SAXSdb — 8a0e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Deoxyhypusine synthase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Eukaryotic translation initiation factor 5A × 1 （A0A2Y9EFS4） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 SPERMIDINE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHYS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–371； UniProt 1–369 作者链 B； PDB构建体 3–371； UniProt 1–369 作者链 C； PDB构建体 3–371； UniProt 1–369 作者链 D； PDB构建体 3–371； UniProt 1–369

Eukaryotic translation initiation factor 5A

Homo sapiens

UniProt A0A2Y9EFS4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Deoxyhypusine synthase × 2 （P49366） Deoxyhypusine synthase × 2 （P49366） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 SPERMIDINE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2Y9EFS4_PHYMC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–156； UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8a0e
沉积日期 deposition_date	2022-05-27
结构标题 title	CryoEM structure of DHS-eIF5A1 complex
关键词 keywords	Hypusination, transferase, posttranslational modification; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8a0e__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8a0e__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8a0e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.79 Å
Rg（电子密度）	36.44 Å
总 Rg	36.95 Å
原子数	12069
残基数	1524
排除体积	214690 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8a0e__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Deoxyhypusine synthase
分子量 formula_weight	41098.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.46
突变 mutation	K329A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12082

GSMEGSLEREAPAGALAAVLKHSSTLPPESTQVRGYDFNRGVNYRALLEAFGTTGFQATNFGRAVQQVNAMIEKKLEPLSQDEDQHADLTQSRRPLTSCTIFLGYTSNLISSGIRETIRYLVQHNMVDVLVTTAGGVEEDLIKCLAPTYLGEFSLRGKELRENGINRIGNLLVPNENYCKFEDWLMPILDQMVMEQNTEGVKWTPSKMIARLGKEINNPESVYYWAQKNHIPVFSPALTDGSLGDMIFFHSYKNPGLVLDIVEDLRLINTQAIFAKCTGMIILGGGVVKHHIANANLMRNGADYAVYINTAQEFDGSDSGARPDEAVSWGAIRVDAQPVKVYADASLVFPLLVAETFAQKMDAFMHEKNED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Deoxyhypusine synthase
分子量 formula_weight	41130.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.46
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSMEGSLEREAPAGALAAVLKHSSTLPPESTQVRGYDFNRGVNYRALLEAFGTTGFQATNFGRAVQQVNAMIEKKLEPLSQDEDQHADLTQSRRPLTSCTIFLGYTSNLISSGIRETIRYLVQHNMVDVLVTTAGGVEEDLIKCLAPTYLGEFSLRGKELRENGINRIGNLLVPNENYCKFEDWLMPILDQMVMEQNTEGVKWTPSKMIARLGKEINNPESVYYWAQKNHIPVFSPALTDGSLGDMIFFHSYKNPGLVLDIVEDLRLINTQAIFAKCTGMIILGGGVVKHHIANANLMRNGADYAVYINTAQEFDGSDSGARPDEAVSWGAIRVDAQPVKVYADASLVFPLLVAETFAQKMDAFMHEKNED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 5A
分子量 formula_weight	16998.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GSMADDLDFETGDAGASATFPMQCSALRKNGFVVLKGRPCKIVEMSTSKTGKHGHAKVHLVGIDIFTGKKYEDICPSTHNMDVPNIKRNDFQLIGIQDGYLSLLQDSGEVREDLRLPEGDLGKEIEQKYDCGEEILITVLSAMTEEAAVAIKAMAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SPERMIDINE
分子量 formula_weight	145.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8a0eA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	910 — Deoxyhypusine Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyhypusine synthase

结构域编号 domain_id	8a0eB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	910 — Deoxyhypusine Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyhypusine synthase

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	490582

CryoEM structure of DHS-eIF5A1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Deoxyhypusine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Eukaryotic translation initiation factor 5A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8a0e__assembly_1__model_1

8a0e__assembly_1__model_1 | I(q)

8a0e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of DHS-eIF5A1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Deoxyhypusine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Eukaryotic translation initiation factor 5A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8a0e__assembly_1__model_1

8a0e__assembly_1__model_1 | I(q)

8a0e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)