7zvv

Crystal Structure of Unlinked NS2B-NS3 Protease from Zika Virus in Complex with Inhibitor MI-2196

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B

Zika virus

UniProt Q32ZE1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1414–1464 链 B; UniProt 1499–1675 未记录 V7T (2R)-6-azanyl-2-carbamimidamido-hexanoic acid × 1 ZAL 3-cyclohexyl-D-alanine × 1 V8N 2-[3-(aminomethyl)phenyl]ethanoic acid × 1 4CF 4-cyano-L-phenylalanine × 1 3CF 3-cyano-L-phenylalanine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.6;293 K;0.1 M sodium acetate pH 4.6 0.2 M ammonium sulfate 18% PEG2000 分辨率 1.75 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 263 个其他 PDB 条目、302 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_ZIKV
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–53; UniProt 1414–1464 作者链 B; PDB构建体 2–178; UniProt 1499–1675

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7zvv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7zvv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7zvv
沉积日期 deposition_date2022-05-17
结构标题 titleCrystal Structure of Unlinked NS2B-NS3 Protease from Zika Virus in Complex with Inhibitor MI-2196
关键词 keywordsFLAVIVIRIN, SERINE PROTEASE, VIRAL PROTEIN, NS2B-NS3, ZIKA VIRUS; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.79
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.55
零角强度 I(0) i07958440.00
分子量 molecular_weight20577.0 kDa
排除体积 excluded_volume25641 ų
包络体积 envelope_volume28544 ų
水化壳体积 shell_volume15254 ų
包络直径 envelope_diameter54.2
壳层 Rg shell_rg21.73
包络 Rg envelope_rg15.94
形状 Rg shape_rg15.54
总 Rg total_rg16.63
总原子数 total_atoms1453
残基数 n_residues193
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.0
Rg (实空间) rg_real16.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.06
I(0) (实空间) i0_real7.6960e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.6900e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7958000.0000
解质量估计 total_estimate0.7100
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary20.8
偏度 Skewness skewness0.166
峰度 Kurtosis kurtosis-0.375
角度范围 angular_range— – 0.4750 −1
当前正则化参数 α current_alpha11.2800
最高正则化参数 α highest_alpha1816000.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 0.922; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.658

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)