8asn

Crystal structure of the apo human TTL in complex with tubulin-stathmin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

物种未注明

UniProt P81947

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Tubulin beta-2B chain × 2 （Q6B856） Stathmin-4 × 1 （P63043） Tubulin--tyrosine ligase × 4 （Q8NG68） MAGNESIUM ION × 4 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 4 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBA1B_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 C； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451

Tubulin beta-2B chain

物种未注明

UniProt Q6B856

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Tubulin alpha-1B chain × 2 （P81947） Stathmin-4 × 1 （P63043） Tubulin--tyrosine ligase × 4 （Q8NG68） MAGNESIUM ION × 4 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 4 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBB2B_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 D； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

Stathmin-4

Rattus norvegicus

UniProt P63043

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Tubulin alpha-1B chain × 2 （P81947） Tubulin beta-2B chain × 2 （Q6B856） Tubulin--tyrosine ligase × 4 （Q8NG68） MAGNESIUM ION × 4 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 4 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STMN4_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–143； UniProt 49–189

Tubulin--tyrosine ligase

Homo sapiens

UniProt Q8NG68

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Tubulin alpha-1B chain × 2 （P81947） Tubulin beta-2B chain × 2 （Q6B856） Stathmin-4 × 1 （P63043） MAGNESIUM ION × 4 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 4 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TTL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 2–377； UniProt 2–377 作者链 G； PDB构建体 2–377； UniProt 2–377 作者链 H； PDB构建体 2–377； UniProt 2–377 作者链 I； PDB构建体 2–377； UniProt 2–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8asn
沉积日期 deposition_date	2022-08-19
结构标题 title	Crystal structure of the apo human TTL in complex with tubulin-stathmin
关键词 keywords	cytoskeleton, tubulin tyrosine ligase, carbon-nitrogen bonds, amino-acid ligase, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8asn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8asn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8asn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	59.44 Å
Rg（电子密度）	60.09 Å
总 Rg	59.95 Å
原子数	25695
残基数	3178
排除体积	455270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8asn__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin alpha-1B chain
分子量 formula_weight	50204.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	26206

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin beta-2B chain
分子量 formula_weight	49999.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEATGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVMPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDSKNMMAACDPRHGRYLTVAAIFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEEGEDEA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Stathmin-4
分子量 formula_weight	16883.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MADMEVIELNKCTSGQSWEVILKPPSFDGVPEFNASLPRRRDPSLEEIQKKLEAAEERRKYQEAELLKHLAEKREHEREVIQKAIEENNNFIKMAKEKLAQKMESNKENREAHLAAMLERLQEKDKHAEEVRKNKELKEEASR

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Tubulin--tyrosine ligase
分子量 formula_weight	43984.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.25
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H,I

GYTFVVRDENSSVYAEVSRLLLATGHWKRLRRDNPRFNLMLGERNRLPFGRLGHEPGLVQLVNYYRGADKLCRKASLVKLIKTSPELAESCTWFPESYVIYPTNLKTPVAPAQNGIQPPISNSRTDEREFFLASYNRKKEDGEGNVWIAKSSAGAKGEGILISSEASELLDFIDNQGQVHVIQKYLEHPLLLEPGHRKFDIRSWVLVDHQYNIYLYREGVLRTASEPYHVDNFQDKTCHLTNHCIQKEYSKNYGKYEEGNEMFFKEFNQYLTSALNITLESSILLQIKHIIRNCLLSVEPAISTKHLPYQSFQLFGFDFMVDEELKVWLIEVNGAPACAQKLYAELCQGIVDIAISSVFPPPDVEQPQTQPAAFIKLENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	458

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	8asnA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	8asnA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8asnB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	8asnB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8asnB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	8asnC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	8asnC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8asnD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	8asnF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP-grasp fold, B domain

结构域编号 domain_id	8asnG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11480 —

结构域编号 domain_id	8asnG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP-grasp fold, B domain

结构域编号 domain_id	8asnH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11480 —

结构域编号 domain_id	8asnH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP-grasp fold, B domain

结构域编号 domain_id	8asnI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11480 —

结构域编号 domain_id	8asnI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP-grasp fold, B domain

▶

晶胞边长 a length_a	82.553 Å
晶胞边长 b length_b	199.636 Å
晶胞边长 c length_c	134.669 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.571 Å
最低分辨率 resolution_low	133.660 Å
R 因子 r_factor	0.2443
R_work r_work	0.2428
R_free r_free	0.2731

Crystal structure of the apo human TTL in complex with tubulin-stathmin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tubulin beta-2B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Stathmin-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tubulin--tyrosine ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8asn__assembly_1__model_1

8asn__assembly_1__model_1 | I(q)

8asn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)