SAXSdb — 8b8i

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptotagmin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–60	未记录	Nanobody (NbLumSyt1) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–60	未记录	Nanobody (NbLumSyt1) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 1–60	未记录	Nanobody (NbLumSyt1) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–60	未记录	Nanobody (NbLumSyt1) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–60	未记录	Nanobody (NbLumSyt1) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–60	未记录	Nanobody (NbLumSyt1) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 1–60	未记录	Nanobody (NbLumSyt1) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
8	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–60	未记录	Nanobody (NbLumSyt1) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8B8I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K45 C2A domain of synaptototagmin I solution structure in the FGF-1-C2A binary complex: key component in the fibroblast growthfactor non-classical pathway 提交 2008-05-28	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–268（128 aa）片段：UNP residues 141-268	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM (NH4)2SO4；压力 ambient NMR样品组成 1.0mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C2A, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2K4A FGF-1-C2A binary complex structure: a key component in the fibroblast growthfactor non-classical pathway 提交 2008-06-02	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 141–268（128 aa）片段：C2 domain, UNP residues 141-268	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM (NH4)2SO4；压力 ambient NMR样品组成 1.2mM FGF-1-C2A; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2KI6 The FGF1-S100A13-C2A hetero-hexameric complex structure: A component in the non-classical pathway for FGF1 secretion 提交 2009-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 141–268（128 aa）片段：C2A domain 链 F 141–268（128 aa）片段：C2A domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 1.0mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C2A domain of Syt1-1, 1.0mM FGF1-2, 1.0mM S100A13-3, S100A13-4, 25mM sodium phosphate-5, 100mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LHA Solution structure of C2B with IP6 提交 2011-08-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 271–422（152 aa）片段：C2B domain, UNP residues 272-422	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 1.1 mM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE-2, 150 mM sodium chloride-3, 20 mM MES-4, 2 mM DTT-5, 2 mM Calcium Chloride-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N1T Dynamic binding mode of a synaptotagmin-1-SNARE complex in solution 提交 2015-04-21	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 272–419（148 aa）片段：C2B domain (UNP residues 272-419)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；压力 ambient NMR样品组成 30 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 25 mM Tris-HCl, 125 mM KSCN, 1 mM CaCl2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2R83 Crystal structure analysis of human synaptotagmin 1 C2A-C2B 提交 2007-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 141–422（282 aa）片段：C2A-C2B 链 B 141–422（282 aa）片段：C2A-C2B	未记录	CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；3M NACL, 75 MM SODIUM ACETATE, PH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 4.50	分辨率 2.70 Å R-free 0.253
3F00 Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain with Cu(II) 提交 2008-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–266（126 aa）片段：UNP residues 141-266	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0M Li2SO4, 100mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.36 Å R-free 0.244
3F01 Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain with Cu(II) 提交 2008-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–266（126 aa）片段：UNP residues 141-266	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0M Li2SO4, 100mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.229
3F04 Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain 提交 2008-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–266（126 aa）片段：UNP residues 141-266	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0M Li2SO4, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K	分辨率 1.35 Å R-free 0.224
3F05 Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain with Mn(II) 提交 2008-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–266（126 aa）片段：UNP residues 141-266	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0M Li2SO4, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K	分辨率 1.40 Å R-free 0.228
4ISQ Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I 提交 2013-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 33–53（21 aa）片段：toxin binding site (unp residues 33-53)	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.220
4ISQ Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I 提交 2013-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 33–53（21 aa）片段：toxin binding site (unp residues 33-53)	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.220
4ISQ Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I 提交 2013-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 33–53（21 aa）片段：toxin binding site (unp residues 33-53)	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.220
4V11 Structure of Synaptotagmin-1 with SV2A peptide phosphorylated at Thr84 提交 2014-09-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 273–422（150 aa）片段：C2B DOMAIN, UNP RESIDUES 273-422	未记录	CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 18 % PEG 3350, 0.05 M CACL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.196
6G5F Crystal structure of an engineered Botulinum Neurotoxin type B mutant E1191M/S1199Y in complex with human synaptotagmin 1 提交 2018-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 33–53（21 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；1.1 M sodium malonate dibasic monohydrate, HEPES pH 7.0, 0.5% v/v Jeffamine ED-2003	分辨率 2.50 Å R-free 0.232
6G5K Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B in complex with human synaptotagmin 1 提交 2018-03-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 33–53（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M Amino acids 0.1 M Buffer System 2 7.5 50 % v/v Precipitant Mix 1	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
6G5K Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B in complex with human synaptotagmin 1 提交 2018-03-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 33 33–53（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M Amino acids 0.1 M Buffer System 2 7.5 50 % v/v Precipitant Mix 1	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
6QNS Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B mutant I1248W/V1249W in complex with human synaptotagmin 1 and GD1a receptors 提交 2019-02-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 33–53（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294.15 K；20% v/v PEG6000, 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M sodium chloride	分辨率 2.40 Å R-free 0.229
6TZ3 Crystal Structure of Human Synaptotagmin 1 C2B without Ca2+ 提交 2019-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 272–422（151 aa）片段：C2B domain, residues 272-422	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2M Ammonium Sulfate, 30% PEG3350	分辨率 1.17 Å R-free 0.175
6U41 1.7 angstrom structure of a pathogenic human Syt 1 C2B (D304G) 提交 2019-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 272–422（151 aa）	突变：D304G	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate	分辨率 1.70 Å R-free 0.178
6U4U 1.3 A structure of a pathogenic human Syt 1 C2B (I368T) 提交 2019-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 272–422（151 aa）	突变：I368T	SO4 SULFATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.5 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate	分辨率 1.30 Å R-free 0.169
6U4W 1.4 A structure of a pathogenic human Syt 1 C2B (D366E) 提交 2019-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 272–422（151 aa）	突变：D366E	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；1.6 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Citrate	分辨率 1.40 Å R-free 0.211
6ZVN Botulinum neurotoxin B2 binding domain in complex with human synaptotagmin I 提交 2020-07-25	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 BBB 33–53（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；0.1 M imidazole pH 8.0, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.283
7U4Q Human Synaptotagmin-1 C2A Y181F Ca2+ bound 提交 2022-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 141–267（127 aa）片段：C2A domain 链 B 141–267（127 aa）片段：C2A domain	突变：Y181F 突变：Y181F	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；298 K；100 mM HEPES, 2.3 M malonate	分辨率 1.56 Å R-free 0.189

共 21 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60 作者链 J； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60 作者链 K； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60 作者链 L； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60 作者链 M； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60 作者链 N； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60 作者链 O； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60 作者链 P； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8b8i
沉积日期 deposition_date	2022-10-04
结构标题 title	Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1
关键词 keywords	Syt1, nanobody, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.62 Å
零角强度 I(0) i0	208660000.00
分子量 molecular_weight	109760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	134870 Å³
包络体积 envelope_volume	168370 Å³
水化壳体积 shell_volume	46037 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.88 Å
包络 Rg envelope_rg	29.66 Å
形状 Rg shape_rg	29.65 Å
总 Rg total_rg	30.18 Å
总原子数 total_atoms	7705
残基数 n_residues	1052
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	208700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8884
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.170
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.310
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	86310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.866

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nanobody (NbLumSyt1)
分子量 formula_weight	12617.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	7778

MEVQLVESGGGLVQTGGSLRLSCTASGSIGSISVMGWYRQVPGTQYELVAGISRGGSTWYEDSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTGMYYCAGGDYSDRLGSWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Synaptotagmin-1
分子量 formula_weight	6443.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N,O,P

MVSESHHEALAAPPVTTVATVLPSNATEPASPGEGKEDAFSKLKEKFMNELHKIPLPPWA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	73

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	87.955 Å
晶胞边长 b length_b	100.226 Å
晶胞边长 c length_c	103.939 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	59.110 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2634
R_free r_free	0.2977

fit	/app/data/saxs_computation/b8/8b8i/8b8i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b8/8b8i/8b8i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b8/8b8i/8b8i.dat

Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptotagmin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)