THO complex subunit 4
分子量 formula_weight	57598.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d,I,i,N,n

MQLSHHHHHHHHHHSSGMKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTSSGLEVLFQGPGSSGIRNRPAIARGAAGGGGRNRPAPYSRPKQLPDKWQHDLFDSGFGGGAGVETGGKLLVSNLDFGVSDADIQELFAEFGTLKKAAVHYDRSGRSLGTADVHFERKADALKAMKQYNGVPLDGRPMNIQLVT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA
分子量 formula_weight	1792.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E,e,J,j,O,o

UUUUUU

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	7znjA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7znjA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7znjF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7znjF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7znjK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7znjK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7znja01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7znja02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7znjf01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7znjf02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7znjk01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7znjk02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1564602

Structure of an ALYREF-exon junction complex hexamer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic initiation factor 4A-III, N-terminally processed

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein mago nashi homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA-binding protein 8A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,THO complex subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,THO complex subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7znj__assembly_1__model_1

7znj__assembly_1__model_1 | I(q)

7znj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)