SAXSdb — 8aas

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication factor A

Pyrococcus abyssi GE5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 1	RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination × 1 （Q9V1Z1） RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination × 1 （Q9V1Z0） ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ; × 1 ZINC ION × 1 CALCIUM ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G8ZHS0_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–295； UniProt 64–358

RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination

Pyrococcus abyssi GE5

UniProt Q9V1Z1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 1	Replication factor A × 1 （G8ZHS0） RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination × 1 （Q9V1Z0） ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ; × 1 ZINC ION × 1 CALCIUM ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9V1Z1_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–183； UniProt 6–186

RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination

Pyrococcus abyssi GE5

UniProt Q9V1Z0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 1	Replication factor A × 1 （G8ZHS0） RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination × 1 （Q9V1Z1） ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ; × 1 ZINC ION × 1 CALCIUM ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9V1Z0_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 7–122； UniProt 2–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8aas
沉积日期 deposition_date	2022-07-01
结构标题 title	Crystal structure of the Pyrococcus abyssi RPA trimerization core bound to poly-dT20 ssDNA
关键词 keywords	Replication protein A, ssDNA-Binding protein, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8aas__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8aas__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8aas__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.39 Å
Rg（电子密度）	25.36 Å
总 Rg	26.20 Å
原子数	4057
残基数	478
排除体积	72467 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8aas__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Replication factor A
分子量 formula_weight	33756.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4057

MRISELYPGMDPREVNVVGRVLKKYPPREYTRKDGSVGRVASLIIYDDSGRARVVLWDAKVSEYYNKIEVGDVIKVLDAQVKESLSGLPELHINFRARIILNPDDPRVEMIPPLEEVRVATYTRKKIKDIEAGDRFVEVRGTIAKVYRVLTYDACPECKKKVDYDEGLGVWICPEHGEVQPIKMTILDFGLDDGTGYIRVTLFGDDAEELLGVSPEEIAEKIKELEESGLTTKEAARKLAEDEFYNIIGREIVVRGNVIEDRFLGLILRASSWEDVDYRREIERIKEELEKLGVM

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus abyssi GE5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
分子量 formula_weight	21277.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSKKRMPATRLYIKDILEGYFVKSEGDFEPNYLITKYARKVYRAKIVGTVVREPLIAEDETYGKFQVDDGTGVIWVLGFRDDTKFAKLVRKGDLVQVIGKIAEWRDDKQILVEGVSKVHPNMWILHRYETLKEKIEHIKKAKIALEIYNQYGITAKSKVIAKNKGIEEELLEVIDELYGIMME

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus abyssi GE5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
分子量 formula_weight	14008.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GTGDGSEVQVRRRKPAVERKISEIREEDTRVSLIGRVIKVDKMDYMFWLDDGTGVAIIESESDLPKVGQVVRVIGRIIRNEEGIHIYAEVIQDFSDADLEALEEIRELERKLLPRLEGEIVW

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus abyssi GE5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6038.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8aasC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

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晶胞边长 a length_a	75.234 Å
晶胞边长 b length_b	75.234 Å
晶胞边长 c length_c	215.487 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	48.260 Å
R 因子 r_factor	0.2655
R_work r_work	0.2641
R_free r_free	0.2933

Crystal structure of the Pyrococcus abyssi RPA trimerization core bound to poly-dT20 ssDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication factor A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8aas__assembly_1__model_1

8aas__assembly_1__model_1 | I(q)

8aas__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Pyrococcus abyssi RPA trimerization core bound to poly-dT20 ssDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication factor A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8aas__assembly_1__model_1

8aas__assembly_1__model_1 | I(q)

8aas__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)